220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1260 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  100 
 
 
425 aa  866    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  54.52 
 
 
422 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  54.82 
 
 
427 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  55.22 
 
 
421 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  54.99 
 
 
421 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  50.23 
 
 
417 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  47.02 
 
 
446 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  47.81 
 
 
441 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  47.82 
 
 
443 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  49.09 
 
 
425 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  48.86 
 
 
425 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  48.2 
 
 
428 aa  359  5e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  46.37 
 
 
439 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  44.66 
 
 
448 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  45.71 
 
 
439 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  45.49 
 
 
439 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  45.49 
 
 
439 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  47.55 
 
 
424 aa  340  4e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  45.22 
 
 
418 aa  339  5e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  45.79 
 
 
424 aa  333  4e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  45.7 
 
 
414 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  44.16 
 
 
447 aa  319  7.999999999999999e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  44.81 
 
 
448 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  41.5 
 
 
446 aa  306  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  41.74 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  40.13 
 
 
441 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  39.69 
 
 
441 aa  293  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  39.34 
 
 
445 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  40.58 
 
 
440 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  38.64 
 
 
445 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  39.96 
 
 
447 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  39.96 
 
 
447 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  39.96 
 
 
447 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  39.96 
 
 
447 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  39.76 
 
 
431 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  41.57 
 
 
447 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  37.69 
 
 
441 aa  279  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  40.51 
 
 
447 aa  279  9e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  38.81 
 
 
431 aa  276  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  39.91 
 
 
447 aa  276  7e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  39.12 
 
 
421 aa  270  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  38.28 
 
 
429 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  39.66 
 
 
429 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  38.86 
 
 
420 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  37.9 
 
 
427 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  38.04 
 
 
421 aa  260  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  38.04 
 
 
421 aa  260  4e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  39.16 
 
 
429 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  38.92 
 
 
429 aa  259  7e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  37.65 
 
 
427 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  36.51 
 
 
422 aa  256  5e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  37.86 
 
 
455 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  36.12 
 
 
433 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  37.75 
 
 
420 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  35.29 
 
 
452 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  37.5 
 
 
420 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  37.78 
 
 
448 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  34.87 
 
 
452 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  36.32 
 
 
433 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  36.49 
 
 
433 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  33.92 
 
 
435 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  36.56 
 
 
429 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  35.31 
 
 
433 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  36.73 
 
 
421 aa  246  6e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  37.59 
 
 
418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  33.48 
 
 
435 aa  243  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  37.24 
 
 
419 aa  239  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  36.28 
 
 
415 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  38.33 
 
 
418 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  34.44 
 
 
468 aa  237  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  36.95 
 
 
418 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  33.87 
 
 
416 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  36.72 
 
 
418 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  34.99 
 
 
479 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  34.99 
 
 
449 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  37.04 
 
 
431 aa  229  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  37.87 
 
 
418 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  35.85 
 
 
416 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  36.3 
 
 
431 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  36.39 
 
 
426 aa  227  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  33.64 
 
 
411 aa  227  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  37.01 
 
 
422 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  35.03 
 
 
412 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  36.7 
 
 
422 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  33.03 
 
 
444 aa  224  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  33.02 
 
 
412 aa  224  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  35.56 
 
 
418 aa  224  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  35.03 
 
 
422 aa  224  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  35.93 
 
 
423 aa  223  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  34.57 
 
 
412 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  35.58 
 
 
412 aa  222  9e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  34.57 
 
 
412 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  35.65 
 
 
417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  33.8 
 
 
418 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  34.62 
 
 
454 aa  220  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  35.31 
 
 
418 aa  219  7e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  35.58 
 
 
417 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  34.65 
 
 
417 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  36.91 
 
 
410 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  35.05 
 
 
395 aa  216  8e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>