219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0926 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  95.42 
 
 		 459 aa  907    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0926  outer membrane porin  100 
 
 		 459 aa  941    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4295  outer membrane porin  89.76 
 
 		 459 aa  865    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0341226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0922  outer membrane porin  95.86 
 
 		 459 aa  907    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.535028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0814  outer membrane porin  64.62 
 
 		 471 aa  631  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00657196  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4560  outer membrane porin, OprD family  63.26 
 
 		 459 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4237  outer membrane porin  61.02 
 
 		 471 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0537439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  47.95 
 
 		 478 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  47.95 
 
 		 484 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2005  outer membrane porin  36.16 
 
 		 447 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  38.19 
 
 		 441 aa  247  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  36.42 
 
 		 448 aa  242  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1248  OprD family outer membrane porin  33.91 
 
 		 486 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1539  OprD family outer membrane porin  33.91 
 
 		 486 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.993831  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1729  OprD family outer membrane porin  33.91 
 
 		 486 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3014  OprD family outer membrane porin  33.91 
 
 		 527 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0532717  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2898  OprD family outer membrane porin  33.91 
 
 		 527 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.907391  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0390  OprD family outer membrane porin  33.91 
 
 		 527 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0356  OprD family outer membrane porin  33.91 
 
 		 480 aa  236  8e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2214  OprD family outer membrane porin  34.22 
 
 		 501 aa  236  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.456443  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5408  outer membrane porin  34.66 
 
 		 490 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  35.98 
 
 		 443 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4861  outer membrane porin  34.66 
 
 		 478 aa  233  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.054091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  36.27 
 
 		 447 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3268  outer membrane porin  34.92 
 
 		 479 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0188847  normal  0.0282979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  35.92 
 
 		 446 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5323  outer membrane porin  35.62 
 
 		 478 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5537  outer membrane porin  35.62 
 
 		 478 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00176042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4735  outer membrane porin  35.62 
 
 		 478 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0120  outer membrane porin  33.12 
 
 		 474 aa  228  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00350083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  37.81 
 
 		 448 aa  226  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0752  outer membrane porin for cationic amino acids and peptides  33.41 
 
 		 499 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  34.5 
 
 		 441 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4433  outer membrane porin  32.27 
 
 		 529 aa  216  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.326641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  34.58 
 
 		 441 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  37.93 
 
 		 445 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  35.48 
 
 		 445 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  33.55 
 
 		 441 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  33.62 
 
 		 441 aa  210  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  33.94 
 
 		 448 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  33.33 
 
 		 447 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  33.33 
 
 		 447 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  33.33 
 
 		 447 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  33.33 
 
 		 447 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  33.18 
 
 		 447 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  33.18 
 
 		 447 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  33.02 
 
 		 447 aa  207  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  32.33 
 
 		 440 aa  206  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  32.79 
 
 		 438 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4500  outer membrane porin  32.34 
 
 		 505 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.697186  normal  0.197989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  33.7 
 
 		 446 aa  199  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  32.02 
 
 		 455 aa  196  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  31.52 
 
 		 444 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  32.62 
 
 		 479 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  31.73 
 
 		 444 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  32.62 
 
 		 449 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  31.04 
 
 		 444 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  31.26 
 
 		 444 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  31.71 
 
 		 431 aa  180  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  31.26 
 
 		 444 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  31.83 
 
 		 433 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  31.29 
 
 		 433 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  31.52 
 
 		 429 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  29.31 
 
 		 444 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  28.31 
 
 		 467 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  30.24 
 
 		 435 aa  171  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  29.1 
 
 		 472 aa  170  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  31.83 
 
 		 413 aa  170  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  31.69 
 
 		 435 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  30.93 
 
 		 433 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  32.63 
 
 		 414 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  32.18 
 
 		 420 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  32.18 
 
 		 420 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  32.35 
 
 		 421 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  32.64 
 
 		 468 aa  163  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  32.35 
 
 		 421 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  32.18 
 
 		 420 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  31.56 
 
 		 421 aa  162  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  32.82 
 
 		 452 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  31.93 
 
 		 422 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  30.56 
 
 		 425 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  31.66 
 
 		 417 aa  161  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  29.95 
 
 		 427 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  30.41 
 
 		 427 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  31.27 
 
 		 429 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  30.07 
 
 		 433 aa  156  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  31.44 
 
 		 452 aa  156  8e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  31.27 
 
 		 429 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  28.57 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  30.07 
 
 		 452 aa  154  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  31.2 
 
 		 429 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  29.86 
 
 		 429 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  30.82 
 
 		 427 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  30.2 
 
 		 454 aa  153  8e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  30.32 
 
 		 417 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  30.41 
 
 		 417 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  30.88 
 
 		 418 aa  150  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  30.38 
 
 		 418 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  29.64 
 
 		 428 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  29.34 
 
 		 420 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>