222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1739 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  100 
 
 		 415 aa  842    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  53.05 
 
 		 421 aa  428  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  53.05 
 
 		 421 aa  428  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  50.12 
 
 		 422 aa  396  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  50.38 
 
 		 416 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  49.87 
 
 		 416 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  47.9 
 
 		 423 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  48.34 
 
 		 412 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  45.48 
 
 		 429 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  47.36 
 
 		 429 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  45.84 
 
 		 430 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  47.27 
 
 		 416 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  46.85 
 
 		 429 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  45.35 
 
 		 429 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  47.03 
 
 		 422 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  45.75 
 
 		 431 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  47.49 
 
 		 409 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  46.99 
 
 		 409 aa  353  4e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  46.43 
 
 		 418 aa  351  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  45.95 
 
 		 416 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  47 
 
 		 421 aa  350  3e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  46.19 
 
 		 427 aa  349  6e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  44.84 
 
 		 430 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  45.69 
 
 		 427 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  46.56 
 
 		 422 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  46.56 
 
 		 416 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  45.09 
 
 		 430 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  46.32 
 
 		 416 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  46.28 
 
 		 410 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  46.04 
 
 		 417 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  45.8 
 
 		 410 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  47.1 
 
 		 421 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  45.41 
 
 		 411 aa  344  1e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  46.08 
 
 		 416 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  47.72 
 
 		 418 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  45.08 
 
 		 410 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  45.71 
 
 		 418 aa  339  4e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  45.71 
 
 		 418 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  45.71 
 
 		 418 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  46.04 
 
 		 419 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  44.66 
 
 		 417 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  44.74 
 
 		 417 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  46.79 
 
 		 395 aa  335  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  44.47 
 
 		 417 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  45.65 
 
 		 412 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  45.41 
 
 		 412 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  44.98 
 
 		 415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  44.93 
 
 		 412 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  44.55 
 
 		 412 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  43.24 
 
 		 422 aa  326  5e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  41.12 
 
 		 428 aa  320  3e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  43.1 
 
 		 423 aa  318  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  45.57 
 
 		 418 aa  316  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  41.72 
 
 		 427 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  42.89 
 
 		 422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  42.31 
 
 		 424 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  43.8 
 
 		 424 aa  313  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  42.18 
 
 		 426 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  45.32 
 
 		 418 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  43.33 
 
 		 420 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  43.67 
 
 		 433 aa  311  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  43.33 
 
 		 416 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  43.24 
 
 		 416 aa  310  4e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  43.48 
 
 		 416 aa  308  9e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  40.89 
 
 		 433 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  43.1 
 
 		 417 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  42.82 
 
 		 420 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  42.23 
 
 		 417 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  40.28 
 
 		 433 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  43.56 
 
 		 421 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  43.24 
 
 		 410 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  41.32 
 
 		 447 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  41.16 
 
 		 405 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  39.58 
 
 		 433 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  43.81 
 
 		 439 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  39.35 
 
 		 429 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  40.54 
 
 		 437 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  40.86 
 
 		 431 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  40.66 
 
 		 418 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  41.03 
 
 		 431 aa  295  8e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  41.01 
 
 		 420 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  41.19 
 
 		 416 aa  292  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  41.44 
 
 		 417 aa  292  8e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  40.09 
 
 		 439 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  41.19 
 
 		 417 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  40.69 
 
 		 417 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  41.09 
 
 		 408 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  40.28 
 
 		 424 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  40.35 
 
 		 460 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  39.5 
 
 		 443 aa  285  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  39.78 
 
 		 463 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  40.24 
 
 		 408 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  39.81 
 
 		 427 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  41.04 
 
 		 426 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  39.75 
 
 		 428 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  39.24 
 
 		 447 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  39.24 
 
 		 447 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  39.24 
 
 		 447 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  39.24 
 
 		 447 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  38.72 
 
 		 440 aa  276  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>