221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2139 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  94.92 
 
 		 433 aa  858    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  100 
 
 		 433 aa  897    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  92.38 
 
 		 433 aa  840    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  73.21 
 
 		 433 aa  674    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  94.41 
 
 		 429 aa  845    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  63.66 
 
 		 431 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  63.74 
 
 		 431 aa  569  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  56.12 
 
 		 429 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  57.96 
 
 		 429 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  57.46 
 
 		 429 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  57.71 
 
 		 429 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  55.53 
 
 		 427 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  55.28 
 
 		 427 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  51.91 
 
 		 421 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  46.79 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  45.5 
 
 		 422 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  45.57 
 
 		 421 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  45.57 
 
 		 421 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  45.8 
 
 		 416 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  43.71 
 
 		 421 aa  358  8e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  45.04 
 
 		 416 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  43.92 
 
 		 408 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  45.16 
 
 		 408 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  45.43 
 
 		 417 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  45.43 
 
 		 410 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  45.19 
 
 		 410 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  44.71 
 
 		 409 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  43.63 
 
 		 417 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  44.6 
 
 		 409 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  43.4 
 
 		 417 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  45.19 
 
 		 410 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  44.82 
 
 		 416 aa  333  4e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  43 
 
 		 411 aa  332  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  43.16 
 
 		 417 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  42.26 
 
 		 423 aa  332  7.000000000000001e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  42.15 
 
 		 412 aa  330  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  40.94 
 
 		 418 aa  326  5e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  40.72 
 
 		 460 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  44.1 
 
 		 416 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  42.38 
 
 		 426 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  40.27 
 
 		 463 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  43.07 
 
 		 418 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  42.08 
 
 		 418 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  40.9 
 
 		 417 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.97 
 
 		 430 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  42 
 
 		 427 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  43.6 
 
 		 417 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  40 
 
 		 420 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  40.24 
 
 		 420 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  44.31 
 
 		 417 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  43.83 
 
 		 417 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  43.14 
 
 		 417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  42.24 
 
 		 416 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  42.24 
 
 		 416 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  40.37 
 
 		 431 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  39.95 
 
 		 427 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  40.98 
 
 		 423 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  42.24 
 
 		 416 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  41.22 
 
 		 417 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  42.14 
 
 		 416 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  41.53 
 
 		 416 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  39.12 
 
 		 440 aa  300  5e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  41.92 
 
 		 418 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  40.73 
 
 		 423 aa  299  8e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  40.28 
 
 		 415 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  40.98 
 
 		 418 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  39.32 
 
 		 440 aa  296  5e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  41.45 
 
 		 418 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  41.23 
 
 		 430 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  40.23 
 
 		 443 aa  293  6e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  40.49 
 
 		 430 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  40.88 
 
 		 428 aa  292  8e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  39.81 
 
 		 416 aa  292  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  39.3 
 
 		 419 aa  291  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  40.19 
 
 		 421 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  39.81 
 
 		 424 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  40.25 
 
 		 430 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  39.36 
 
 		 440 aa  289  8e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  37.33 
 
 		 439 aa  288  9e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  37.36 
 
 		 447 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  39.21 
 
 		 445 aa  286  5e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  39.38 
 
 		 412 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  39.56 
 
 		 418 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  39.85 
 
 		 418 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  37.5 
 
 		 439 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  39.38 
 
 		 412 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  39.14 
 
 		 412 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  39.66 
 
 		 428 aa  282  7.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  37.04 
 
 		 442 aa  282  9e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  38.61 
 
 		 424 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  39.61 
 
 		 395 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  37.83 
 
 		 413 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  38.61 
 
 		 426 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  36.73 
 
 		 443 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  38.35 
 
 		 422 aa  280  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  36.83 
 
 		 439 aa  279  8e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  38.19 
 
 		 412 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  39.09 
 
 		 415 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  37.62 
 
 		 422 aa  276  7e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  36.84 
 
 		 405 aa  276  8e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>