220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2754 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2754  porin, putative  100 
 
 
479 aa  977    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  98.22 
 
 
449 aa  894    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  61 
 
 
454 aa  548  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  57.14 
 
 
444 aa  525  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  61.36 
 
 
452 aa  514  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  44.32 
 
 
441 aa  352  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  44.25 
 
 
446 aa  350  4e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  43.08 
 
 
441 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  42.18 
 
 
440 aa  341  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  41.5 
 
 
441 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  42.07 
 
 
441 aa  336  5e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  42.2 
 
 
447 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  42.2 
 
 
447 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  42.2 
 
 
447 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  42.2 
 
 
447 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  43.85 
 
 
447 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  41.11 
 
 
446 aa  323  6e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  42.92 
 
 
447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  42.46 
 
 
447 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  39.74 
 
 
443 aa  316  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  39.17 
 
 
441 aa  307  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  43.39 
 
 
455 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  42.23 
 
 
448 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  40 
 
 
448 aa  299  9e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  39.58 
 
 
445 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  39.53 
 
 
445 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  41.06 
 
 
444 aa  292  7e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  36.8 
 
 
448 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  40.84 
 
 
444 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  38.81 
 
 
447 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  38.13 
 
 
435 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  39.25 
 
 
444 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  39.35 
 
 
444 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  38.34 
 
 
435 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  39.78 
 
 
444 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  39.57 
 
 
444 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  37.5 
 
 
438 aa  274  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  36.94 
 
 
468 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  37.13 
 
 
420 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  35.45 
 
 
431 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  37.28 
 
 
421 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  37.28 
 
 
421 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  36.44 
 
 
427 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  36.76 
 
 
452 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  36.18 
 
 
422 aa  256  9e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  36.83 
 
 
452 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  34.88 
 
 
421 aa  250  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  35.39 
 
 
420 aa  250  5e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  34.93 
 
 
420 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  36.58 
 
 
427 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  37.08 
 
 
421 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  33.48 
 
 
421 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  36.7 
 
 
414 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  36.1 
 
 
429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  33.26 
 
 
421 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  36.17 
 
 
427 aa  243  5e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  35.78 
 
 
418 aa  243  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  35.87 
 
 
429 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  35.52 
 
 
416 aa  242  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  35.63 
 
 
429 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  34.3 
 
 
429 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  38.17 
 
 
422 aa  240  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  34.99 
 
 
425 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  37.72 
 
 
409 aa  240  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  33.56 
 
 
412 aa  239  5.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  36.76 
 
 
424 aa  238  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  35.76 
 
 
422 aa  236  7e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  34.77 
 
 
420 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  34.55 
 
 
419 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  37.56 
 
 
409 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  33.56 
 
 
420 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  33.99 
 
 
423 aa  234  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  34.99 
 
 
428 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  35.18 
 
 
417 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  35.31 
 
 
467 aa  233  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  35.21 
 
 
430 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  34.54 
 
 
478 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  36.1 
 
 
418 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  33.65 
 
 
426 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  34.46 
 
 
411 aa  231  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  34.15 
 
 
415 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  34.09 
 
 
484 aa  229  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  34.55 
 
 
418 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  35.54 
 
 
416 aa  228  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  33.72 
 
 
405 aa  227  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  34.32 
 
 
433 aa  227  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  34.51 
 
 
430 aa  226  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  34.84 
 
 
418 aa  226  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  35.01 
 
 
416 aa  226  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  33.92 
 
 
415 aa  226  6e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  34.32 
 
 
418 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  35.29 
 
 
416 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  34.99 
 
 
416 aa  226  8e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.92 
 
 
413 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  35.71 
 
 
412 aa  226  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  34.27 
 
 
430 aa  226  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  35.71 
 
 
412 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  35.04 
 
 
422 aa  225  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  35.4 
 
 
417 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  35.12 
 
 
416 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>