72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1335 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009436  Ent638_2443  glycosy hydrolase family protein  87.6 
 
 
379 aa  707    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2071  glycosyl hydrolase, family 88  98.94 
 
 
379 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000233336 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2126  glycosyl hydrolase, family 88  98.94 
 
 
379 aa  783    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000763601 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2066  glycosyl hydrolase, family 88  99.47 
 
 
379 aa  788    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  0.0470712 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1211  glycosyl hydrolase, family 88  99.21 
 
 
379 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1335  glycosyl hydrolase, family 88  100 
 
 
379 aa  792    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000103644 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3541  glycosyl hydrolase family 88  75.73 
 
 
379 aa  622  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.591399  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3379  glycosyl hydrolase family 88  75.73 
 
 
379 aa  619  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0820  glycosyl hydrolase family 88  74.93 
 
 
379 aa  614  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0854  glycosyl hydrolase family 88  74.41 
 
 
379 aa  613  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0846  hypothetical protein  66.76 
 
 
374 aa  538  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03196  unsaturated rhamnogalacturonan hydrolase (Eurofung)  65.19 
 
 
370 aa  486  1e-136  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.389014 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3783  glycosyl hydrolase family 88  58.82 
 
 
363 aa  441  1e-123  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08260  conserved hypothetical protein  39.81 
 
 
458 aa  288  8e-77  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.632375  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5078  glycosyl hydrolase family 88  44.48 
 
 
364 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.958101  normal  0.117982 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5358  glycosyl hydrolase family 88  44.23 
 
 
364 aa  278  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622605  normal  0.178388 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5758  hypothetical protein  43.59 
 
 
364 aa  276  4e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489527  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0661  glycosyl hydrolase family 88  40.69 
 
 
369 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3524  glycosyl hydrolase family 88  40.6 
 
 
368 aa  266  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4039  glycosyl hydrolase family 88  42.58 
 
 
346 aa  264  2e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0713  glycosyl hydrolase family 88  39.27 
 
 
362 aa  264  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3673  glycosyl hydrolase family 88  43.35 
 
 
368 aa  263  4.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1919  glycosy hydrolase family protein  28.89 
 
 
345 aa  142  9e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0449  glycosyl hydrolase family 88  33.46 
 
 
410 aa  136  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1344  glycosy hydrolase family protein  31.22 
 
 
473 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4685  glycosyl hydrolase family 88  29.87 
 
 
349 aa  113  5e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.558962  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0456  glycosyl hydrolase family 88  34.5 
 
 
462 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2470  glycosyl hydrolase family 88  29.36 
 
 
393 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4250  glycosy hydrolase family protein  26.81 
 
 
397 aa  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.478117  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5387  glycosyl hydrolase family 88  29.3 
 
 
391 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0230208 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2882  glycosyl hydrolase family 88  27.24 
 
 
392 aa  103  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4251  glycosy hydrolase family protein  29.96 
 
 
401 aa  97.8  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.166912  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3108  glycosyl hydrolase family 88  26.53 
 
 
574 aa  96.3  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285148  normal  0.618959 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5505  glycosyl hydrolase family 88  28.3 
 
 
629 aa  96.3  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0777464  hitchhiker  0.00601524 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0951  DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit  26.76 
 
 
827 aa  94.7  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607652  hitchhiker  0.00000495983 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5409  glycosyl hydrolase family 88  28.51 
 
 
376 aa  94.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000034973  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2741  glycosyl hydrolase family 88  27.72 
 
 
639 aa  94  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578666  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  26.69 
 
 
865 aa  90.1  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2841  glycosyl hydrolase family 88  25.87 
 
 
612 aa  88.6  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.137267  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1549  glycosyl hydrolase family 88  32.14 
 
 
345 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2381  glycosyl hydrolase family 88  25.35 
 
 
373 aa  87  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0452  glycosyl hydrolase family 88  24.28 
 
 
381 aa  86.7  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1024  glycosyl hydrolase family 88  29.7 
 
 
644 aa  86.7  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4252  glycosy hydrolase family protein  24.68 
 
 
399 aa  77.4  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.239169  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1360  glycosy hydrolase family protein  25.69 
 
 
753 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.576113  normal  0.691294 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0203  glycosy hydrolase family protein  23.68 
 
 
375 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000431819  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2704  glycosy hydrolase family protein  23.18 
 
 
358 aa  73.9  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.592912  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0863  glycosyl hydrolase family 88  29.02 
 
 
744 aa  73.6  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2808  hypothetical protein  22.39 
 
 
402 aa  71.2  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000299929 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09383  unsaturated rhamnogalacturonan hydrolase (Eurofung)  29.59 
 
 
378 aa  70.1  0.00000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.318478 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0696  glycosyl hydrolase family 88  24.52 
 
 
362 aa  69.3  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5981  di-transpoly-cis-decaprenylcistransferase  26.06 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4236  glycosy hydrolase family protein  30.51 
 
 
374 aa  66.2  0.0000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1750  glycosy hydrolase family protein  25.37 
 
 
319 aa  62  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3368  glycosy hydrolase family protein  26.01 
 
 
352 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.65377 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0986  glycosy hydrolase family protein  26.01 
 
 
352 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0933  glycosy hydrolase family protein  26.01 
 
 
352 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1289  glycosyl hydrolase family 88  23.21 
 
 
372 aa  59.7  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1578  glycosyl hydrolase family 88  25.67 
 
 
379 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.998372 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1376  glycosy hydrolase family protein  25.42 
 
 
823 aa  58.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0639822  normal  0.967141 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3978  glycosyl hydrolase family 88  25.14 
 
 
368 aa  56.2  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0962  glycosy hydrolase family protein  26.4 
 
 
369 aa  55.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1806  glycosyl hydrolase family 88  26.85 
 
 
378 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2306  glycosyl hydrolase family 88  24.46 
 
 
386 aa  55.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.375805  normal  0.0432907 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2294  glycosyl hydrolase family 88  25.42 
 
 
433 aa  54.7  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.747868  hitchhiker  0.00963008 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2117  glycosyl hydrolase family 88  26.35 
 
 
623 aa  51.2  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10505  cell wall glycosyl hydrolase YteR, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14630)  24.34 
 
 
367 aa  49.7  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.841717 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2540  glycosyl hydrolase family 88  26.37 
 
 
402 aa  47  0.0005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07828  unsaturated rhamnogalacturonan hydrolase (Eurofung)  24.7 
 
 
383 aa  47  0.0006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.091215  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3946  hypothetical protein  24.61 
 
 
389 aa  46.6  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2300  glycosyl hydrolase family 88  30.36 
 
 
363 aa  45.8  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00753245  normal  0.0687608 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1282  hypothetical protein  23.12 
 
 
427 aa  44.7  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000326624  normal  0.558668 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>