220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1054 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  72.81 
 
 		 418 aa  650    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  100 
 
 		 422 aa  863    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  77.83 
 
 		 418 aa  687    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  72.81 
 
 		 418 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  94.08 
 
 		 422 aa  822    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  80.55 
 
 		 418 aa  679    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  77 
 
 		 419 aa  644    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  72.38 
 
 		 417 aa  650    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  86.75 
 
 		 395 aa  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  73.05 
 
 		 418 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  73.3 
 
 		 412 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  72.82 
 
 		 412 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  72.82 
 
 		 412 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  68.77 
 
 		 416 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  72.33 
 
 		 412 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  70.72 
 
 		 415 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  66.43 
 
 		 424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  68.24 
 
 		 410 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  65.73 
 
 		 421 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  64.45 
 
 		 416 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  62.96 
 
 		 423 aa  546  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  64.75 
 
 		 426 aa  536  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  61.84 
 
 		 422 aa  537  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  63.29 
 
 		 424 aa  531  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  62.75 
 
 		 428 aa  526  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  59.86 
 
 		 422 aa  525  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  64.32 
 
 		 429 aa  510  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  57.68 
 
 		 405 aa  486  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  55.74 
 
 		 420 aa  464  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  51.42 
 
 		 417 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  51.9 
 
 		 417 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  51.17 
 
 		 413 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  51.11 
 
 		 417 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  51.11 
 
 		 417 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  49.5 
 
 		 416 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  49.5 
 
 		 416 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  47.45 
 
 		 423 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  46.57 
 
 		 416 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  46.52 
 
 		 430 aa  360  4e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  45.52 
 
 		 431 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  46.57 
 
 		 416 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  46.57 
 
 		 416 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  45.77 
 
 		 430 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  47.03 
 
 		 415 aa  352  5e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  45.52 
 
 		 430 aa  350  4e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  44.5 
 
 		 416 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  44.23 
 
 		 429 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  43.73 
 
 		 429 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  43.73 
 
 		 429 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  43 
 
 		 429 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.69 
 
 		 421 aa  322  8e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.45 
 
 		 421 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  43.06 
 
 		 422 aa  318  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  42.68 
 
 		 427 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  42.72 
 
 		 421 aa  317  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  42.18 
 
 		 427 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  41.16 
 
 		 418 aa  300  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  41.67 
 
 		 418 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  38.32 
 
 		 428 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  38.53 
 
 		 417 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  39.31 
 
 		 410 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  39.8 
 
 		 410 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  38.66 
 
 		 410 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  40.38 
 
 		 412 aa  293  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  39.42 
 
 		 418 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  39.33 
 
 		 411 aa  290  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  42.2 
 
 		 409 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  42.68 
 
 		 409 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  40.1 
 
 		 417 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  39.85 
 
 		 417 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  39.81 
 
 		 416 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  40.23 
 
 		 421 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  39.35 
 
 		 417 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  37.01 
 
 		 433 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  36.9 
 
 		 433 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  37.01 
 
 		 429 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  36.67 
 
 		 433 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  36.62 
 
 		 433 aa  270  4e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  37.33 
 
 		 457 aa  268  8.999999999999999e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.48 
 
 		 430 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  37.26 
 
 		 416 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  38.41 
 
 		 439 aa  266  4e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  38.64 
 
 		 440 aa  266  7e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  36.36 
 
 		 431 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  36.42 
 
 		 463 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  36.96 
 
 		 460 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  35.49 
 
 		 440 aa  262  8e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  37.15 
 
 		 431 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  36.71 
 
 		 437 aa  260  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  36.34 
 
 		 439 aa  259  8e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  36.63 
 
 		 416 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  35.55 
 
 		 443 aa  256  6e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  36.79 
 
 		 440 aa  256  6e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  35.81 
 
 		 439 aa  255  8e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  34.93 
 
 		 420 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  38.32 
 
 		 427 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  35.88 
 
 		 441 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  36.47 
 
 		 417 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  34.92 
 
 		 420 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  36.98 
 
 		 445 aa  250  4e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>