224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3390 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  82.98 
 
 		 427 aa  726    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  100 
 
 		 426 aa  865    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  53.18 
 
 		 420 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  52.11 
 
 		 420 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  48.88 
 
 		 427 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  48.64 
 
 		 427 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  47.33 
 
 		 429 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  47.89 
 
 		 429 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  47.89 
 
 		 429 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  47.64 
 
 		 429 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  45.37 
 
 		 421 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  45.12 
 
 		 421 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  42.79 
 
 		 421 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  42.3 
 
 		 433 aa  331  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  42.69 
 
 		 416 aa  325  9e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  42.38 
 
 		 433 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  42.28 
 
 		 422 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  42.55 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  42.38 
 
 		 433 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  42.14 
 
 		 429 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  43 
 
 		 412 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  43.53 
 
 		 416 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  40.6 
 
 		 433 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  43.13 
 
 		 423 aa  313  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  40.56 
 
 		 423 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  42.65 
 
 		 423 aa  310  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  41.37 
 
 		 427 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  42.18 
 
 		 415 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  41.84 
 
 		 416 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  43.95 
 
 		 409 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  41.71 
 
 		 416 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  42.12 
 
 		 416 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  41.06 
 
 		 431 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  43.73 
 
 		 409 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  40.1 
 
 		 431 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  38.42 
 
 		 408 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  39.57 
 
 		 424 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  40.9 
 
 		 416 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  42.3 
 
 		 416 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  41.59 
 
 		 417 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  41.67 
 
 		 418 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  38.48 
 
 		 408 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  41.36 
 
 		 417 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  40.19 
 
 		 411 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  39.52 
 
 		 410 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.61 
 
 		 430 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  39.43 
 
 		 417 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  39.8 
 
 		 418 aa  285  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  40.28 
 
 		 417 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  39.28 
 
 		 410 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  40.51 
 
 		 440 aa  282  9e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  39.45 
 
 		 416 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  38.06 
 
 		 410 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  39.95 
 
 		 430 aa  279  9e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  38.33 
 
 		 418 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  37.35 
 
 		 439 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  36 
 
 		 460 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  39.16 
 
 		 417 aa  276  7e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  39.56 
 
 		 430 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  39.31 
 
 		 430 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  40.38 
 
 		 440 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  39.42 
 
 		 431 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  35.54 
 
 		 463 aa  272  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  35.79 
 
 		 447 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  38.26 
 
 		 416 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  35.71 
 
 		 402 aa  269  7e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2927  outer membrane porin OprE  35.91 
 
 		 443 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0534215  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  38.86 
 
 		 417 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  37.38 
 
 		 417 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  37.38 
 
 		 418 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  37.14 
 
 		 418 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  37.26 
 
 		 416 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  37.44 
 
 		 405 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  36.82 
 
 		 418 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  37.97 
 
 		 417 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  39.2 
 
 		 417 aa  262  8e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  36.55 
 
 		 442 aa  259  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  35.83 
 
 		 428 aa  259  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  38.26 
 
 		 417 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  34.8 
 
 		 437 aa  258  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  35.63 
 
 		 413 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  36.57 
 
 		 422 aa  255  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  36.1 
 
 		 418 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  35.63 
 
 		 419 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  35.54 
 
 		 426 aa  252  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  35.19 
 
 		 439 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  36.45 
 
 		 418 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  36.78 
 
 		 424 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  37.07 
 
 		 422 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  35.75 
 
 		 423 aa  250  4e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  36.05 
 
 		 412 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  35.7 
 
 		 422 aa  249  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  35.87 
 
 		 428 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  35.24 
 
 		 424 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  35.8 
 
 		 412 aa  247  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  35.29 
 
 		 412 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  35.56 
 
 		 412 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  33.8 
 
 		 440 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  33.78 
 
 		 439 aa  243  6e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  32.74 
 
 		 443 aa  242  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>