220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0903 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  75.65 
 
 
418 aa  665    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  94.08 
 
 
422 aa  822    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  80.49 
 
 
418 aa  682    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  76.36 
 
 
418 aa  671    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  76.36 
 
 
418 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  100 
 
 
422 aa  859    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  81.8 
 
 
418 aa  680    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  75.48 
 
 
417 aa  665    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  77.72 
 
 
419 aa  645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  85.75 
 
 
395 aa  715    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  74.03 
 
 
412 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  73.54 
 
 
412 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  73.54 
 
 
412 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  73.06 
 
 
412 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  71.71 
 
 
415 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  68.77 
 
 
416 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  67.87 
 
 
424 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  69.23 
 
 
410 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  65.96 
 
 
421 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  64.2 
 
 
423 aa  546  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  64.45 
 
 
416 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  65.25 
 
 
426 aa  535  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  63.04 
 
 
422 aa  538  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  64.56 
 
 
424 aa  532  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  61.5 
 
 
422 aa  530  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  63.5 
 
 
428 aa  526  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  65.08 
 
 
429 aa  508  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  57.43 
 
 
405 aa  481  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  56.46 
 
 
420 aa  468  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  51.9 
 
 
417 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  52.13 
 
 
417 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  52.72 
 
 
413 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  50.61 
 
 
417 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  50.61 
 
 
417 aa  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  48.76 
 
 
416 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  48.26 
 
 
416 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  45.97 
 
 
423 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  46.32 
 
 
416 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  46.52 
 
 
430 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  45.52 
 
 
431 aa  350  4e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  46.32 
 
 
416 aa  348  9e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  46.32 
 
 
416 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  45.77 
 
 
430 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  46.56 
 
 
415 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  45.27 
 
 
430 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  43.98 
 
 
416 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  44.96 
 
 
429 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  44.72 
 
 
429 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  42.96 
 
 
429 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  44.47 
 
 
429 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  44.44 
 
 
422 aa  325  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  43.67 
 
 
427 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.45 
 
 
421 aa  319  5e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.21 
 
 
421 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  42.93 
 
 
427 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  42.96 
 
 
421 aa  317  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  42.42 
 
 
418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  42.42 
 
 
418 aa  302  9e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  38.53 
 
 
417 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  38.79 
 
 
428 aa  296  5e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  40.05 
 
 
410 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  38.76 
 
 
410 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  39.31 
 
 
410 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  39.81 
 
 
411 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  40.33 
 
 
418 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  40.38 
 
 
412 aa  293  5e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  40.99 
 
 
417 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  40.74 
 
 
417 aa  288  9e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  42.68 
 
 
409 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  41.95 
 
 
409 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  40.93 
 
 
421 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  40.25 
 
 
417 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  39.81 
 
 
416 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  37.99 
 
 
433 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  38.83 
 
 
457 aa  278  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  37.62 
 
 
433 aa  276  7e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  37.38 
 
 
433 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  37.75 
 
 
429 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  37.3 
 
 
431 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  39.34 
 
 
439 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  38.32 
 
 
431 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  39.58 
 
 
440 aa  272  9e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  37.56 
 
 
433 aa  272  9e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  37.09 
 
 
440 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.48 
 
 
430 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  37.74 
 
 
416 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  38.29 
 
 
437 aa  266  4e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  37.18 
 
 
439 aa  266  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  38.21 
 
 
440 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  37.61 
 
 
460 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  36.84 
 
 
443 aa  263  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  36.91 
 
 
439 aa  262  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  36.29 
 
 
463 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  36.72 
 
 
441 aa  258  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  36.97 
 
 
416 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  35.89 
 
 
420 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  38.65 
 
 
417 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  37.44 
 
 
445 aa  254  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  35.89 
 
 
420 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  37.35 
 
 
424 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>