More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1010 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1010  HhH-GPD family protein  100 
 
 		 296 aa  602  1.0000000000000001e-171  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.341182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3332  HhH-GPD family protein  77.78 
 
 		 297 aa  462  1e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2873  HhH-GPD family protein  43.12 
 
 		 268 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3377  helix-hairpin-helix domain-containing protein  39.75 
 
 		 228 aa  149  7e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0612  HhH-GPD family protein  32.35 
 
 		 225 aa  138  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1612  HhH-GPD family DNA repair protein  32.96 
 
 		 220 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0196  HhH-GPD family protein  35.2 
 
 		 228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00220253  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0070  DNA-3-methyladenine glycosylase III  38.89 
 
 		 223 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.678566 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1436  HhH-GPD family protein  41.08 
 
 		 226 aa  129  9.000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00274165  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0846  HhH-GPD family protein  30.56 
 
 		 223 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00183555  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1560  DNA-3-methyladenine glycosylase III  34.76 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1244  HhH-GPD family protein  35.34 
 
 		 250 aa  127  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00988433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3521  HhH-GPD family protein  34.72 
 
 		 228 aa  127  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.318887  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2572  putative endonuclease  35.71 
 
 		 232 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3590  HhH-GPD family protein  36.48 
 
 		 228 aa  125  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0904  HhH-GPD family protein  44.57 
 
 		 221 aa  125  7e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00777346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1523  HhH-GPD family protein  30.52 
 
 		 216 aa  125  1e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.951977  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1358  HhH-GPD family protein  31.02 
 
 		 223 aa  122  7e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0814  HhH-GPD  31.78 
 
 		 222 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0231377  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1494  HhH-GPD protein  30.32 
 
 		 223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0376  HhH-GPD family protein  33.57 
 
 		 225 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0353  HhH-GPD family protein  40.22 
 
 		 222 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.822084 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1435  DNA-3-methyladenine glycosylase III  31.76 
 
 		 221 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115204  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3156  HhH-GPD family protein  35.42 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0734145 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0686  HhH-GPD family protein  28.82 
 
 		 206 aa  109  5e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1875  DNA-3-methyladenine glycosylase III  32.02 
 
 		 237 aa  108  9.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000316545  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1039  DNA-3-methyladenine glycosylase III  31.03 
 
 		 229 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491229 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02160  HhH-GPD family protein  29.07 
 
 		 224 aa  105  9e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000559772  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0580  HhH-GPD family protein  39.89 
 
 		 234 aa  104  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1471  HhH-GPD family protein  38.42 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.598554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2157  HhH-GPD family protein  34.19 
 
 		 218 aa  103  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.242107 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0740  endonuclease III  30.8 
 
 		 221 aa  103  3e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00244289  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1794  base excision repair protein, HhH-GPD family  38.42 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2009  HhH-GPD family protein  35.02 
 
 		 217 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0533  HhH-GPD family protein  30.64 
 
 		 220 aa  102  6e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.208461  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1752  HhH-GPD family protein  31.98 
 
 		 216 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.249541 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0547  HhH-GPD family protein  29.79 
 
 		 220 aa  101  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1475  HhH-GPD  34.24 
 
 		 226 aa  101  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0921  HhH-GPD family protein  33.47 
 
 		 226 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.595294  normal  0.257216 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0971  HhH-GPD family protein  28.1 
 
 		 213 aa  97.4  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2870  HhH-GPD family protein  33.49 
 
 		 232 aa  97.1  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0834  endonuclease III-like protein  34.39 
 
 		 219 aa  94.4  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.509724  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0716  chemotaxis protein methyltransferase  37.42 
 
 		 222 aa  93.6  4e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0276125  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1611  HhH-GPD family protein  28.43 
 
 		 221 aa  92  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0466  endonuclease III  28.85 
 
 		 216 aa  90.1  3e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0307  HhH-GPD family protein  22.39 
 
 		 232 aa  87  3e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0080  endonuclease III  32.93 
 
 		 222 aa  85.9  8e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.801844  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1733  HhH-GPD family protein  27.68 
 
 		 225 aa  85.9  8e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000108213  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0522  HhH-GPD family protein  25.96 
 
 		 216 aa  84  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.42834  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0263  endonuclease III, putative  31.43 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1021  DNA-3-methyladenine glycosylase III  28.03 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.499104  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1310  uncharacterized endonuclease III related protein  30.26 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000484285 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1607  HhH-GPD family protein  24.41 
 
 		 232 aa  82.4  0.000000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.341596  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0292  HhH-GPD family protein  25 
 
 		 227 aa  81.6  0.00000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0996  endonuclease III-like protein  34.81 
 
 		 216 aa  81.6  0.00000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00187626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0631  HhH-GPD family protein  27.47 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3333  DNA-3-methyladenine glycosylase III  28.77 
 
 		 254 aa  81.3  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0577922  normal  0.0670566 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1026  HhH-GPD family protein  39.71 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0646  HhH-GPD family protein  27.47 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1800  HhH-GPD family protein  37.86 
 
 		 215 aa  79  0.00000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.267286  normal  0.256575 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1458  HhH-GPD family protein  31.37 
 
 		 232 aa  79  0.00000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0651  HhH-GPD family protein  26.16 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000124535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1038  HhH-GPD family protein  25.63 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.444398  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1638  HhH-GPD family protein  28.5 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0340  DNA-3-methyladenine glycosylase III  24.32 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0101883  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1101  endonuclease III, putative  29.68 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.471141  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1226  endonuclease III, putative  30.43 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0640  putative endonuclease III  30.22 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.178436  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0804  endonuclease III  28.88 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.61713 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1090  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  25.63 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.311677  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  32.7 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  32.7 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2110  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  26.58 
 
 		 230 aa  67  0.0000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18160  uncharacterized endonuclease III-like protein  33.04 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.141064  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0436  endonuclease III  30.43 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.22324  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  24.64 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  24.64 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5194  endonuclease III  27.5 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.03252e-16 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0438  endonuclease III  25.12 
 
 		 203 aa  63.9  0.000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0343367  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2765  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.76 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.361393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0393  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.31 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0160174  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2523  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.67 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.181892 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1901  endonuclease III  24.66 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000183349  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2247  endonuclease III  24.66 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000650328  normal  0.36112 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2013  endonuclease III  24.66 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000346358  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2319  endonuclease III  24.66 
 
 		 211 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2405  endonuclease III  28.09 
 
 		 220 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.997056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2355  endonuclease III  28.09 
 
 		 220 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2265  endonuclease III  25.12 
 
 		 213 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000635696  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2279  endonuclease III  25.12 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0342815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2359  endonuclease III  23.74 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4551  hypothetical protein  25.12 
 
 		 213 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  23.74 
 
 		 211 aa  61.6  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1327  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.28 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000159505  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1140  HhH-GPD family protein  30.77 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000000000277091 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  26.44 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2059  endonuclease III  25.12 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000403968  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  25.89 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0663  HhH-GPD family protein  31.25 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0113206  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  24.66 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>