232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4392 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  98.6 
 
 		 429 aa  864    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  100 
 
 		 429 aa  872    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  98.6 
 
 		 429 aa  863    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  92.07 
 
 		 429 aa  815    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  66.17 
 
 		 427 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  65.34 
 
 		 427 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  61.4 
 
 		 421 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  55.68 
 
 		 433 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  54.61 
 
 		 433 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  55.3 
 
 		 433 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  55.9 
 
 		 433 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  54.84 
 
 		 429 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  53.11 
 
 		 422 aa  445  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  51.31 
 
 		 421 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  51.07 
 
 		 421 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  51.08 
 
 		 431 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  50.6 
 
 		 431 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  50.48 
 
 		 416 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  52.53 
 
 		 421 aa  421  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  50.63 
 
 		 416 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  52.2 
 
 		 412 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  48.54 
 
 		 416 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  50.36 
 
 		 409 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  50.49 
 
 		 417 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  50.12 
 
 		 409 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  49.76 
 
 		 410 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  50.24 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  50.13 
 
 		 410 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  48.32 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  47.8 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  48.56 
 
 		 417 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  45.76 
 
 		 408 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  47.38 
 
 		 426 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  47.16 
 
 		 418 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  46.35 
 
 		 427 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  47.12 
 
 		 417 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  49.15 
 
 		 416 aa  372  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  47.98 
 
 		 423 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  48.18 
 
 		 416 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  46.42 
 
 		 423 aa  359  6e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  44.65 
 
 		 427 aa  358  7e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  45.04 
 
 		 408 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  44.58 
 
 		 420 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  46.17 
 
 		 423 aa  358  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  46.62 
 
 		 415 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  45.98 
 
 		 418 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  46.62 
 
 		 417 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  43.63 
 
 		 420 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  45.54 
 
 		 417 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  46.62 
 
 		 418 aa  348  9e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  46.38 
 
 		 418 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  44.22 
 
 		 418 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  48.99 
 
 		 416 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  48.99 
 
 		 416 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  46.14 
 
 		 418 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  48.74 
 
 		 416 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  44.52 
 
 		 417 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  47.49 
 
 		 416 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  47.59 
 
 		 395 aa  342  5e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  44.05 
 
 		 417 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  43.63 
 
 		 422 aa  336  5e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  44.34 
 
 		 439 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  42.92 
 
 		 422 aa  334  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  40.22 
 
 		 460 aa  334  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  43.4 
 
 		 442 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  45.39 
 
 		 418 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  43.3 
 
 		 440 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  41.8 
 
 		 447 aa  331  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  44.05 
 
 		 417 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  39.31 
 
 		 463 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  45.36 
 
 		 417 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  43.77 
 
 		 405 aa  331  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  44.79 
 
 		 418 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  43.06 
 
 		 422 aa  330  4e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  45.74 
 
 		 419 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  43.06 
 
 		 440 aa  325  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  43.71 
 
 		 420 aa  325  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  40.88 
 
 		 430 aa  323  5e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  42.08 
 
 		 422 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  43.83 
 
 		 412 aa  319  6e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  44.24 
 
 		 430 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  43.44 
 
 		 412 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  44 
 
 		 431 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  43.34 
 
 		 412 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  43.06 
 
 		 430 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  41.51 
 
 		 424 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  43.17 
 
 		 423 aa  315  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  43.07 
 
 		 416 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  42.92 
 
 		 445 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  41.65 
 
 		 415 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  38.82 
 
 		 439 aa  313  4.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  42.62 
 
 		 412 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  38.65 
 
 		 440 aa  312  9e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  43.5 
 
 		 424 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  42.22 
 
 		 424 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  42.82 
 
 		 430 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  40.73 
 
 		 437 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  42.32 
 
 		 443 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  39.03 
 
 		 439 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  41.61 
 
 		 428 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>