218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2214 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  73.02 
 
 		 441 aa  678    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  100 
 
 		 440 aa  894    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  66.44 
 
 		 447 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  66.44 
 
 		 447 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  66.44 
 
 		 447 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  69.54 
 
 		 441 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  67.66 
 
 		 446 aa  621  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  66.44 
 
 		 447 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  67.59 
 
 		 441 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  69.32 
 
 		 447 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  67.21 
 
 		 447 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  67.68 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  63.27 
 
 		 441 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  64.17 
 
 		 455 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  62.08 
 
 		 448 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  45.25 
 
 		 446 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  44.94 
 
 		 447 aa  332  9e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  43.78 
 
 		 454 aa  330  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  40.89 
 
 		 479 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  40.56 
 
 		 449 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  42.57 
 
 		 443 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  42.76 
 
 		 448 aa  316  6e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  42.32 
 
 		 441 aa  315  8e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  42.25 
 
 		 422 aa  315  9e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  42.47 
 
 		 421 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  41.93 
 
 		 444 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  41.99 
 
 		 444 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  42.25 
 
 		 421 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  42.38 
 
 		 444 aa  310  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  42.15 
 
 		 444 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  41.78 
 
 		 444 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  40.8 
 
 		 448 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  41.34 
 
 		 444 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  41.33 
 
 		 427 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  39.14 
 
 		 444 aa  293  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  40.58 
 
 		 425 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  38.05 
 
 		 445 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  40.77 
 
 		 452 aa  283  3.0000000000000004e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  40.41 
 
 		 438 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  37.64 
 
 		 445 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  38.73 
 
 		 431 aa  275  9e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  39.71 
 
 		 427 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  39.23 
 
 		 427 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  36.45 
 
 		 423 aa  267  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  39.27 
 
 		 420 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  38.79 
 
 		 433 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  38.42 
 
 		 421 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  38.54 
 
 		 420 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  37.33 
 
 		 420 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  38.42 
 
 		 421 aa  257  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  35.91 
 
 		 417 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  37.53 
 
 		 429 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  38.81 
 
 		 414 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  38.67 
 
 		 416 aa  253  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  37.29 
 
 		 429 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  37.05 
 
 		 429 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  37.23 
 
 		 429 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  37.77 
 
 		 417 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  38.35 
 
 		 415 aa  250  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  39.76 
 
 		 409 aa  250  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  39.43 
 
 		 431 aa  250  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  36.94 
 
 		 421 aa  249  7e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  36.43 
 
 		 422 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  37.23 
 
 		 435 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  36.79 
 
 		 433 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  35.45 
 
 		 417 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  36.74 
 
 		 435 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  39.27 
 
 		 409 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  35.84 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  38.95 
 
 		 431 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  36.05 
 
 		 433 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  35.32 
 
 		 411 aa  242  7.999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  38.04 
 
 		 416 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  36.81 
 
 		 452 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  37.08 
 
 		 416 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.78 
 
 		 413 aa  239  9e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  36.36 
 
 		 417 aa  239  9e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  36.24 
 
 		 418 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  36.01 
 
 		 418 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  35.76 
 
 		 425 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  35.65 
 
 		 417 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  35.57 
 
 		 418 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  35.54 
 
 		 425 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  35.22 
 
 		 433 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  35.46 
 
 		 429 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  33.79 
 
 		 418 aa  234  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  33.64 
 
 		 419 aa  234  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  35.43 
 
 		 452 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  34.7 
 
 		 422 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  34.63 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  35.65 
 
 		 416 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  34.86 
 
 		 417 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  34.13 
 
 		 418 aa  230  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  31.51 
 
 		 467 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  36.1 
 
 		 416 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  35.65 
 
 		 416 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  36.01 
 
 		 418 aa  229  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  34.03 
 
 		 420 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  34.14 
 
 		 395 aa  227  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  33.78 
 
 		 428 aa  226  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>