224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2343 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  78.16 
 
 		 418 aa  662    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  77.83 
 
 		 422 aa  687    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  100 
 
 		 418 aa  860    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  76.68 
 
 		 417 aa  667    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  80.49 
 
 		 422 aa  682    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  93.54 
 
 		 418 aa  798    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  77.59 
 
 		 419 aa  655    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  78.88 
 
 		 395 aa  660    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  78.41 
 
 		 418 aa  664    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  78.16 
 
 		 418 aa  659    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  73.4 
 
 		 412 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  73.89 
 
 		 412 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  73.15 
 
 		 412 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  72.91 
 
 		 412 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  70.02 
 
 		 415 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  68.03 
 
 		 416 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  68.35 
 
 		 410 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  65.79 
 
 		 423 aa  573  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  67.34 
 
 		 424 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  67.4 
 
 		 416 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  67.87 
 
 		 421 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  68.33 
 
 		 422 aa  566  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  68.1 
 
 		 424 aa  562  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  67.85 
 
 		 426 aa  556  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  66.08 
 
 		 428 aa  547  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  67.68 
 
 		 429 aa  530  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  61.2 
 
 		 422 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  59.61 
 
 		 405 aa  501  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  56.29 
 
 		 420 aa  478  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  53.22 
 
 		 417 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  53.7 
 
 		 417 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  52.58 
 
 		 413 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  50.86 
 
 		 417 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  50.6 
 
 		 417 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  51.47 
 
 		 416 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  50.49 
 
 		 416 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  44.94 
 
 		 423 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  46.27 
 
 		 416 aa  359  5e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  46.12 
 
 		 430 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  45.77 
 
 		 416 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  45.86 
 
 		 430 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  46 
 
 		 431 aa  352  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  45.77 
 
 		 416 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  46.43 
 
 		 415 aa  347  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  45.11 
 
 		 430 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  44.55 
 
 		 416 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  45.01 
 
 		 422 aa  342  5.999999999999999e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.72 
 
 		 421 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.48 
 
 		 421 aa  328  8e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  43.28 
 
 		 427 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  44.67 
 
 		 429 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  42.43 
 
 		 427 aa  325  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  42.69 
 
 		 418 aa  322  5e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  43.07 
 
 		 421 aa  322  7e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  44.17 
 
 		 429 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  44.17 
 
 		 429 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  42.27 
 
 		 429 aa  318  9e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  44.02 
 
 		 418 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  41.91 
 
 		 410 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  41.35 
 
 		 412 aa  305  8.000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  41.67 
 
 		 417 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  41.67 
 
 		 410 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  42.04 
 
 		 410 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  40.55 
 
 		 411 aa  299  5e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  38.59 
 
 		 418 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  38.52 
 
 		 428 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  41.44 
 
 		 437 aa  292  9e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  41.31 
 
 		 416 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  38.15 
 
 		 417 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  41.13 
 
 		 421 aa  289  6e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  41 
 
 		 439 aa  289  8e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  38 
 
 		 417 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  43.2 
 
 		 409 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  39.56 
 
 		 433 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  43.24 
 
 		 409 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  39.56 
 
 		 433 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  38.1 
 
 		 417 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  39.31 
 
 		 429 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  38.57 
 
 		 433 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  37.8 
 
 		 460 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  39.62 
 
 		 416 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  36.96 
 
 		 440 aa  278  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  39.39 
 
 		 416 aa  276  5e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  37.5 
 
 		 443 aa  276  7e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  37.53 
 
 		 420 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  37.15 
 
 		 433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  36.5 
 
 		 463 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  38.12 
 
 		 417 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  39.1 
 
 		 431 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  37.64 
 
 		 457 aa  272  7e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  39.48 
 
 		 440 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  37.29 
 
 		 420 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  38.67 
 
 		 431 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  37.44 
 
 		 439 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  37.7 
 
 		 439 aa  270  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  38.12 
 
 		 445 aa  270  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  38.95 
 
 		 440 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  39.5 
 
 		 427 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  39.33 
 
 		 447 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.05 
 
 		 430 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>