216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4861 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4735  outer membrane porin  96.23 
 
 		 478 aa  909    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4500  outer membrane porin  70.39 
 
 		 505 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.697186  normal  0.197989 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3268  outer membrane porin  94.57 
 
 		 479 aa  883    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0188847  normal  0.0282979 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0356  OprD family outer membrane porin  81.38 
 
 		 480 aa  787    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1248  OprD family outer membrane porin  81.38 
 
 		 486 aa  787    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5408  outer membrane porin  99.37 
 
 		 490 aa  975    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0120  outer membrane porin  95.4 
 
 		 474 aa  915    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00350083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2214  OprD family outer membrane porin  80.13 
 
 		 501 aa  784    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.456443  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0752  outer membrane porin for cationic amino acids and peptides  68.88 
 
 		 499 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5323  outer membrane porin  95.82 
 
 		 478 aa  928    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4861  outer membrane porin  100 
 
 		 478 aa  978    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.054091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5537  outer membrane porin  95.82 
 
 		 478 aa  928    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00176042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1539  OprD family outer membrane porin  81.38 
 
 		 486 aa  787    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.993831  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1729  OprD family outer membrane porin  81.38 
 
 		 486 aa  787    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3014  OprD family outer membrane porin  81.38 
 
 		 527 aa  789    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0532717  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2898  OprD family outer membrane porin  81.38 
 
 		 527 aa  789    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.907391  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0390  OprD family outer membrane porin  81.38 
 
 		 527 aa  789    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4433  outer membrane porin  71.17 
 
 		 529 aa  656    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.326641 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4237  outer membrane porin  34.65 
 
 		 471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0537439  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4560  outer membrane porin, OprD family  34.82 
 
 		 459 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  34.25 
 
 		 484 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0922  outer membrane porin  34.33 
 
 		 459 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.535028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4295  outer membrane porin  34.89 
 
 		 459 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0341226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  33.9 
 
 		 459 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  37.01 
 
 		 478 aa  237  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0926  outer membrane porin  34.12 
 
 		 459 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0814  outer membrane porin  33.48 
 
 		 471 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00657196  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  35.99 
 
 		 448 aa  207  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  33.87 
 
 		 443 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  34.1 
 
 		 441 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2005  outer membrane porin  30.73 
 
 		 447 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  32.29 
 
 		 446 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  33.57 
 
 		 445 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  33.95 
 
 		 445 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  33.88 
 
 		 447 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  32.58 
 
 		 448 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  33.48 
 
 		 444 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  31.07 
 
 		 444 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  31.07 
 
 		 444 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  31.02 
 
 		 455 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  31.32 
 
 		 448 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  30.84 
 
 		 444 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  30.59 
 
 		 446 aa  171  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  30.61 
 
 		 444 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  33.33 
 
 		 444 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  32.3 
 
 		 431 aa  166  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  30.34 
 
 		 441 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  30.37 
 
 		 452 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  31.81 
 
 		 413 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  31.29 
 
 		 468 aa  163  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  29.75 
 
 		 441 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  29.89 
 
 		 440 aa  163  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  31.58 
 
 		 420 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  31.04 
 
 		 420 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  32 
 
 		 420 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  30.33 
 
 		 435 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  30.6 
 
 		 435 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  28.81 
 
 		 425 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  30.7 
 
 		 438 aa  158  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  29.29 
 
 		 441 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  30.25 
 
 		 447 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  30.25 
 
 		 447 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  30.25 
 
 		 447 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  30.25 
 
 		 447 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  30.28 
 
 		 452 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  33.33 
 
 		 421 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  33.33 
 
 		 421 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  31.69 
 
 		 427 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  30.23 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  29.37 
 
 		 441 aa  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  30.23 
 
 		 447 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  29.77 
 
 		 447 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  31.59 
 
 		 422 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  30.73 
 
 		 449 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  32.52 
 
 		 444 aa  147  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  30.73 
 
 		 479 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  28.47 
 
 		 423 aa  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  29.76 
 
 		 416 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  29.81 
 
 		 418 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  30.75 
 
 		 421 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  31.64 
 
 		 415 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  28.76 
 
 		 425 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  29.38 
 
 		 418 aa  136  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  28.87 
 
 		 467 aa  136  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  27.85 
 
 		 454 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  28.04 
 
 		 416 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  28.54 
 
 		 425 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  28.28 
 
 		 418 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  28.61 
 
 		 417 aa  134  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  28.81 
 
 		 472 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  29.4 
 
 		 412 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  28.94 
 
 		 426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  28.5 
 
 		 412 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  28.74 
 
 		 412 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  30.75 
 
 		 428 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  28.5 
 
 		 412 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  29.12 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  27.74 
 
 		 418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  28.4 
 
 		 424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  27.94 
 
 		 414 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>