222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4212 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  82.67 
 
 		 421 aa  677    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  84.07 
 
 		 422 aa  733    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  82.67 
 
 		 421 aa  677    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  100 
 
 		 427 aa  869    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  54.82 
 
 		 425 aa  455  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  48.8 
 
 		 441 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  52.8 
 
 		 414 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  49.67 
 
 		 443 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  47.31 
 
 		 417 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  45.02 
 
 		 446 aa  350  3e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  47.94 
 
 		 425 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  47.71 
 
 		 425 aa  345  6e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  47.62 
 
 		 428 aa  332  9e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  43.26 
 
 		 448 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  43.24 
 
 		 421 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  43.02 
 
 		 421 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  42.76 
 
 		 447 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  41.72 
 
 		 441 aa  307  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  44.55 
 
 		 424 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  43.71 
 
 		 439 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  40.39 
 
 		 447 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  40.39 
 
 		 447 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  40.39 
 
 		 447 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  40.39 
 
 		 447 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  43.81 
 
 		 439 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  43.81 
 
 		 439 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  43.64 
 
 		 424 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  44.83 
 
 		 448 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  43.81 
 
 		 439 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  42.23 
 
 		 418 aa  302  7.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  41.33 
 
 		 440 aa  302  9e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  41.28 
 
 		 446 aa  301  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  40.22 
 
 		 422 aa  293  5e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  39.47 
 
 		 441 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  38.14 
 
 		 431 aa  286  5e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  41.19 
 
 		 421 aa  286  5e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  41.57 
 
 		 447 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  41.44 
 
 		 447 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  40.99 
 
 		 447 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  38.41 
 
 		 441 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  38.36 
 
 		 441 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  38.99 
 
 		 445 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  38.74 
 
 		 416 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  40.63 
 
 		 429 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  38.99 
 
 		 445 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  39.81 
 
 		 415 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  39.51 
 
 		 429 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  39.63 
 
 		 429 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  40.47 
 
 		 420 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  39.86 
 
 		 431 aa  275  9e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  39.27 
 
 		 429 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  39.04 
 
 		 455 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  39.08 
 
 		 412 aa  273  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  39.67 
 
 		 417 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  37.83 
 
 		 421 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  39.9 
 
 		 420 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  39.44 
 
 		 410 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  40.22 
 
 		 448 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  39.17 
 
 		 410 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  40.15 
 
 		 420 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  40.39 
 
 		 410 aa  269  8e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  38.88 
 
 		 427 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  39.5 
 
 		 418 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  40.68 
 
 		 418 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  40.44 
 
 		 418 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  37.9 
 
 		 427 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  40.44 
 
 		 418 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  41.19 
 
 		 409 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  40.58 
 
 		 418 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  38.5 
 
 		 416 aa  263  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  37.3 
 
 		 411 aa  262  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  37.64 
 
 		 416 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  39.95 
 
 		 417 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  40.45 
 
 		 409 aa  259  6e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  38.48 
 
 		 419 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  39.42 
 
 		 395 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  38.78 
 
 		 423 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  36.42 
 
 		 435 aa  257  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  36.41 
 
 		 433 aa  256  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  36.06 
 
 		 435 aa  256  8e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  38.46 
 
 		 415 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  38.32 
 
 		 422 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  36.67 
 
 		 417 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  37.87 
 
 		 412 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  37.59 
 
 		 422 aa  250  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  36.3 
 
 		 417 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  35.76 
 
 		 417 aa  249  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  35.99 
 
 		 417 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  35.41 
 
 		 479 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  35.41 
 
 		 449 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  39.27 
 
 		 412 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  36.99 
 
 		 412 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  36.43 
 
 		 424 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  36.99 
 
 		 412 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  36.26 
 
 		 416 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  37.25 
 
 		 444 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  36.53 
 
 		 433 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  36.36 
 
 		 426 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  38.94 
 
 		 416 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  35.94 
 
 		 452 aa  243  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>