242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1577 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  91.37 
 
 
417 aa  784    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  100 
 
 
417 aa  842    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  88.52 
 
 
418 aa  753    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  76.02 
 
 
417 aa  665    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  90.89 
 
 
417 aa  780    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  48.17 
 
 
429 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  47.68 
 
 
429 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  46.44 
 
 
427 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  46.59 
 
 
427 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  47.92 
 
 
429 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  45.78 
 
 
429 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  45.69 
 
 
421 aa  360  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  46 
 
 
421 aa  359  4e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  46 
 
 
421 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  43.3 
 
 
463 aa  340  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  45.81 
 
 
442 aa  340  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  43.63 
 
 
433 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  43.27 
 
 
460 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  43.3 
 
 
433 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  43.59 
 
 
422 aa  336  3.9999999999999995e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  43.93 
 
 
431 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  43.3 
 
 
429 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  42.55 
 
 
433 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  43.63 
 
 
439 aa  332  5e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  44.16 
 
 
431 aa  332  6e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  45.43 
 
 
421 aa  332  6e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  43.06 
 
 
433 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  46.6 
 
 
416 aa  332  9e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  43.92 
 
 
439 aa  330  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  43.16 
 
 
439 aa  326  5e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  43.37 
 
 
412 aa  324  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  43.15 
 
 
447 aa  323  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  45.04 
 
 
416 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  44.06 
 
 
445 aa  322  6e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  43.29 
 
 
441 aa  322  7e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  42.42 
 
 
440 aa  321  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  41.53 
 
 
423 aa  318  7.999999999999999e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  43.6 
 
 
416 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  42.59 
 
 
443 aa  318  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  44.9 
 
 
416 aa  315  8e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  45.59 
 
 
409 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  45.59 
 
 
409 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  41.33 
 
 
457 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  44 
 
 
416 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  44 
 
 
416 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  41.31 
 
 
427 aa  308  9e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  44 
 
 
416 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  42.36 
 
 
416 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  43.18 
 
 
417 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  44 
 
 
416 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  42.14 
 
 
408 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2927  outer membrane porin OprE  39.91 
 
 
443 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0534215  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  42.2 
 
 
443 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  40.82 
 
 
408 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  42 
 
 
418 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  40.98 
 
 
411 aa  303  5.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  40.91 
 
 
440 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10640  OprE-like outer membrane porin  40.99 
 
 
456 aa  302  9e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0112866  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  41.75 
 
 
440 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  39.06 
 
 
420 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  39.29 
 
 
420 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  41.56 
 
 
423 aa  300  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  39.81 
 
 
410 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  41.23 
 
 
418 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  41.28 
 
 
427 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  41.81 
 
 
423 aa  300  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  42.09 
 
 
417 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  39.1 
 
 
417 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  39.1 
 
 
410 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  38.63 
 
 
410 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  39.43 
 
 
418 aa  296  6e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  41.5 
 
 
417 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  43.18 
 
 
417 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  41.07 
 
 
437 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  40.75 
 
 
426 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  40.15 
 
 
417 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  38.48 
 
 
418 aa  289  8e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  40.99 
 
 
422 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  39.65 
 
 
395 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  40.84 
 
 
419 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  40.05 
 
 
415 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  40.74 
 
 
418 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.35 
 
 
430 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  40.1 
 
 
422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  39.61 
 
 
422 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  40.25 
 
 
418 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  40.25 
 
 
418 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19070  outer membrane porin, OprE-like protein  39.58 
 
 
442 aa  282  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  37.74 
 
 
424 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  41 
 
 
416 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  38.88 
 
 
415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  39.05 
 
 
424 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  39.9 
 
 
428 aa  267  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  38.86 
 
 
430 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  38.2 
 
 
412 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  38.14 
 
 
412 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  38.86 
 
 
430 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  37.26 
 
 
416 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  38.61 
 
 
430 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  38.52 
 
 
431 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>