75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5505 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1024  glycosyl hydrolase family 88  56.65 
 
 
644 aa  701    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5505  glycosyl hydrolase family 88  100 
 
 
629 aa  1306    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0777464  hitchhiker  0.00601524 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2741  glycosyl hydrolase family 88  55.22 
 
 
639 aa  723    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578666  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2841  glycosyl hydrolase family 88  55.79 
 
 
612 aa  715    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.137267  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2470  glycosyl hydrolase family 88  52.63 
 
 
393 aa  403  1e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2381  glycosyl hydrolase family 88  50.96 
 
 
373 aa  395  1e-108  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4250  glycosy hydrolase family protein  50.27 
 
 
397 aa  370  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.478117  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4251  glycosy hydrolase family protein  44.22 
 
 
401 aa  347  4e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.166912  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  45.55 
 
 
865 aa  340  5e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4252  glycosy hydrolase family protein  42.28 
 
 
399 aa  313  4.999999999999999e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.239169  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0696  glycosyl hydrolase family 88  44.97 
 
 
362 aa  313  4.999999999999999e-84  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0951  DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit  45.35 
 
 
827 aa  313  7.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607652  hitchhiker  0.00000495983 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0203  glycosy hydrolase family protein  43.5 
 
 
375 aa  306  1.0000000000000001e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000431819  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2540  glycosyl hydrolase family 88  42.82 
 
 
402 aa  291  3e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09383  unsaturated rhamnogalacturonan hydrolase (Eurofung)  44.87 
 
 
378 aa  289  1e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.318478 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07828  unsaturated rhamnogalacturonan hydrolase (Eurofung)  38.21 
 
 
383 aa  255  2.0000000000000002e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.091215  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2273  hypothetical protein  49.79 
 
 
267 aa  246  6.999999999999999e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000548322 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5981  di-transpoly-cis-decaprenylcistransferase  38.11 
 
 
371 aa  233  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5387  glycosyl hydrolase family 88  38.01 
 
 
391 aa  231  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0230208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2808  hypothetical protein  29.73 
 
 
402 aa  201  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000299929 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10505  cell wall glycosyl hydrolase YteR, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14630)  38.11 
 
 
367 aa  184  3e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.841717 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2882  glycosyl hydrolase family 88  27.13 
 
 
392 aa  132  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0449  glycosyl hydrolase family 88  27.62 
 
 
410 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3108  glycosyl hydrolase family 88  30 
 
 
574 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285148  normal  0.618959 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0846  hypothetical protein  28.77 
 
 
374 aa  107  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1344  glycosy hydrolase family protein  26.12 
 
 
473 aa  104  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4685  glycosyl hydrolase family 88  31.03 
 
 
349 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.558962  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0456  glycosyl hydrolase family 88  25.92 
 
 
462 aa  101  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2126  glycosyl hydrolase, family 88  28.62 
 
 
379 aa  99  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000763601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1211  glycosyl hydrolase, family 88  28.62 
 
 
379 aa  99  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2071  glycosyl hydrolase, family 88  28.62 
 
 
379 aa  99  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000233336 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2066  glycosyl hydrolase, family 88  28.62 
 
 
379 aa  98.2  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  0.0470712 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1335  glycosyl hydrolase, family 88  28.3 
 
 
379 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000103644 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2443  glycosy hydrolase family protein  27.7 
 
 
379 aa  93.2  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03196  unsaturated rhamnogalacturonan hydrolase (Eurofung)  25.76 
 
 
370 aa  87.8  5e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.389014 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3379  glycosyl hydrolase family 88  25.08 
 
 
379 aa  85.9  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0854  glycosyl hydrolase family 88  23.32 
 
 
379 aa  84.7  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3541  glycosyl hydrolase family 88  25.08 
 
 
379 aa  84.3  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.591399  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0820  glycosyl hydrolase family 88  24.56 
 
 
379 aa  84.3  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4039  glycosyl hydrolase family 88  27.04 
 
 
346 aa  84  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1549  glycosyl hydrolase family 88  28.63 
 
 
345 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1360  glycosy hydrolase family protein  27.66 
 
 
753 aa  82  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.576113  normal  0.691294 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5358  glycosyl hydrolase family 88  24.48 
 
 
364 aa  77.8  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622605  normal  0.178388 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0661  glycosyl hydrolase family 88  27.24 
 
 
369 aa  77.4  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3783  glycosyl hydrolase family 88  23.7 
 
 
363 aa  76.6  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08260  conserved hypothetical protein  27.92 
 
 
458 aa  76.3  0.000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.632375  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5078  glycosyl hydrolase family 88  23.78 
 
 
364 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.958101  normal  0.117982 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3524  glycosyl hydrolase family 88  28.71 
 
 
368 aa  72.4  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5409  glycosyl hydrolase family 88  27.27 
 
 
376 aa  72.8  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000034973  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3673  glycosyl hydrolase family 88  28.71 
 
 
368 aa  72  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1806  glycosyl hydrolase family 88  24.93 
 
 
378 aa  71.6  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0863  glycosyl hydrolase family 88  25.06 
 
 
744 aa  70.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1919  glycosy hydrolase family protein  25 
 
 
345 aa  70.1  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3368  glycosy hydrolase family protein  24.6 
 
 
352 aa  70.1  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.65377 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1578  glycosyl hydrolase family 88  24.43 
 
 
379 aa  69.3  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.998372 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0986  glycosy hydrolase family protein  24.33 
 
 
352 aa  67.8  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0933  glycosy hydrolase family protein  24.33 
 
 
352 aa  67.8  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4236  glycosy hydrolase family protein  24.49 
 
 
374 aa  67.4  0.0000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0713  glycosyl hydrolase family 88  28.7 
 
 
362 aa  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2294  glycosyl hydrolase family 88  29.46 
 
 
433 aa  65.1  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.747868  hitchhiker  0.00963008 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1289  glycosyl hydrolase family 88  26.78 
 
 
372 aa  64.3  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5758  hypothetical protein  22.87 
 
 
364 aa  63.9  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489527  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2117  glycosyl hydrolase family 88  25.2 
 
 
623 aa  63.5  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0962  glycosy hydrolase family protein  26.5 
 
 
369 aa  62.4  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0452  glycosyl hydrolase family 88  26.4 
 
 
381 aa  62  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2300  glycosyl hydrolase family 88  29.28 
 
 
363 aa  62  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00753245  normal  0.0687608 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3978  glycosyl hydrolase family 88  25.64 
 
 
368 aa  59.7  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1376  glycosy hydrolase family protein  23.67 
 
 
823 aa  59.3  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0639822  normal  0.967141 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2704  glycosy hydrolase family protein  25.11 
 
 
358 aa  58.2  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.592912  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1750  glycosy hydrolase family protein  24.2 
 
 
319 aa  57.4  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3946  hypothetical protein  25.94 
 
 
389 aa  57  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2306  glycosyl hydrolase family 88  23.76 
 
 
386 aa  56.6  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.375805  normal  0.0432907 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1282  hypothetical protein  21.62 
 
 
427 aa  48.9  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000326624  normal  0.558668 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06720  expressed protein  27.59 
 
 
422 aa  46.6  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.293392  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2737  glycosy hydrolase family protein  24 
 
 
294 aa  47  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>