220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3077 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  100 
 
 
416 aa  853    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  68.77 
 
 
422 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  68.41 
 
 
418 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  68.77 
 
 
422 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  68.65 
 
 
418 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  67.93 
 
 
418 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  68.03 
 
 
418 aa  596  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  69.8 
 
 
418 aa  589  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  68.53 
 
 
395 aa  588  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  67.32 
 
 
417 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  66.26 
 
 
424 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  65.37 
 
 
419 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  66.11 
 
 
421 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  63.04 
 
 
412 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  62.56 
 
 
412 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  63.44 
 
 
412 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  62.56 
 
 
412 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  64.75 
 
 
416 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  61.59 
 
 
415 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  59.37 
 
 
423 aa  508  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  61.52 
 
 
426 aa  503  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  60.61 
 
 
424 aa  496  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  59.17 
 
 
422 aa  497  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  59.61 
 
 
410 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  58.41 
 
 
428 aa  486  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  61.48 
 
 
429 aa  478  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  53.17 
 
 
405 aa  444  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  52.27 
 
 
422 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  52.15 
 
 
417 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  51.9 
 
 
413 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  52.87 
 
 
417 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  50.12 
 
 
420 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  52.36 
 
 
417 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  51.87 
 
 
417 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  47.85 
 
 
416 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  47.13 
 
 
416 aa  360  3e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  43.71 
 
 
423 aa  339  5.9999999999999996e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  45.56 
 
 
421 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  43.17 
 
 
429 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  42.21 
 
 
416 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  42.36 
 
 
430 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  42.36 
 
 
431 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  41.73 
 
 
416 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  42.57 
 
 
427 aa  309  5e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  41.73 
 
 
416 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  42.82 
 
 
427 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  43.18 
 
 
429 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  41.6 
 
 
430 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  40.91 
 
 
416 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  42.86 
 
 
415 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  42.76 
 
 
422 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  42.18 
 
 
429 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  42.18 
 
 
429 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  41.35 
 
 
430 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  42.14 
 
 
433 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  40.43 
 
 
428 aa  295  9e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  41.49 
 
 
433 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  41.03 
 
 
429 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  41.05 
 
 
418 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  38.86 
 
 
421 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  39.01 
 
 
421 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  40.28 
 
 
433 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  41.5 
 
 
417 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  39.52 
 
 
418 aa  282  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  41.25 
 
 
417 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  38.73 
 
 
433 aa  278  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  40.65 
 
 
431 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  40.89 
 
 
416 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  37.65 
 
 
411 aa  275  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  38.93 
 
 
431 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  39.13 
 
 
418 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  38.7 
 
 
412 aa  273  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  40.5 
 
 
417 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  39.02 
 
 
430 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  41.57 
 
 
409 aa  269  7e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  40.34 
 
 
416 aa  266  7e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  37.26 
 
 
426 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  37.86 
 
 
427 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  40.81 
 
 
409 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  36.52 
 
 
420 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  38.46 
 
 
410 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  37.98 
 
 
424 aa  259  7e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  36.43 
 
 
420 aa  259  8e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  38.46 
 
 
417 aa  259  9e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  38.21 
 
 
410 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  37.36 
 
 
460 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  39.43 
 
 
421 aa  258  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  37.32 
 
 
410 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  36.76 
 
 
437 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  36.46 
 
 
463 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  38.73 
 
 
416 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  38.33 
 
 
439 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  38.12 
 
 
440 aa  253  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  37.86 
 
 
417 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  36.46 
 
 
457 aa  250  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  35.11 
 
 
443 aa  249  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  34.62 
 
 
439 aa  247  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  34.09 
 
 
440 aa  246  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  36.26 
 
 
427 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  37.5 
 
 
417 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>