More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1494 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1494  HhH-GPD protein  100 
 
 		 223 aa  460  1e-129  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1612  HhH-GPD family DNA repair protein  80 
 
 		 220 aa  374  1e-103  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1358  HhH-GPD family protein  79 
 
 		 223 aa  357  7e-98  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0070  DNA-3-methyladenine glycosylase III  53.11 
 
 		 223 aa  236  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.678566 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0196  HhH-GPD family protein  53.14 
 
 		 228 aa  232  3e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00220253  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3521  HhH-GPD family protein  51.12 
 
 		 228 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.318887  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1523  HhH-GPD family protein  51.42 
 
 		 216 aa  230  1e-59  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.951977  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3590  HhH-GPD family protein  50.22 
 
 		 228 aa  228  8e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3377  helix-hairpin-helix domain-containing protein  50.72 
 
 		 228 aa  224  9e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0376  HhH-GPD family protein  52.11 
 
 		 225 aa  223  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0612  HhH-GPD family protein  44.8 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1752  HhH-GPD family protein  51.44 
 
 		 216 aa  216  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.249541 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2009  HhH-GPD family protein  53.99 
 
 		 217 aa  215  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0904  HhH-GPD family protein  51.57 
 
 		 221 aa  211  7.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00777346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1560  DNA-3-methyladenine glycosylase III  49.06 
 
 		 257 aa  207  8e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02160  HhH-GPD family protein  51.94 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000559772  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1244  HhH-GPD family protein  47.95 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00988433  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0580  HhH-GPD family protein  49.25 
 
 		 234 aa  195  5.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1436  HhH-GPD family protein  44.6 
 
 		 226 aa  194  7e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00274165  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1794  base excision repair protein, HhH-GPD family  47.42 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1471  HhH-GPD family protein  47.42 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.598554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0353  HhH-GPD family protein  45.97 
 
 		 222 aa  192  5e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.822084 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0814  HhH-GPD  45.02 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0231377  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0686  HhH-GPD family protein  44.76 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2572  putative endonuclease  43.06 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1039  DNA-3-methyladenine glycosylase III  42.86 
 
 		 229 aa  184  9e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491229 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0846  HhH-GPD family protein  42.93 
 
 		 223 aa  183  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00183555  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0921  HhH-GPD family protein  46.89 
 
 		 226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.595294  normal  0.257216 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1435  DNA-3-methyladenine glycosylase III  43.13 
 
 		 221 aa  179  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115204  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1475  HhH-GPD  40.87 
 
 		 226 aa  179  4e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2870  HhH-GPD family protein  45.63 
 
 		 232 aa  179  4e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3156  HhH-GPD family protein  45.37 
 
 		 223 aa  179  4e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0734145 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1875  DNA-3-methyladenine glycosylase III  45.1 
 
 		 237 aa  178  5.999999999999999e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000316545  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3333  DNA-3-methyladenine glycosylase III  39.53 
 
 		 254 aa  176  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0577922  normal  0.0670566 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0971  HhH-GPD family protein  42.27 
 
 		 213 aa  168  5e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2157  HhH-GPD family protein  43.69 
 
 		 218 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.242107 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1607  HhH-GPD family protein  36.86 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.341596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1733  HhH-GPD family protein  41.41 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000108213  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0522  HhH-GPD family protein  38.01 
 
 		 216 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.42834  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0307  HhH-GPD family protein  36.91 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0533  HhH-GPD family protein  40.09 
 
 		 220 aa  151  7e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.208461  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0547  HhH-GPD family protein  39.15 
 
 		 220 aa  151  8e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1021  DNA-3-methyladenine glycosylase III  36.71 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.499104  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0263  endonuclease III, putative  39.44 
 
 		 211 aa  142  5e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1458  HhH-GPD family protein  34.78 
 
 		 232 aa  141  8e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1800  HhH-GPD family protein  41.46 
 
 		 215 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.267286  normal  0.256575 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1026  HhH-GPD family protein  40.39 
 
 		 216 aa  134  8e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0631  HhH-GPD family protein  35.27 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0646  HhH-GPD family protein  35.27 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2873  HhH-GPD family protein  38.89 
 
 		 268 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0834  endonuclease III-like protein  37 
 
 		 219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.509724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1310  uncharacterized endonuclease III related protein  33.74 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000484285 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0340  DNA-3-methyladenine glycosylase III  33.92 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0101883  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0716  chemotaxis protein methyltransferase  35.55 
 
 		 222 aa  121  7e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0276125  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1010  HhH-GPD family protein  30.66 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.341182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0466  endonuclease III  35.1 
 
 		 216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3332  HhH-GPD family protein  38.85 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0996  endonuclease III-like protein  33.51 
 
 		 216 aa  112  6e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00187626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0080  endonuclease III  35.58 
 
 		 222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.801844  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0740  endonuclease III  34.95 
 
 		 221 aa  103  1e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00244289  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1038  HhH-GPD family protein  32.99 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.444398  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1611  HhH-GPD family protein  32.84 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1638  HhH-GPD family protein  36.42 
 
 		 204 aa  96.3  4e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1090  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.57 
 
 		 236 aa  94.4  1e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.311677  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1101  endonuclease III, putative  31.52 
 
 		 228 aa  91.7  7e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.471141  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1226  endonuclease III, putative  31.02 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2110  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.28 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1482  endonuclease III  32.13 
 
 		 211 aa  89.4  4e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0640  putative endonuclease III  29.95 
 
 		 228 aa  88.2  9e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.178436  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0292  HhH-GPD family protein  30.3 
 
 		 227 aa  86.7  2e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0093  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.22 
 
 		 222 aa  84.7  9e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.169395 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1887  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.9 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00394166  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18160  uncharacterized endonuclease III-like protein  33.98 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.141064  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0066  HhH-GPD family protein  27.6 
 
 		 219 aa  81.3  0.00000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  28.64 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0911  HhH-GPD family protein  25.23 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.581755  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0501  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  27.55 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0141  HhH-GPD family protein  30.69 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0457  endonuclease III  29.56 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.791842 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1583  DNA-3-methyladenine glycosylase III  29.44 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00807235  decreased coverage  0.00557129 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  30.37 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1314  endonuclease III  31.19 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0570319  normal  0.296572 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0493  endonuclease III  28.87 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0761  endonuclease III  26.6 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2402  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  24.15 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000142862  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2595  HhH-GPD family protein  24.77 
 
 		 269 aa  75.9  0.0000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0651  HhH-GPD family protein  29.06 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000124535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0317  HhH-GPD family protein  31.21 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.196708  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.21 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  25.7 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0809  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  31.96 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  25.23 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1891  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  29.79 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1499  endonuclease III  26.73 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  27.84 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1140  HhH-GPD family protein  27.8 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000000000277091 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2534  endonuclease III  26.07 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0635036  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  29.32 
 
 		 248 aa  72.4  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0393  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.5 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0160174  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4249  endonuclease III  31.22 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884041  normal  0.624306 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>