223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2946 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  100 
 
 		 440 aa  899    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  87.9 
 
 		 440 aa  792    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  49.25 
 
 		 423 aa  399  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  47.72 
 
 		 427 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  49.25 
 
 		 423 aa  398  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  47.84 
 
 		 424 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  43.3 
 
 		 430 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  42.96 
 
 		 421 aa  328  9e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  41.81 
 
 		 429 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  42.86 
 
 		 429 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  42.62 
 
 		 429 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  42.86 
 
 		 429 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  41.08 
 
 		 427 aa  316  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  40.63 
 
 		 427 aa  316  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  42.35 
 
 		 421 aa  309  5e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  40.33 
 
 		 421 aa  309  8e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  40.09 
 
 		 421 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  42.69 
 
 		 416 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  41.22 
 
 		 422 aa  303  6.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  41.51 
 
 		 417 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  41.27 
 
 		 417 aa  299  6e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  41.75 
 
 		 417 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  40.94 
 
 		 418 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  39.3 
 
 		 402 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  39.8 
 
 		 433 aa  294  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  41.13 
 
 		 409 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  39.36 
 
 		 433 aa  289  8e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  40.95 
 
 		 409 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  39.53 
 
 		 423 aa  287  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  39.61 
 
 		 433 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  39.12 
 
 		 429 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  38.88 
 
 		 433 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  38.29 
 
 		 431 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  38.52 
 
 		 420 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  39.22 
 
 		 427 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  38.2 
 
 		 431 aa  279  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  39.04 
 
 		 420 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  39.49 
 
 		 417 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  40.52 
 
 		 416 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  37.05 
 
 		 447 aa  277  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  39.95 
 
 		 428 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  40.38 
 
 		 426 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  38.76 
 
 		 410 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  38.85 
 
 		 412 aa  273  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  39.5 
 
 		 418 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  39.76 
 
 		 417 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  39.21 
 
 		 426 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  40 
 
 		 418 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  38.86 
 
 		 416 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  38.86 
 
 		 416 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  39.57 
 
 		 416 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  40 
 
 		 418 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  38.12 
 
 		 416 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  36.94 
 
 		 417 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  36.94 
 
 		 410 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  38.95 
 
 		 418 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  39.8 
 
 		 418 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  36.71 
 
 		 410 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  40 
 
 		 418 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  38.81 
 
 		 417 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  38.63 
 
 		 416 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  39 
 
 		 419 aa  266  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  38.33 
 
 		 415 aa  266  8e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  38.5 
 
 		 418 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  37.53 
 
 		 423 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  38.72 
 
 		 415 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  38.21 
 
 		 422 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  38.9 
 
 		 417 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  38.3 
 
 		 422 aa  262  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  37.34 
 
 		 408 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  38.04 
 
 		 416 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  37.71 
 
 		 421 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  37.67 
 
 		 439 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  36.83 
 
 		 417 aa  259  7e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  37.29 
 
 		 416 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  38.29 
 
 		 413 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  38.67 
 
 		 424 aa  257  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  37.65 
 
 		 417 aa  257  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  36.79 
 
 		 422 aa  256  6e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  39.71 
 
 		 430 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  36.51 
 
 		 442 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  37 
 
 		 443 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  35.64 
 
 		 416 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  37.35 
 
 		 410 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  35.41 
 
 		 408 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  35.99 
 
 		 405 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  37.78 
 
 		 395 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  34.29 
 
 		 460 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  35.14 
 
 		 439 aa  249  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  38.48 
 
 		 430 aa  249  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  38.63 
 
 		 431 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  34 
 
 		 463 aa  249  9e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  34.87 
 
 		 439 aa  249  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  38.24 
 
 		 430 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  36.65 
 
 		 411 aa  247  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  34.56 
 
 		 441 aa  247  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  34.21 
 
 		 457 aa  246  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  39.65 
 
 		 429 aa  245  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  36.11 
 
 		 424 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  36.79 
 
 		 416 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>