214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4560 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4560  outer membrane porin, OprD family  100 
 
 		 459 aa  945    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4237  outer membrane porin  93.21 
 
 		 471 aa  898    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0537439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0814  outer membrane porin  64.97 
 
 		 471 aa  627  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00657196  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  64.57 
 
 		 459 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4295  outer membrane porin  64.57 
 
 		 459 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0341226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0922  outer membrane porin  63.91 
 
 		 459 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.535028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0926  outer membrane porin  63.26 
 
 		 459 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  50.33 
 
 		 478 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  50.11 
 
 		 484 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2005  outer membrane porin  39.41 
 
 		 447 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2214  OprD family outer membrane porin  35.84 
 
 		 501 aa  263  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.456443  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0356  OprD family outer membrane porin  35.29 
 
 		 480 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3014  OprD family outer membrane porin  35.29 
 
 		 527 aa  263  6e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0532717  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2898  OprD family outer membrane porin  35.29 
 
 		 527 aa  263  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.907391  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0390  OprD family outer membrane porin  35.29 
 
 		 527 aa  263  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1248  OprD family outer membrane porin  35.29 
 
 		 486 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1539  OprD family outer membrane porin  35.29 
 
 		 486 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.993831  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1729  OprD family outer membrane porin  35.29 
 
 		 486 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3268  outer membrane porin  35.1 
 
 		 479 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0188847  normal  0.0282979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  37.47 
 
 		 443 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5323  outer membrane porin  35.94 
 
 		 478 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5537  outer membrane porin  35.94 
 
 		 478 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00176042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4735  outer membrane porin  35.71 
 
 		 478 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  36.74 
 
 		 441 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5408  outer membrane porin  35.04 
 
 		 490 aa  249  6e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0752  outer membrane porin for cationic amino acids and peptides  35.24 
 
 		 499 aa  249  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4861  outer membrane porin  34.82 
 
 		 478 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.054091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4433  outer membrane porin  34.8 
 
 		 529 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.326641 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0120  outer membrane porin  35.04 
 
 		 474 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00350083  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  37.37 
 
 		 448 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4500  outer membrane porin  35.19 
 
 		 505 aa  240  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.697186  normal  0.197989 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  37.81 
 
 		 447 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  36.38 
 
 		 446 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  37.7 
 
 		 448 aa  230  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  35.71 
 
 		 445 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  35.42 
 
 		 445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  33.98 
 
 		 441 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  33.98 
 
 		 441 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  34.02 
 
 		 447 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  34.55 
 
 		 447 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  33.79 
 
 		 447 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  33.83 
 
 		 446 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  34.98 
 
 		 440 aa  210  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  33.26 
 
 		 441 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  33.18 
 
 		 447 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  33.18 
 
 		 447 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  33.18 
 
 		 447 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  33.18 
 
 		 447 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  31.48 
 
 		 479 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  31.48 
 
 		 449 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  33.33 
 
 		 448 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  32.9 
 
 		 441 aa  200  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  32.33 
 
 		 438 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  32.21 
 
 		 455 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  32.33 
 
 		 444 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  31.91 
 
 		 444 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  33.41 
 
 		 444 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  33.41 
 
 		 444 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  32.96 
 
 		 444 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  32.41 
 
 		 413 aa  187  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  31.96 
 
 		 444 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  32.5 
 
 		 435 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  31.46 
 
 		 468 aa  178  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  32.25 
 
 		 435 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  32.06 
 
 		 429 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  31.07 
 
 		 452 aa  177  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  32.49 
 
 		 421 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  30.91 
 
 		 427 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  32.49 
 
 		 421 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  31.57 
 
 		 425 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  30.68 
 
 		 427 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  32.58 
 
 		 417 aa  173  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  30.75 
 
 		 452 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  32.49 
 
 		 418 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  31.24 
 
 		 431 aa  172  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  30.23 
 
 		 454 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  30.47 
 
 		 444 aa  171  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  32.7 
 
 		 414 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  31.81 
 
 		 422 aa  171  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  30.16 
 
 		 433 aa  169  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  33.11 
 
 		 427 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  31.1 
 
 		 452 aa  169  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  28.48 
 
 		 467 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  31.25 
 
 		 429 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  31.73 
 
 		 429 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  28.37 
 
 		 433 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  29.91 
 
 		 439 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  31.49 
 
 		 429 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  32.71 
 
 		 420 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  30.5 
 
 		 439 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  31.62 
 
 		 416 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  28.48 
 
 		 423 aa  163  7e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  32.17 
 
 		 416 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  29.93 
 
 		 428 aa  162  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  32.17 
 
 		 416 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  28.63 
 
 		 472 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  29.91 
 
 		 439 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  30.13 
 
 		 424 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  33.24 
 
 		 420 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  29.91 
 
 		 439 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>