219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0258 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0234  outer membrane porin  82.25 
 
 
444 aa  736    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  100 
 
 
442 aa  895    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0249  outer membrane porin  82.67 
 
 
446 aa  733    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4978  outer membrane porin  83.33 
 
 
443 aa  752    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000630026  normal  0.206455 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4878  outer membrane porin  68.6 
 
 
448 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477958  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5318  outer membrane porin, OprD family  67.61 
 
 
448 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  55.63 
 
 
437 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4465  porin, putative  54.34 
 
 
450 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  52.62 
 
 
439 aa  398  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  49.57 
 
 
463 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  49.03 
 
 
447 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  49.68 
 
 
460 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  50.11 
 
 
445 aa  373  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  48.12 
 
 
457 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  47.45 
 
 
443 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  48.13 
 
 
440 aa  368  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  50 
 
 
442 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  47.93 
 
 
439 aa  353  2.9999999999999997e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  47.09 
 
 
439 aa  352  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19070  outer membrane porin, OprE-like protein  44.83 
 
 
442 aa  344  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2927  outer membrane porin OprE  44.94 
 
 
443 aa  340  4e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0534215  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  46.51 
 
 
441 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10640  OprE-like outer membrane porin  43.51 
 
 
456 aa  330  4e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0112866  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  44.1 
 
 
443 aa  326  4.0000000000000003e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3341  outer membrane porin  43.25 
 
 
437 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  38.75 
 
 
427 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  38.27 
 
 
418 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  38.98 
 
 
427 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  38.55 
 
 
412 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  39.35 
 
 
417 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  37.34 
 
 
421 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  37.78 
 
 
411 aa  266  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  37.12 
 
 
421 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  39.35 
 
 
417 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  36.96 
 
 
421 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  38.23 
 
 
422 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  38.66 
 
 
417 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  37.53 
 
 
433 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  36.94 
 
 
416 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  36.13 
 
 
429 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  35.81 
 
 
429 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  35.9 
 
 
429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  35.9 
 
 
429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  35.31 
 
 
420 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  34.79 
 
 
420 aa  239  9e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  35.63 
 
 
433 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  35.11 
 
 
433 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  36.26 
 
 
416 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  35.29 
 
 
418 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  34.65 
 
 
421 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  35.68 
 
 
418 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  34.74 
 
 
433 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  36.75 
 
 
408 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  34.52 
 
 
429 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  34.89 
 
 
431 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  34.67 
 
 
431 aa  227  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  35.27 
 
 
417 aa  227  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  34.3 
 
 
427 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  35.12 
 
 
410 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  34.01 
 
 
423 aa  221  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  34.24 
 
 
423 aa  220  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  34.52 
 
 
416 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  35.36 
 
 
417 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  35.12 
 
 
410 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  34.15 
 
 
417 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  34.9 
 
 
417 aa  220  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  35.6 
 
 
416 aa  219  6e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  35.12 
 
 
410 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  34.9 
 
 
417 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  35.89 
 
 
417 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  35.45 
 
 
417 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  36.92 
 
 
418 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.08 
 
 
413 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  35.4 
 
 
415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  36.14 
 
 
412 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  35.48 
 
 
416 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  34.95 
 
 
416 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  32.9 
 
 
427 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  35.21 
 
 
418 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  35.56 
 
 
408 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  35.21 
 
 
412 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  34.44 
 
 
418 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  33.19 
 
 
427 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  34.54 
 
 
418 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  34.54 
 
 
418 aa  210  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  32.7 
 
 
447 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  32.7 
 
 
447 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  32.7 
 
 
447 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  31.92 
 
 
424 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  35.23 
 
 
412 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  35.9 
 
 
409 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  32.7 
 
 
447 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  35.48 
 
 
412 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  35.15 
 
 
409 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  33.26 
 
 
417 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  32.54 
 
 
422 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  33.56 
 
 
430 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  31.72 
 
 
423 aa  206  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  34.44 
 
 
440 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  34.81 
 
 
416 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>