219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2488 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  99.02 
 
 		 417 aa  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  96.59 
 
 		 410 aa  818    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  100 
 
 		 410 aa  835    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  94.39 
 
 		 410 aa  801    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  55.58 
 
 		 418 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  54.57 
 
 		 418 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  50.48 
 
 		 421 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  50.48 
 
 		 421 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  50.37 
 
 		 427 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  50.12 
 
 		 427 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  50.25 
 
 		 429 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  49.28 
 
 		 429 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  49.25 
 
 		 429 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  49.5 
 
 		 429 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  50.24 
 
 		 412 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  47.76 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  47.61 
 
 		 422 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  47.78 
 
 		 416 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  49.04 
 
 		 421 aa  368  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  48.44 
 
 		 409 aa  362  6e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  48.53 
 
 		 409 aa  359  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  46.75 
 
 		 433 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  45.19 
 
 		 433 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  45.8 
 
 		 415 aa  345  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  43.7 
 
 		 433 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  46.27 
 
 		 411 aa  335  7.999999999999999e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  43.7 
 
 		 433 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  43.7 
 
 		 429 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  45.06 
 
 		 416 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  45.28 
 
 		 416 aa  325  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  44.18 
 
 		 416 aa  319  7e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  44.07 
 
 		 416 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  43.49 
 
 		 431 aa  316  5e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  42.61 
 
 		 417 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  42.51 
 
 		 418 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  42.82 
 
 		 430 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  41.01 
 
 		 423 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  42.51 
 
 		 431 aa  310  4e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  42.01 
 
 		 418 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  40.53 
 
 		 422 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  42.18 
 
 		 418 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  41.58 
 
 		 460 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  40.44 
 
 		 420 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  41.67 
 
 		 418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  40.72 
 
 		 420 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  40.87 
 
 		 463 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  41.45 
 
 		 412 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  40.86 
 
 		 424 aa  303  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  43.97 
 
 		 416 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  41.2 
 
 		 412 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  43.97 
 
 		 416 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  41.01 
 
 		 427 aa  302  6.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  43.97 
 
 		 416 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  42.34 
 
 		 408 aa  301  9e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  41.2 
 
 		 412 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  40.86 
 
 		 428 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  41.09 
 
 		 423 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  41.56 
 
 		 412 aa  299  6e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  41.84 
 
 		 418 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  39.51 
 
 		 417 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  39.51 
 
 		 417 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  39.61 
 
 		 418 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  42.12 
 
 		 408 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  38.66 
 
 		 422 aa  295  7e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  38.76 
 
 		 422 aa  295  9e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  39.49 
 
 		 426 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  40.51 
 
 		 395 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  39.6 
 
 		 405 aa  293  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  38.63 
 
 		 417 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  40.99 
 
 		 423 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  42.69 
 
 		 439 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  41.08 
 
 		 416 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  42.04 
 
 		 416 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  39.52 
 
 		 426 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  40.74 
 
 		 423 aa  288  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  40.91 
 
 		 437 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  40.63 
 
 		 443 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  38.67 
 
 		 447 aa  286  7e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  39.85 
 
 		 419 aa  285  8e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  40.5 
 
 		 415 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  38.24 
 
 		 427 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  38.57 
 
 		 417 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  38.33 
 
 		 420 aa  280  4e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  40.09 
 
 		 442 aa  278  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  37.91 
 
 		 413 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  39.51 
 
 		 445 aa  276  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  38.79 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  40.05 
 
 		 430 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  38.44 
 
 		 443 aa  275  7e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  38.42 
 
 		 440 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  37.91 
 
 		 424 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  39.09 
 
 		 417 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  40.35 
 
 		 431 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  38.22 
 
 		 439 aa  274  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  39.8 
 
 		 421 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  40.3 
 
 		 430 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  39.8 
 
 		 430 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  37.16 
 
 		 422 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  37.94 
 
 		 439 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  38.1 
 
 		 417 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>