More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1310 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1310  uncharacterized endonuclease III related protein  100 
 
 		 243 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000484285 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0340  DNA-3-methyladenine glycosylase III  53.45 
 
 		 224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0101883  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0307  HhH-GPD family protein  53.07 
 
 		 232 aa  238  8e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1607  HhH-GPD family protein  52 
 
 		 232 aa  237  1e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.341596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1021  DNA-3-methyladenine glycosylase III  52 
 
 		 232 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.499104  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1458  HhH-GPD family protein  51.07 
 
 		 232 aa  229  3e-59  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3333  DNA-3-methyladenine glycosylase III  50.44 
 
 		 254 aa  218  6e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0577922  normal  0.0670566 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0070  DNA-3-methyladenine glycosylase III  38.3 
 
 		 223 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.678566 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1523  HhH-GPD family protein  37.92 
 
 		 216 aa  149  4e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.951977  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3590  HhH-GPD family protein  36.32 
 
 		 228 aa  148  8e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3377  helix-hairpin-helix domain-containing protein  36.55 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1752  HhH-GPD family protein  36.32 
 
 		 216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.249541 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0686  HhH-GPD family protein  36.77 
 
 		 206 aa  145  5e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3521  HhH-GPD family protein  35.9 
 
 		 228 aa  145  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.318887  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0196  HhH-GPD family protein  36.13 
 
 		 228 aa  141  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00220253  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0612  HhH-GPD family protein  36.67 
 
 		 225 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2009  HhH-GPD family protein  37.08 
 
 		 217 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1612  HhH-GPD family DNA repair protein  34.89 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0971  HhH-GPD family protein  40.53 
 
 		 213 aa  135  7.000000000000001e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2572  putative endonuclease  35.65 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0376  HhH-GPD family protein  36.17 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0921  HhH-GPD family protein  34.66 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.595294  normal  0.257216 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1494  HhH-GPD protein  33.74 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1358  HhH-GPD family protein  35.32 
 
 		 223 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0353  HhH-GPD family protein  33.47 
 
 		 222 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.822084 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02160  HhH-GPD family protein  38.14 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000559772  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0904  HhH-GPD family protein  32.24 
 
 		 221 aa  125  7e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00777346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3156  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 		 223 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0734145 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1244  HhH-GPD family protein  33.46 
 
 		 250 aa  122  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00988433  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1794  base excision repair protein, HhH-GPD family  33.33 
 
 		 223 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1471  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 		 223 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.598554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0846  HhH-GPD family protein  34.65 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00183555  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1435  DNA-3-methyladenine glycosylase III  32.64 
 
 		 221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115204  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2157  HhH-GPD family protein  36.13 
 
 		 218 aa  116  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.242107 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2870  HhH-GPD family protein  34.47 
 
 		 232 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1039  DNA-3-methyladenine glycosylase III  31.02 
 
 		 229 aa  115  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491229 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0580  HhH-GPD family protein  35.82 
 
 		 234 aa  115  8.999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0533  HhH-GPD family protein  33.2 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.208461  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0814  HhH-GPD  32.22 
 
 		 222 aa  112  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0231377  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1560  DNA-3-methyladenine glycosylase III  32.2 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0547  HhH-GPD family protein  32.39 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0522  HhH-GPD family protein  37.39 
 
 		 216 aa  110  3e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.42834  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1436  HhH-GPD family protein  30.67 
 
 		 226 aa  109  5e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00274165  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1733  HhH-GPD family protein  38.1 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000108213  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1475  HhH-GPD  29.75 
 
 		 226 aa  105  7e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1875  DNA-3-methyladenine glycosylase III  32.05 
 
 		 237 aa  104  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000316545  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1800  HhH-GPD family protein  36.02 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.267286  normal  0.256575 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0996  endonuclease III-like protein  33.51 
 
 		 216 aa  93.6  3e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00187626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1038  HhH-GPD family protein  35.08 
 
 		 226 aa  89.7  3e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.444398  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0080  endonuclease III  35.15 
 
 		 222 aa  88.6  9e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.801844  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0834  endonuclease III-like protein  26.5 
 
 		 219 aa  85.5  6e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.509724  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0740  endonuclease III  31.02 
 
 		 221 aa  85.5  7e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00244289  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0466  endonuclease III  33.71 
 
 		 216 aa  85.5  8e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1026  HhH-GPD family protein  29.31 
 
 		 216 aa  85.1  8e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3332  HhH-GPD family protein  30.26 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0716  chemotaxis protein methyltransferase  30.77 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0276125  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1010  HhH-GPD family protein  30.26 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.341182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1611  HhH-GPD family protein  34.27 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0263  endonuclease III, putative  30.29 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0646  HhH-GPD family protein  28.87 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0631  HhH-GPD family protein  28.87 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1101  endonuclease III, putative  33.67 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.471141  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1638  HhH-GPD family protein  32.4 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0101  HhH-GPD family protein  29.1 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1226  endonuclease III, putative  33.51 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2873  HhH-GPD family protein  30.77 
 
 		 268 aa  74.3  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1090  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.98 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.311677  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0640  putative endonuclease III  31.79 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.178436  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3075  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.27 
 
 		 270 aa  70.9  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  28.89 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  29.38 
 
 		 211 aa  68.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1562  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  30.22 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888667 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1887  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.14 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00394166  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0066  HhH-GPD family protein  28.57 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  28.81 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0463  endonuclease III  29.28 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0687351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  29.38 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  28.81 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18160  uncharacterized endonuclease III-like protein  26.16 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.141064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3170  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.12 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1140  HhH-GPD family protein  27.32 
 
 		 222 aa  65.1  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000000000277091 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2517  endonuclease III  29.12 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2306  endonuclease III  26.67 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2122  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.25 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2682  endonuclease III  26.67 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.2 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0809  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  29.78 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0950  endonuclease III  28.18 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.066309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  26.09 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  28.25 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1735  endonuclease III  28.89 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.61574  normal  0.277364 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10790  endonuclease III  29.15 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0980  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.96 
 
 		 232 aa  63.2  0.000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000905623  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2607  endonuclease III  26.97 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0510  endonuclease III  26.82 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1499  endonuclease III  29.94 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1676  endonuclease III  26.37 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2110  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.66 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0093  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.51 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.169395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  27.68 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>