74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2470 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2470  glycosyl hydrolase family 88  100 
 
 
393 aa  802    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2381  glycosyl hydrolase family 88  53.48 
 
 
373 aa  419  1e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5505  glycosyl hydrolase family 88  52.63 
 
 
629 aa  403  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0777464  hitchhiker  0.00601524 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4251  glycosy hydrolase family protein  47.93 
 
 
401 aa  390  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.166912  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1024  glycosyl hydrolase family 88  50.95 
 
 
644 aa  384  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2841  glycosyl hydrolase family 88  51.46 
 
 
612 aa  382  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.137267  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2741  glycosyl hydrolase family 88  48.02 
 
 
639 aa  384  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578666  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  49.74 
 
 
865 aa  373  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4250  glycosy hydrolase family protein  46.76 
 
 
397 aa  357  1.9999999999999998e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.478117  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0951  DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit  46.07 
 
 
827 aa  333  4e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607652  hitchhiker  0.00000495983 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0696  glycosyl hydrolase family 88  42.05 
 
 
362 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4252  glycosy hydrolase family protein  38.84 
 
 
399 aa  309  4e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.239169  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2540  glycosyl hydrolase family 88  44.41 
 
 
402 aa  301  9e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0203  glycosy hydrolase family protein  41.03 
 
 
375 aa  301  2e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000431819  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09383  unsaturated rhamnogalacturonan hydrolase (Eurofung)  38.23 
 
 
378 aa  251  2e-65  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.318478 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5981  di-transpoly-cis-decaprenylcistransferase  38.95 
 
 
371 aa  233  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07828  unsaturated rhamnogalacturonan hydrolase (Eurofung)  37.3 
 
 
383 aa  231  2e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.091215  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5387  glycosyl hydrolase family 88  35.31 
 
 
391 aa  230  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0230208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2808  hypothetical protein  36.1 
 
 
402 aa  214  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000299929 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10505  cell wall glycosyl hydrolase YteR, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14630)  36.34 
 
 
367 aa  179  4.999999999999999e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.841717 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0449  glycosyl hydrolase family 88  33.47 
 
 
410 aa  150  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4685  glycosyl hydrolase family 88  34.54 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.558962  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3108  glycosyl hydrolase family 88  30.47 
 
 
574 aa  133  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285148  normal  0.618959 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3379  glycosyl hydrolase family 88  30.42 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2882  glycosyl hydrolase family 88  25.56 
 
 
392 aa  120  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0846  hypothetical protein  29.87 
 
 
374 aa  119  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3541  glycosyl hydrolase family 88  29.77 
 
 
379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.591399  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2443  glycosy hydrolase family protein  30.12 
 
 
379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2126  glycosyl hydrolase, family 88  29.66 
 
 
379 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000763601 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03196  unsaturated rhamnogalacturonan hydrolase (Eurofung)  30.03 
 
 
370 aa  114  4.0000000000000004e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.389014 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2071  glycosyl hydrolase, family 88  29.66 
 
 
379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000233336 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1211  glycosyl hydrolase, family 88  29.66 
 
 
379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2066  glycosyl hydrolase, family 88  29.66 
 
 
379 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  0.0470712 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0456  glycosyl hydrolase family 88  27.37 
 
 
462 aa  113  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0820  glycosyl hydrolase family 88  29.97 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1335  glycosyl hydrolase, family 88  29.36 
 
 
379 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000103644 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0854  glycosyl hydrolase family 88  28.65 
 
 
379 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1344  glycosy hydrolase family protein  29.02 
 
 
473 aa  110  5e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4039  glycosyl hydrolase family 88  26.72 
 
 
346 aa  107  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5409  glycosyl hydrolase family 88  27.37 
 
 
376 aa  104  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000034973  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1360  glycosy hydrolase family protein  30.23 
 
 
753 aa  103  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.576113  normal  0.691294 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0661  glycosyl hydrolase family 88  30.67 
 
 
369 aa  103  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3673  glycosyl hydrolase family 88  29.87 
 
 
368 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1549  glycosyl hydrolase family 88  32.84 
 
 
345 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3524  glycosyl hydrolase family 88  29.55 
 
 
368 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5078  glycosyl hydrolase family 88  26.32 
 
 
364 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.958101  normal  0.117982 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5358  glycosyl hydrolase family 88  26.32 
 
 
364 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622605  normal  0.178388 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5758  hypothetical protein  26.07 
 
 
364 aa  97.1  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489527  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3783  glycosyl hydrolase family 88  26.35 
 
 
363 aa  96.3  8e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08260  conserved hypothetical protein  29.91 
 
 
458 aa  94.4  3e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.632375  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0713  glycosyl hydrolase family 88  33.18 
 
 
362 aa  90.1  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1750  glycosy hydrolase family protein  23.05 
 
 
319 aa  87.8  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1919  glycosy hydrolase family protein  24.68 
 
 
345 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0962  glycosy hydrolase family protein  32.07 
 
 
369 aa  84.7  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1289  glycosyl hydrolase family 88  26.35 
 
 
372 aa  84  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0452  glycosyl hydrolase family 88  23.93 
 
 
381 aa  83.6  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1376  glycosy hydrolase family protein  27.95 
 
 
823 aa  82  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0639822  normal  0.967141 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2294  glycosyl hydrolase family 88  31.75 
 
 
433 aa  80.1  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.747868  hitchhiker  0.00963008 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1806  glycosyl hydrolase family 88  27.73 
 
 
378 aa  77  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2306  glycosyl hydrolase family 88  25.54 
 
 
386 aa  76.3  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.375805  normal  0.0432907 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2117  glycosyl hydrolase family 88  31.02 
 
 
623 aa  75.1  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4236  glycosy hydrolase family protein  26.05 
 
 
374 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0986  glycosy hydrolase family protein  24.71 
 
 
352 aa  74.3  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0933  glycosy hydrolase family protein  24.71 
 
 
352 aa  74.3  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1578  glycosyl hydrolase family 88  28.02 
 
 
379 aa  73.9  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.998372 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3368  glycosy hydrolase family protein  25.07 
 
 
352 aa  74.3  0.000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.65377 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0863  glycosyl hydrolase family 88  26.27 
 
 
744 aa  73.6  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3946  hypothetical protein  26.81 
 
 
389 aa  73.6  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2704  glycosy hydrolase family protein  25.37 
 
 
358 aa  73.2  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.592912  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3978  glycosyl hydrolase family 88  26.42 
 
 
368 aa  73.2  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2300  glycosyl hydrolase family 88  26.98 
 
 
363 aa  62.4  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00753245  normal  0.0687608 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1282  hypothetical protein  24.05 
 
 
427 aa  61.2  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000326624  normal  0.558668 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2737  glycosy hydrolase family protein  22.7 
 
 
294 aa  57.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06720  expressed protein  31.4 
 
 
422 aa  48.1  0.0003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.293392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>