229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2681 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  97.6 
 
 		 416 aa  836    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  89.9 
 
 		 416 aa  789    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  100 
 
 		 416 aa  853    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  97.12 
 
 		 416 aa  834    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  59.61 
 
 		 423 aa  508  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  62.72 
 
 		 430 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  61.71 
 
 		 430 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  61.46 
 
 		 430 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  60.4 
 
 		 431 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  54.31 
 
 		 428 aa  445  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  48.21 
 
 		 417 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  47.26 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  49.16 
 
 		 416 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  46.57 
 
 		 422 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  46.9 
 
 		 418 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  48.31 
 
 		 416 aa  360  3e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  46.27 
 
 		 418 aa  359  5e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  47.33 
 
 		 417 aa  359  5e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  47.33 
 
 		 417 aa  358  8e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  46.1 
 
 		 418 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  45.85 
 
 		 418 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  46.4 
 
 		 417 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  46.32 
 
 		 422 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  46.9 
 
 		 418 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  44.85 
 
 		 419 aa  352  7e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  47.27 
 
 		 415 aa  349  6e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  47.19 
 
 		 395 aa  348  7e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  48.99 
 
 		 429 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  45.24 
 
 		 422 aa  346  4e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  46.98 
 
 		 421 aa  345  8e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  45.82 
 
 		 422 aa  345  8.999999999999999e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  48.49 
 
 		 429 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  45.5 
 
 		 415 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  46.74 
 
 		 421 aa  344  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  43.91 
 
 		 412 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  48.24 
 
 		 429 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  44.02 
 
 		 412 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  47.99 
 
 		 429 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  43.78 
 
 		 412 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  44.02 
 
 		 412 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  44.1 
 
 		 416 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  44.84 
 
 		 410 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  44.67 
 
 		 424 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  45.36 
 
 		 428 aa  328  1.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  46.32 
 
 		 421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  45.11 
 
 		 427 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  46.68 
 
 		 412 aa  326  5e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  44.31 
 
 		 423 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  44.36 
 
 		 426 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  42.75 
 
 		 405 aa  323  4e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  43.51 
 
 		 421 aa  323  5e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  43.06 
 
 		 422 aa  320  3e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  44.11 
 
 		 427 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  43.89 
 
 		 424 aa  317  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  42.21 
 
 		 416 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  44.76 
 
 		 416 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  44.58 
 
 		 421 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  43.48 
 
 		 418 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  43.87 
 
 		 409 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  43.36 
 
 		 409 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  44.66 
 
 		 410 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  44.11 
 
 		 417 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  44.21 
 
 		 417 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  44.11 
 
 		 417 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  40.91 
 
 		 420 aa  303  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  43.97 
 
 		 410 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  44.42 
 
 		 410 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  42.22 
 
 		 439 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  43.75 
 
 		 417 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  44.7 
 
 		 429 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  42.24 
 
 		 433 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  41.29 
 
 		 433 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  41.23 
 
 		 433 aa  298  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  42.36 
 
 		 418 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  40.9 
 
 		 426 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  39.95 
 
 		 413 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  41.77 
 
 		 429 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  40.57 
 
 		 433 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  41.5 
 
 		 411 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  40.52 
 
 		 420 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  42.36 
 
 		 418 aa  293  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  42.86 
 
 		 416 aa  293  5e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  40.28 
 
 		 420 aa  292  8e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  41.65 
 
 		 430 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  41.56 
 
 		 417 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  39.62 
 
 		 427 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  42.11 
 
 		 416 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  39.59 
 
 		 442 aa  280  4e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  40.14 
 
 		 423 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  39.9 
 
 		 423 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  39.16 
 
 		 427 aa  276  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  40.38 
 
 		 424 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  40.71 
 
 		 445 aa  274  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  38.48 
 
 		 460 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  39.61 
 
 		 431 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  39.12 
 
 		 431 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  40.1 
 
 		 402 aa  269  5e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  40.34 
 
 		 408 aa  269  8e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  37.56 
 
 		 463 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  38.63 
 
 		 440 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>