237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0833 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  94.59 
 
 		 444 aa  847    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  98.87 
 
 		 444 aa  905    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  98.42 
 
 		 444 aa  901    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  100 
 
 		 444 aa  912    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  66.97 
 
 		 438 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  60.94 
 
 		 444 aa  518  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  60.71 
 
 		 444 aa  511  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  43.55 
 
 		 467 aa  345  1e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  42.79 
 
 		 441 aa  335  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  44.47 
 
 		 472 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  41.05 
 
 		 447 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  41.05 
 
 		 447 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  41.05 
 
 		 447 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  41.05 
 
 		 447 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  41.93 
 
 		 440 aa  328  8e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  42.55 
 
 		 446 aa  325  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  40.94 
 
 		 441 aa  319  7e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  41.47 
 
 		 447 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  40.91 
 
 		 447 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  41.24 
 
 		 447 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  39.24 
 
 		 441 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  38 
 
 		 441 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  40.45 
 
 		 455 aa  292  8e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  40.89 
 
 		 448 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  39.25 
 
 		 449 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  39.31 
 
 		 479 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  40.47 
 
 		 441 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  38.18 
 
 		 446 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  40.05 
 
 		 448 aa  276  5e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  40.74 
 
 		 443 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  37.64 
 
 		 454 aa  269  8e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  36.79 
 
 		 435 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  38.41 
 
 		 448 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  36.79 
 
 		 435 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  38.86 
 
 		 447 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  35.93 
 
 		 445 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  35.71 
 
 		 431 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  36.8 
 
 		 444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  35.23 
 
 		 445 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  36.03 
 
 		 427 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  37.36 
 
 		 422 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  36.81 
 
 		 421 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  36.67 
 
 		 421 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  35.32 
 
 		 420 aa  246  8e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  37.7 
 
 		 452 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  35.1 
 
 		 452 aa  242  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  37.24 
 
 		 452 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  35.49 
 
 		 421 aa  239  8e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  35.27 
 
 		 421 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  35.99 
 
 		 420 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  35.99 
 
 		 420 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  34.52 
 
 		 427 aa  233  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  33.96 
 
 		 468 aa  232  9e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  34.4 
 
 		 417 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  34.54 
 
 		 411 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  34.62 
 
 		 417 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  34.52 
 
 		 427 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  32.81 
 
 		 412 aa  227  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  33.94 
 
 		 413 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  35.27 
 
 		 416 aa  223  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  34.67 
 
 		 429 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  35.01 
 
 		 415 aa  223  7e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  35.49 
 
 		 416 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  33.1 
 
 		 417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  34.8 
 
 		 421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  35.14 
 
 		 414 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  32.66 
 
 		 416 aa  221  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  34.12 
 
 		 418 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  32.66 
 
 		 417 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  35.36 
 
 		 409 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  32.87 
 
 		 417 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  35.24 
 
 		 439 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  35.03 
 
 		 422 aa  218  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  34.12 
 
 		 418 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  33.26 
 
 		 426 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  34.66 
 
 		 409 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  31.17 
 
 		 420 aa  213  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  34.69 
 
 		 429 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  34.36 
 
 		 439 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  33.57 
 
 		 416 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  33.92 
 
 		 428 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  34.36 
 
 		 439 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  33.78 
 
 		 425 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  34.45 
 
 		 429 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  34.05 
 
 		 416 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  34.05 
 
 		 416 aa  210  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  34.45 
 
 		 429 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  33.56 
 
 		 425 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  32.91 
 
 		 478 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  32.91 
 
 		 484 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  34.14 
 
 		 439 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  33.81 
 
 		 416 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  32.97 
 
 		 423 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  32 
 
 		 427 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  32.53 
 
 		 425 aa  208  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  32.06 
 
 		 416 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  31.15 
 
 		 440 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  33.97 
 
 		 421 aa  206  9e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  32.36 
 
 		 424 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  30.79 
 
 		 440 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>