223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0046 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0046  porin, putative  100 
 
 		 447 aa  911    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  100 
 
 		 447 aa  911    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  76.29 
 
 		 447 aa  691    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  69.91 
 
 		 441 aa  642    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  80.14 
 
 		 447 aa  704    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  71.49 
 
 		 441 aa  655    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  76.02 
 
 		 441 aa  705    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  76.51 
 
 		 447 aa  693    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  100 
 
 		 447 aa  911    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  100 
 
 		 447 aa  911    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  66.44 
 
 		 440 aa  622  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  63.84 
 
 		 441 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  65.47 
 
 		 446 aa  600  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  57.88 
 
 		 455 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  58.07 
 
 		 448 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  45.08 
 
 		 446 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  42.63 
 
 		 449 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  42.7 
 
 		 441 aa  333  5e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  42.7 
 
 		 443 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  42.01 
 
 		 479 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  42.25 
 
 		 454 aa  320  5e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  40.72 
 
 		 444 aa  318  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  41.95 
 
 		 447 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  42.55 
 
 		 444 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  41.79 
 
 		 421 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  41.05 
 
 		 444 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  41.79 
 
 		 421 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  41.47 
 
 		 444 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  41.13 
 
 		 444 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  40.39 
 
 		 427 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  40.83 
 
 		 444 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  40.66 
 
 		 422 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  40.61 
 
 		 444 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  41.54 
 
 		 452 aa  300  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  40.72 
 
 		 448 aa  295  9e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  38.07 
 
 		 448 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  40 
 
 		 438 aa  290  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  39.96 
 
 		 425 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  40.35 
 
 		 417 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  39.01 
 
 		 415 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  39.81 
 
 		 414 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  35.5 
 
 		 445 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  35.03 
 
 		 445 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  35.1 
 
 		 435 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  37.77 
 
 		 427 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  37.29 
 
 		 427 aa  259  7e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  37.9 
 
 		 452 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  34.23 
 
 		 467 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  38.01 
 
 		 420 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  37.77 
 
 		 420 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  37.25 
 
 		 421 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  37.16 
 
 		 409 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  34.66 
 
 		 435 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  37.59 
 
 		 431 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  36.76 
 
 		 420 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  36.26 
 
 		 416 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  35.16 
 
 		 423 aa  253  5.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  36.79 
 
 		 409 aa  251  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  37.27 
 
 		 452 aa  250  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  35.38 
 
 		 429 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  35.06 
 
 		 421 aa  249  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  35.06 
 
 		 421 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  33.94 
 
 		 429 aa  249  9e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  34.52 
 
 		 418 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  34.74 
 
 		 418 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  34.94 
 
 		 417 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  35.52 
 
 		 417 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  35.14 
 
 		 429 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  34.91 
 
 		 429 aa  246  8e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  34.47 
 
 		 418 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  36.02 
 
 		 472 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  34.57 
 
 		 433 aa  244  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  34.52 
 
 		 417 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  35.94 
 
 		 439 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  34.91 
 
 		 425 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  36.22 
 
 		 416 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  34.44 
 
 		 422 aa  240  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  35.78 
 
 		 416 aa  240  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  34.7 
 
 		 425 aa  240  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  35.65 
 
 		 417 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  33.78 
 
 		 421 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.13 
 
 		 413 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  35.31 
 
 		 439 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  34.67 
 
 		 417 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  35.31 
 
 		 439 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  33.99 
 
 		 433 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  34.76 
 
 		 395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  34.25 
 
 		 420 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  33.86 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  33.93 
 
 		 419 aa  234  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  34.67 
 
 		 417 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  34.42 
 
 		 433 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  34.53 
 
 		 417 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  33.89 
 
 		 418 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  34.39 
 
 		 439 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  33.49 
 
 		 430 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  32.81 
 
 		 418 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  34.51 
 
 		 428 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  34.07 
 
 		 433 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  32.63 
 
 		 424 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>