221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3212 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  100 
 
 		 414 aa  840    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  51.51 
 
 		 427 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  53.65 
 
 		 421 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  50.82 
 
 		 422 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  53.65 
 
 		 421 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  44.99 
 
 		 425 aa  344  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  44.25 
 
 		 446 aa  333  4e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  44.89 
 
 		 441 aa  329  7e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  44.58 
 
 		 443 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  42.58 
 
 		 417 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  43.45 
 
 		 448 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  41.22 
 
 		 425 aa  299  8e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  41.03 
 
 		 441 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  41.22 
 
 		 425 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  39.5 
 
 		 447 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  39.5 
 
 		 447 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  39.5 
 
 		 447 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  39.5 
 
 		 447 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  43.06 
 
 		 445 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  41.82 
 
 		 418 aa  294  2e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  40.6 
 
 		 441 aa  293  4e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  39.68 
 
 		 441 aa  292  8e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  41.65 
 
 		 445 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  43.22 
 
 		 447 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  41.28 
 
 		 428 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  40.93 
 
 		 424 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  40.05 
 
 		 431 aa  286  5e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  41.41 
 
 		 424 aa  285  8e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  40 
 
 		 439 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  41.03 
 
 		 448 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  39.86 
 
 		 441 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  39.55 
 
 		 439 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  42.25 
 
 		 447 aa  279  8e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  38.86 
 
 		 439 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  42.02 
 
 		 447 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  38.7 
 
 		 446 aa  277  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  38.6 
 
 		 440 aa  278  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  38.86 
 
 		 439 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  40.61 
 
 		 447 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  39.63 
 
 		 421 aa  272  6e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  39.5 
 
 		 421 aa  272  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  40.18 
 
 		 431 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  41.23 
 
 		 448 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  40.87 
 
 		 455 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  41.72 
 
 		 421 aa  267  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  38.28 
 
 		 433 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  39.9 
 
 		 420 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  39.9 
 
 		 420 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  37.56 
 
 		 416 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  38.66 
 
 		 418 aa  255  8e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  39.43 
 
 		 420 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  37.32 
 
 		 433 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  36.83 
 
 		 479 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  37.25 
 
 		 435 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  39.8 
 
 		 427 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  39.55 
 
 		 427 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  36.83 
 
 		 449 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  37.29 
 
 		 412 aa  249  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  37.08 
 
 		 429 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  36.6 
 
 		 433 aa  249  7e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  36.97 
 
 		 468 aa  249  9e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  38.23 
 
 		 421 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  38.15 
 
 		 429 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  37.99 
 
 		 426 aa  246  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  37.47 
 
 		 428 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  37.75 
 
 		 429 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  37.75 
 
 		 429 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  38.89 
 
 		 418 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  39.2 
 
 		 418 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  38.41 
 
 		 418 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  37.44 
 
 		 422 aa  244  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  38.16 
 
 		 418 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  36.26 
 
 		 429 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  36.34 
 
 		 435 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  35.96 
 
 		 433 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  37.38 
 
 		 424 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  37.68 
 
 		 417 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  37.08 
 
 		 419 aa  239  8e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  38.73 
 
 		 418 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  38.29 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  36.56 
 
 		 411 aa  237  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  38.74 
 
 		 416 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  36.83 
 
 		 423 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  38.14 
 
 		 431 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  35.87 
 
 		 416 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  37.12 
 
 		 422 aa  233  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  37.03 
 
 		 415 aa  233  6e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  38.35 
 
 		 409 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  38.26 
 
 		 416 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  37.5 
 
 		 431 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  38.79 
 
 		 416 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  37.31 
 
 		 423 aa  230  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  36.48 
 
 		 410 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.78 
 
 		 413 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  37.96 
 
 		 424 aa  229  6e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  37.12 
 
 		 412 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  37.12 
 
 		 412 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  36.87 
 
 		 412 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  35.65 
 
 		 420 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  37.41 
 
 		 409 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>