223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1898 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3939  porin, putative  98.6 
 
 
430 aa  869    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  91.57 
 
 
431 aa  788    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  100 
 
 
430 aa  880    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  96.51 
 
 
430 aa  828    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  60.24 
 
 
416 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  58.55 
 
 
423 aa  509  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  59.28 
 
 
416 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  59.28 
 
 
416 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  58.31 
 
 
416 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  54.37 
 
 
428 aa  482  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  50.7 
 
 
416 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  50.94 
 
 
416 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  45.84 
 
 
417 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  45.87 
 
 
417 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  47.34 
 
 
418 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  46.75 
 
 
418 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  45.58 
 
 
417 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  45.37 
 
 
417 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  46.86 
 
 
418 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  46.53 
 
 
395 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  45.39 
 
 
417 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  46.17 
 
 
419 aa  354  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  44.13 
 
 
422 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  44.26 
 
 
418 aa  353  4e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  45.54 
 
 
415 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  43.95 
 
 
422 aa  349  7e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  45.05 
 
 
418 aa  346  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  45.78 
 
 
410 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  44.1 
 
 
423 aa  344  1e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  44.15 
 
 
412 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  44.12 
 
 
415 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  45.37 
 
 
424 aa  343  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  43.43 
 
 
422 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  43.68 
 
 
412 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  43.44 
 
 
412 aa  342  9e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  43.51 
 
 
416 aa  342  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  42.72 
 
 
412 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  43.37 
 
 
405 aa  333  4e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  42.43 
 
 
424 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  43.06 
 
 
421 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  42.19 
 
 
420 aa  330  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  42.76 
 
 
422 aa  329  6e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  43.86 
 
 
427 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  42.35 
 
 
429 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  43.28 
 
 
426 aa  321  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  42.64 
 
 
428 aa  320  3.9999999999999996e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  43.11 
 
 
427 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  43.67 
 
 
418 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  42.82 
 
 
429 aa  316  5e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  42.82 
 
 
429 aa  316  6e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  42.82 
 
 
429 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  41.84 
 
 
421 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.36 
 
 
421 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  42.31 
 
 
418 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  40.48 
 
 
416 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  40.9 
 
 
422 aa  308  9e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  42.31 
 
 
416 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  40.23 
 
 
433 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  40.72 
 
 
429 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  43.5 
 
 
429 aa  300  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  40.48 
 
 
433 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  40.38 
 
 
421 aa  299  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  39.31 
 
 
433 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  40.29 
 
 
421 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  40.14 
 
 
433 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  40.86 
 
 
412 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  41.58 
 
 
410 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  39.49 
 
 
426 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  40.87 
 
 
424 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  37.93 
 
 
431 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  38.33 
 
 
413 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  38.24 
 
 
427 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  40.42 
 
 
410 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  38.16 
 
 
431 aa  279  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  40.1 
 
 
410 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  39.72 
 
 
417 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  39.43 
 
 
409 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  37.2 
 
 
411 aa  274  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  38.57 
 
 
417 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  38.33 
 
 
417 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  38.11 
 
 
418 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  38.15 
 
 
420 aa  269  7e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  38.9 
 
 
409 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  37.91 
 
 
430 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  36.57 
 
 
439 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  37.2 
 
 
420 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  37.77 
 
 
417 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  37.38 
 
 
417 aa  260  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  38.67 
 
 
402 aa  257  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  36.93 
 
 
408 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  39.09 
 
 
408 aa  252  7e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  38.98 
 
 
416 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  37.73 
 
 
427 aa  252  8.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  37.7 
 
 
440 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  38.35 
 
 
440 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  38.63 
 
 
423 aa  249  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  38.39 
 
 
423 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  36.17 
 
 
416 aa  246  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  34.69 
 
 
463 aa  243  5e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  35.84 
 
 
447 aa  243  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>