More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1471 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1794  base excision repair protein, HhH-GPD family  100 
 
 		 223 aa  450  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1471  HhH-GPD family protein  100 
 
 		 223 aa  450  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.598554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0904  HhH-GPD family protein  52.09 
 
 		 221 aa  204  9e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00777346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1752  HhH-GPD family protein  53.33 
 
 		 216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.249541 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2009  HhH-GPD family protein  51.4 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1523  HhH-GPD family protein  46.05 
 
 		 216 aa  195  4.0000000000000005e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.951977  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0353  HhH-GPD family protein  50.98 
 
 		 222 aa  194  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.822084 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1494  HhH-GPD protein  47.42 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1612  HhH-GPD family DNA repair protein  49.53 
 
 		 220 aa  191  6e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0376  HhH-GPD family protein  51.89 
 
 		 225 aa  191  6e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1244  HhH-GPD family protein  50.68 
 
 		 250 aa  191  9e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00988433  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3156  HhH-GPD family protein  50.23 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0734145 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0070  DNA-3-methyladenine glycosylase III  49.52 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.678566 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1358  HhH-GPD family protein  47.62 
 
 		 223 aa  188  4e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3377  helix-hairpin-helix domain-containing protein  49.76 
 
 		 228 aa  184  9e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2572  putative endonuclease  50 
 
 		 232 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3521  HhH-GPD family protein  49.06 
 
 		 228 aa  180  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.318887  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0196  HhH-GPD family protein  45.67 
 
 		 228 aa  179  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00220253  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0612  HhH-GPD family protein  42.92 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0814  HhH-GPD  45.87 
 
 		 222 aa  179  4e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0231377  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0580  HhH-GPD family protein  50.51 
 
 		 234 aa  178  7e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1560  DNA-3-methyladenine glycosylase III  45.93 
 
 		 257 aa  176  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02160  HhH-GPD family protein  45.28 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000559772  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3590  HhH-GPD family protein  46.61 
 
 		 228 aa  174  7e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1435  DNA-3-methyladenine glycosylase III  46.45 
 
 		 221 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115204  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2870  HhH-GPD family protein  49.49 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0921  HhH-GPD family protein  48.56 
 
 		 226 aa  168  5e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.595294  normal  0.257216 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0547  HhH-GPD family protein  43.35 
 
 		 220 aa  165  5e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0533  HhH-GPD family protein  43.84 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.208461  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2157  HhH-GPD family protein  46.5 
 
 		 218 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.242107 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0846  HhH-GPD family protein  44.44 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00183555  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1475  HhH-GPD  41.74 
 
 		 226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1436  HhH-GPD family protein  44.12 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00274165  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0686  HhH-GPD family protein  39.13 
 
 		 206 aa  156  3e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0522  HhH-GPD family protein  38.25 
 
 		 216 aa  154  9e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.42834  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1039  DNA-3-methyladenine glycosylase III  39.62 
 
 		 229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491229 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1733  HhH-GPD family protein  39.49 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000108213  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0971  HhH-GPD family protein  36.53 
 
 		 213 aa  141  8e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1607  HhH-GPD family protein  33.62 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.341596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1021  DNA-3-methyladenine glycosylase III  32.64 
 
 		 232 aa  136  2e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.499104  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1875  DNA-3-methyladenine glycosylase III  38.35 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000316545  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0307  HhH-GPD family protein  31.49 
 
 		 232 aa  134  9e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0263  endonuclease III, putative  33.84 
 
 		 211 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3333  DNA-3-methyladenine glycosylase III  35.9 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0577922  normal  0.0670566 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0834  endonuclease III-like protein  39.3 
 
 		 219 aa  126  3e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.509724  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0646  HhH-GPD family protein  37 
 
 		 211 aa  124  8.000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0631  HhH-GPD family protein  37 
 
 		 211 aa  124  8.000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0340  DNA-3-methyladenine glycosylase III  34.07 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0101883  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1458  HhH-GPD family protein  31.9 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0716  chemotaxis protein methyltransferase  41.4 
 
 		 222 aa  122  3e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0276125  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0466  endonuclease III  38.14 
 
 		 216 aa  122  5e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1310  uncharacterized endonuclease III related protein  33.33 
 
 		 243 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000484285 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0740  endonuclease III  38.34 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00244289  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0080  endonuclease III  35.42 
 
 		 222 aa  119  3.9999999999999996e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.801844  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1800  HhH-GPD family protein  38.46 
 
 		 215 aa  115  6e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.267286  normal  0.256575 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2873  HhH-GPD family protein  39.72 
 
 		 268 aa  114  8.999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1026  HhH-GPD family protein  38.14 
 
 		 216 aa  111  8.000000000000001e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0066  HhH-GPD family protein  35.75 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0093  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  34.47 
 
 		 222 aa  106  3e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.169395 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3332  HhH-GPD family protein  41.44 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1010  HhH-GPD family protein  38.42 
 
 		 296 aa  103  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.341182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1638  HhH-GPD family protein  34.85 
 
 		 204 aa  100  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0996  endonuclease III-like protein  29.8 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00187626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1038  HhH-GPD family protein  33.16 
 
 		 226 aa  99.4  4e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.444398  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1611  HhH-GPD family protein  35.53 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0651  HhH-GPD family protein  31.7 
 
 		 233 aa  98.6  7e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000124535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0101  HhH-GPD family protein  33.18 
 
 		 218 aa  97.4  1e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1101  endonuclease III, putative  36.59 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.471141  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1140  HhH-GPD family protein  32.39 
 
 		 222 aa  95.5  6e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000000000277091 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0438  endonuclease III  28.87 
 
 		 203 aa  95.5  6e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0343367  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1090  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.22 
 
 		 236 aa  95.1  8e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.311677  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1226  endonuclease III, putative  31.79 
 
 		 228 aa  94.7  9e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0640  putative endonuclease III  35.37 
 
 		 228 aa  94  2e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.178436  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2765  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  33.5 
 
 		 219 aa  91.7  8e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.361393  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0292  HhH-GPD family protein  30.05 
 
 		 227 aa  91.7  9e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0393  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.89 
 
 		 240 aa  90.1  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0160174  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1407  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.61 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1891  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  33.49 
 
 		 233 aa  89.7  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1887  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.96 
 
 		 230 aa  89  5e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00394166  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0762  HhH-GPD family protein  25.96 
 
 		 236 aa  89.4  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18160  uncharacterized endonuclease III-like protein  41.89 
 
 		 212 aa  86.3  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.141064  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0797  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.72 
 
 		 241 aa  86.3  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.366524 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2523  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.81 
 
 		 219 aa  85.5  6e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.181892 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1388  endonuclease III  26.94 
 
 		 210 aa  84.7  9e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.212617  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0911  HhH-GPD family protein  32.24 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.581755  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0663  HhH-GPD family protein  31.09 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0113206  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  25.39 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  30.93 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1583  DNA-3-methyladenine glycosylase III  30.58 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00807235  decreased coverage  0.00557129 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  30.05 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  30.05 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1450  endonuclease III, putative  28.87 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2402  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.19 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000142862  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2110  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  26.92 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1273  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  25.38 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3376  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  33 
 
 		 277 aa  79.3  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.996166  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1187  endonuclease III, DNA repair  25 
 
 		 214 aa  79.3  0.00000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00300969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1318  endonuclease III  25.77 
 
 		 209 aa  78.2  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000293814  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1299  endonuclease III  25.47 
 
 		 213 aa  77.8  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000804758  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3075  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.24 
 
 		 270 aa  78.2  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156528  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>