231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0294 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  98.18 
 
 		 439 aa  880    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  95.22 
 
 		 439 aa  829    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  100 
 
 		 439 aa  897    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  98.18 
 
 		 439 aa  880    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  69.23 
 
 		 428 aa  588  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  66.36 
 
 		 425 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  66.14 
 
 		 425 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  64.46 
 
 		 424 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  63.33 
 
 		 424 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  55.81 
 
 		 418 aa  480  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  50.79 
 
 		 417 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  45.71 
 
 		 425 aa  356  5e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  44.84 
 
 		 431 aa  355  8.999999999999999e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  46.76 
 
 		 421 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  46.77 
 
 		 421 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  44.03 
 
 		 427 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  43.75 
 
 		 422 aa  316  5e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  41.9 
 
 		 443 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  40.73 
 
 		 441 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  39.86 
 
 		 414 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  36.81 
 
 		 446 aa  272  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  39.78 
 
 		 448 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  38.77 
 
 		 448 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  38.72 
 
 		 447 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  34.39 
 
 		 447 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  34.39 
 
 		 447 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  34.39 
 
 		 447 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  34.39 
 
 		 447 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  35.38 
 
 		 441 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  36.04 
 
 		 441 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  35.41 
 
 		 441 aa  243  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  35.1 
 
 		 446 aa  243  7e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  35.64 
 
 		 441 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  37 
 
 		 445 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  36.74 
 
 		 421 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  33.92 
 
 		 416 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  35.21 
 
 		 455 aa  229  7e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  36.51 
 
 		 421 aa  229  7e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  34.57 
 
 		 440 aa  229  7e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  36.34 
 
 		 445 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  35.41 
 
 		 448 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  34.86 
 
 		 433 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  36.18 
 
 		 431 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  34.83 
 
 		 433 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  35.9 
 
 		 447 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  35.82 
 
 		 447 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  34.38 
 
 		 433 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  34.38 
 
 		 429 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  34.88 
 
 		 427 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  35.82 
 
 		 447 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  35.58 
 
 		 463 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  34.35 
 
 		 429 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  34.58 
 
 		 429 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  34.58 
 
 		 429 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  34.42 
 
 		 427 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  37.24 
 
 		 418 aa  213  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  33.63 
 
 		 421 aa  212  9e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  36.28 
 
 		 418 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  34.84 
 
 		 439 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  36.22 
 
 		 418 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  33.26 
 
 		 423 aa  210  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  34.8 
 
 		 444 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  34.88 
 
 		 460 aa  209  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  35.29 
 
 		 413 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  35.78 
 
 		 418 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  34.61 
 
 		 419 aa  208  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  34.11 
 
 		 395 aa  208  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  34.98 
 
 		 444 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  33.19 
 
 		 440 aa  207  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  34.91 
 
 		 444 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  34.58 
 
 		 444 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0234  outer membrane porin  34.62 
 
 		 444 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  34.36 
 
 		 444 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  34.8 
 
 		 444 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  34.99 
 
 		 418 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  34.32 
 
 		 433 aa  205  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  32.75 
 
 		 411 aa  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  32.24 
 
 		 429 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  34.08 
 
 		 442 aa  202  8e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  33.85 
 
 		 422 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  32.43 
 
 		 417 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  32.37 
 
 		 410 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  35.43 
 
 		 417 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  32.96 
 
 		 421 aa  201  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  34.32 
 
 		 417 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  35.45 
 
 		 442 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  33.02 
 
 		 418 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  33.18 
 
 		 422 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  34.15 
 
 		 424 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  32.16 
 
 		 412 aa  198  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  31.98 
 
 		 410 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  33.72 
 
 		 422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  31.76 
 
 		 410 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4878  outer membrane porin  33.4 
 
 		 448 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477958  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  32.53 
 
 		 422 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  33.7 
 
 		 437 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0249  outer membrane porin  34.04 
 
 		 446 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  33.49 
 
 		 417 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  33.49 
 
 		 418 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  34.99 
 
 		 412 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>