217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1400 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  84.65 
 
 
448 aa  773    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  100 
 
 
447 aa  910    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  69.89 
 
 
448 aa  617  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  65.92 
 
 
441 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  66.15 
 
 
443 aa  569  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  47.11 
 
 
446 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  46.39 
 
 
421 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  46.17 
 
 
421 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  43.81 
 
 
440 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  44.59 
 
 
425 aa  332  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  43.01 
 
 
422 aa  326  5e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  42.27 
 
 
446 aa  323  5e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  43.2 
 
 
427 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  42.2 
 
 
447 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  41.98 
 
 
441 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  42.86 
 
 
447 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  41.39 
 
 
447 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  41.39 
 
 
447 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  41.39 
 
 
447 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  41.39 
 
 
447 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  42.63 
 
 
447 aa  316  6e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  41.14 
 
 
441 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  41.18 
 
 
441 aa  311  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  39.76 
 
 
431 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  41.01 
 
 
441 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  41.87 
 
 
455 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  41.78 
 
 
448 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  37.19 
 
 
435 aa  296  6e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  37.23 
 
 
479 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  37.25 
 
 
435 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  39.45 
 
 
445 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  37.5 
 
 
449 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  39.51 
 
 
420 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  40.9 
 
 
445 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  38.98 
 
 
452 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  38.83 
 
 
420 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  39.32 
 
 
420 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  40.44 
 
 
444 aa  275  8e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  37.82 
 
 
452 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  40.18 
 
 
414 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  39.78 
 
 
444 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  38.09 
 
 
439 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  38.09 
 
 
439 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  39 
 
 
417 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  38.51 
 
 
439 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  37.87 
 
 
439 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  39.87 
 
 
425 aa  259  8e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  39.65 
 
 
425 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  38.21 
 
 
438 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  37.77 
 
 
444 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  38.11 
 
 
444 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  38.53 
 
 
428 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  37.77 
 
 
444 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  37.77 
 
 
444 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  37.86 
 
 
418 aa  245  9e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  35.23 
 
 
454 aa  245  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  36.85 
 
 
427 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  36.9 
 
 
459 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4295  outer membrane porin  37.74 
 
 
459 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0341226  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4237  outer membrane porin  37.08 
 
 
471 aa  242  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0537439  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  36.68 
 
 
427 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  38.43 
 
 
424 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  35.53 
 
 
421 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  35.53 
 
 
421 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0922  outer membrane porin  37.03 
 
 
459 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.535028  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4560  outer membrane porin, OprD family  36.32 
 
 
459 aa  240  4e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  38.43 
 
 
424 aa  240  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  36.05 
 
 
468 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  37 
 
 
431 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  36.88 
 
 
429 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0926  outer membrane porin  36.27 
 
 
459 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  35.93 
 
 
429 aa  236  8e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  35.36 
 
 
452 aa  235  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  36.64 
 
 
429 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  36.41 
 
 
429 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  34.13 
 
 
444 aa  231  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  36.03 
 
 
430 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  35.33 
 
 
430 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  35.33 
 
 
430 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  35.7 
 
 
411 aa  224  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  35.57 
 
 
478 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  34.26 
 
 
431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  34.65 
 
 
422 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  35.1 
 
 
421 aa  219  6e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0814  outer membrane porin  33.2 
 
 
471 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00657196  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  34.8 
 
 
423 aa  219  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  34.33 
 
 
433 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  35.49 
 
 
484 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  33.71 
 
 
420 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  33.94 
 
 
416 aa  216  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  33.26 
 
 
420 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  34.49 
 
 
433 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  33.85 
 
 
428 aa  213  5.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  33.03 
 
 
467 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  34.44 
 
 
421 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  33.95 
 
 
429 aa  210  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  33.48 
 
 
408 aa  210  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  34.89 
 
 
416 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.29 
 
 
413 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  33.64 
 
 
433 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>