222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1458 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  100 
 
 		 421 aa  847    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  60.7 
 
 		 429 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  60 
 
 		 429 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  61.4 
 
 		 429 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  60.93 
 
 		 429 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  60.5 
 
 		 427 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  60.8 
 
 		 427 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  51.44 
 
 		 433 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  51.91 
 
 		 433 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  49.53 
 
 		 433 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  50.96 
 
 		 429 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  51.2 
 
 		 433 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  50.96 
 
 		 421 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  50.72 
 
 		 421 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  51.34 
 
 		 416 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  51.07 
 
 		 422 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  49.04 
 
 		 431 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  48.32 
 
 		 431 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  48.69 
 
 		 416 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  50.6 
 
 		 421 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  49.75 
 
 		 416 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  48.56 
 
 		 411 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  49.76 
 
 		 410 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  46.41 
 
 		 417 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  49.28 
 
 		 417 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  48.56 
 
 		 410 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  45.6 
 
 		 418 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  48.54 
 
 		 412 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  49.04 
 
 		 410 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  45.93 
 
 		 417 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  45.08 
 
 		 423 aa  360  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  45.69 
 
 		 417 aa  359  6e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  46.32 
 
 		 408 aa  358  7e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  48.43 
 
 		 409 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  45.58 
 
 		 418 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  48.68 
 
 		 409 aa  352  7e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  41.81 
 
 		 430 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  46.52 
 
 		 415 aa  346  5e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  43.17 
 
 		 408 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  45.84 
 
 		 418 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  45.91 
 
 		 416 aa  343  4e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  44.5 
 
 		 424 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  45.71 
 
 		 418 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  45.91 
 
 		 416 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  43.24 
 
 		 460 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  44.68 
 
 		 418 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  45.24 
 
 		 418 aa  338  9e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  44.05 
 
 		 417 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  45.56 
 
 		 416 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  43.78 
 
 		 417 aa  335  9e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  42.79 
 
 		 427 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  42.18 
 
 		 447 aa  333  3e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  41.98 
 
 		 463 aa  333  4e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  43.75 
 
 		 420 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  42.79 
 
 		 426 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  43.8 
 
 		 420 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  43.66 
 
 		 417 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  44.58 
 
 		 416 aa  329  7e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  42.96 
 
 		 440 aa  328  8e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  43.06 
 
 		 440 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  43.54 
 
 		 418 aa  327  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  45.29 
 
 		 417 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  44.31 
 
 		 417 aa  325  6e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  43.81 
 
 		 421 aa  325  7e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  44.08 
 
 		 417 aa  325  7e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  42.99 
 
 		 439 aa  325  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  45.06 
 
 		 395 aa  324  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  43.07 
 
 		 418 aa  322  7e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  41.56 
 
 		 405 aa  318  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  42.72 
 
 		 422 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  42.96 
 
 		 422 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  40.99 
 
 		 427 aa  316  5e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  41.48 
 
 		 423 aa  315  7e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  43.87 
 
 		 422 aa  315  7e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  42.89 
 
 		 424 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  43.5 
 
 		 423 aa  314  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  43.4 
 
 		 445 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  41.48 
 
 		 423 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  42.32 
 
 		 415 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  43.3 
 
 		 428 aa  312  5.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2927  outer membrane porin OprE  40 
 
 		 443 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0534215  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  41.84 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  41 
 
 		 437 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  44.58 
 
 		 416 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  42.69 
 
 		 419 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  44.34 
 
 		 416 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  44.34 
 
 		 416 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  44.1 
 
 		 416 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  44.44 
 
 		 428 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  43.39 
 
 		 424 aa  303  5.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  39.57 
 
 		 439 aa  303  5.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  40.75 
 
 		 413 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  39.36 
 
 		 439 aa  302  8.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  39.95 
 
 		 457 aa  302  9e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  38.18 
 
 		 440 aa  300  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  41.73 
 
 		 412 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  41.73 
 
 		 412 aa  298  8e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  40.92 
 
 		 412 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  42.82 
 
 		 426 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  39.48 
 
 		 441 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>