217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2517 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  100 
 
 
410 aa  840    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  96.63 
 
 
415 aa  819    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  67.96 
 
 
421 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  67.87 
 
 
417 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  68.35 
 
 
418 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  68.69 
 
 
395 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  67.89 
 
 
416 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  67.87 
 
 
418 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  68.24 
 
 
422 aa  571  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  69.23 
 
 
422 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  70.28 
 
 
418 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  67.39 
 
 
418 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  66.91 
 
 
418 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  67.15 
 
 
412 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  66.91 
 
 
412 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  66.43 
 
 
412 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  66.67 
 
 
412 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  66.34 
 
 
419 aa  541  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  62.32 
 
 
423 aa  527  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  62.53 
 
 
422 aa  521  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  63.85 
 
 
424 aa  518  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  64.07 
 
 
424 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  61.01 
 
 
426 aa  503  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  58.13 
 
 
405 aa  494  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  59.43 
 
 
428 aa  495  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  59.61 
 
 
416 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  61.58 
 
 
429 aa  482  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  56.91 
 
 
422 aa  481  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  54.7 
 
 
420 aa  465  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  53.81 
 
 
417 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  53.07 
 
 
417 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  51.86 
 
 
417 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  51.86 
 
 
417 aa  411  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  51.69 
 
 
413 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  48.56 
 
 
416 aa  359  4e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  48.08 
 
 
416 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  45.58 
 
 
423 aa  352  5e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  47.5 
 
 
431 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  46.75 
 
 
430 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  46.5 
 
 
430 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  46 
 
 
430 aa  338  8e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  44.84 
 
 
416 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  44.12 
 
 
416 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  44.12 
 
 
416 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  43.51 
 
 
416 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  41.93 
 
 
429 aa  305  7e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  42.75 
 
 
415 aa  301  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  39.19 
 
 
428 aa  299  5e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  41.16 
 
 
421 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  40.51 
 
 
427 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  40.76 
 
 
427 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  39.11 
 
 
421 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  41.88 
 
 
429 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  41.09 
 
 
416 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  39.37 
 
 
421 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  41.37 
 
 
429 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  41.37 
 
 
429 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  41.4 
 
 
416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  40.31 
 
 
418 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  40.05 
 
 
418 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  40 
 
 
410 aa  276  7e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  39.9 
 
 
410 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  40.23 
 
 
422 aa  273  6e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  40.62 
 
 
416 aa  272  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  39.9 
 
 
417 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  37.45 
 
 
460 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  39.75 
 
 
410 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  40.1 
 
 
421 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  38.23 
 
 
433 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  37.04 
 
 
463 aa  266  7e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  38.63 
 
 
433 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  37.71 
 
 
412 aa  262  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  37.53 
 
 
429 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  37 
 
 
433 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  36.66 
 
 
457 aa  259  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  36.47 
 
 
411 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  37.61 
 
 
447 aa  256  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  36.18 
 
 
433 aa  256  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  36.47 
 
 
439 aa  254  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  40.34 
 
 
409 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  34.38 
 
 
440 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  36.92 
 
 
440 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  37.75 
 
 
417 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  36.97 
 
 
439 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  35.75 
 
 
443 aa  253  6e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  37.35 
 
 
440 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  39.61 
 
 
409 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  35.83 
 
 
439 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  36.64 
 
 
445 aa  250  4e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  38.37 
 
 
431 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  36.67 
 
 
418 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  38.96 
 
 
431 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  36.52 
 
 
417 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  35.98 
 
 
441 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  34.12 
 
 
424 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  36.27 
 
 
417 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  37.24 
 
 
437 aa  242  7e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10640  OprE-like outer membrane porin  33.26 
 
 
456 aa  240  4e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0112866  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  37.62 
 
 
441 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  35.99 
 
 
443 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>