220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3987 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  100 
 
 		 448 aa  913    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  84.65 
 
 		 447 aa  755    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  67.11 
 
 		 448 aa  592  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  64 
 
 		 441 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  63.36 
 
 		 443 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  47.41 
 
 		 446 aa  405  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  46.83 
 
 		 421 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  46.61 
 
 		 421 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  44.66 
 
 		 425 aa  345  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  43.54 
 
 		 422 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  43.26 
 
 		 427 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  40.8 
 
 		 440 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  38.07 
 
 		 447 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  38.07 
 
 		 447 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  38.07 
 
 		 447 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  38.07 
 
 		 447 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  38.86 
 
 		 441 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  39.59 
 
 		 445 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  38.21 
 
 		 441 aa  294  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  38.92 
 
 		 452 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  39.15 
 
 		 452 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  37.9 
 
 		 431 aa  293  6e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  39.17 
 
 		 447 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  38.91 
 
 		 446 aa  292  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  39.13 
 
 		 447 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  40.56 
 
 		 420 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  38.82 
 
 		 441 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  38.07 
 
 		 435 aa  289  6e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  39.13 
 
 		 447 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  39.63 
 
 		 420 aa  289  9e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  39.39 
 
 		 420 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  38.85 
 
 		 445 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  38.48 
 
 		 441 aa  285  9e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  41.37 
 
 		 444 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  36.34 
 
 		 479 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  37.06 
 
 		 435 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  36.6 
 
 		 449 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  39.11 
 
 		 455 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  40.71 
 
 		 444 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  38.44 
 
 		 448 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  40.54 
 
 		 414 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  40.35 
 
 		 425 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  40.13 
 
 		 425 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  38.35 
 
 		 439 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  38.35 
 
 		 439 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  40.26 
 
 		 417 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  38.35 
 
 		 439 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  38.85 
 
 		 444 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  38.35 
 
 		 439 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  38.41 
 
 		 444 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  38.97 
 
 		 438 aa  259  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  39.31 
 
 		 428 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  38.19 
 
 		 444 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  38.19 
 
 		 444 aa  256  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  35.76 
 
 		 468 aa  254  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4295  outer membrane porin  37.71 
 
 		 459 aa  247  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0341226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  37 
 
 		 459 aa  245  9e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4560  outer membrane porin, OprD family  37.37 
 
 		 459 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  37.47 
 
 		 418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0922  outer membrane porin  37.05 
 
 		 459 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.535028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  36.44 
 
 		 421 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  36.44 
 
 		 421 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  37.55 
 
 		 424 aa  243  5e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0926  outer membrane porin  36.42 
 
 		 459 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4237  outer membrane porin  36.53 
 
 		 471 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0537439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  37.55 
 
 		 424 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  36.02 
 
 		 427 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  35.78 
 
 		 427 aa  236  7e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  34.19 
 
 		 454 aa  236  8e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  36.48 
 
 		 478 aa  236  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  34.79 
 
 		 429 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  35.35 
 
 		 429 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  36.43 
 
 		 484 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  35.35 
 
 		 429 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  35.82 
 
 		 431 aa  230  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  35.11 
 
 		 429 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  35.4 
 
 		 421 aa  229  8e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  34.93 
 
 		 467 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  33.77 
 
 		 444 aa  226  8e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  33.87 
 
 		 416 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0814  outer membrane porin  33.33 
 
 		 471 aa  222  9e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00657196  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  35.39 
 
 		 472 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  34.4 
 
 		 420 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  34.17 
 
 		 420 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  33.65 
 
 		 430 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  34.3 
 
 		 422 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  33.41 
 
 		 430 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  33.41 
 
 		 430 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  33.56 
 
 		 452 aa  216  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  36 
 
 		 411 aa  216  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.52 
 
 		 413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  33.64 
 
 		 423 aa  214  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  34.19 
 
 		 433 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  32.94 
 
 		 431 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  34.26 
 
 		 418 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  34.16 
 
 		 422 aa  209  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  31.93 
 
 		 410 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  33.33 
 
 		 409 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  34.03 
 
 		 418 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  33.18 
 
 		 433 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>