107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3655 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0018  hypothetical protein  35.6 
 
 		 1204 aa  648    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.551518  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3655  hypothetical protein  100 
 
 		 1272 aa  2558    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.851877 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5271  hypothetical protein  36.75 
 
 		 1156 aa  635  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0633  ImcF-like protein  37.48 
 
 		 1115 aa  613  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.201654 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2495  hypothetical protein  34.12 
 
 		 1140 aa  589  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.963407  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0795  hypothetical protein  33.9 
 
 		 1140 aa  584  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2989  hypothetical protein  34.24 
 
 		 1140 aa  585  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000392845 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2591  ImcF domain-containing protein  34.24 
 
 		 1140 aa  586  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1798  ImcF domain-containing protein  34.2 
 
 		 1067 aa  561  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.516304 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2911  ImcF domain-containing protein  34.27 
 
 		 1094 aa  548  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.951042  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3247  ImcF domain-containing protein  32.86 
 
 		 1114 aa  532  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2262  ImcF-related  26.79 
 
 		 1335 aa  200  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.295752  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  23.8 
 
 		 1288 aa  190  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3625  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1297 aa  184  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2826  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1297 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1297 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0050  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1297 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1717  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1297 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.624106  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3151  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1297 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3650  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1297 aa  182  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  23.11 
 
 		 1301 aa  182  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0393  ImcF domain-containing protein  22.48 
 
 		 1313 aa  181  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145892  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2907  type VI secretion protein IcmF  25.37 
 
 		 1315 aa  178  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.531051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0420  type VI secretion protein IcmF  22.37 
 
 		 1313 aa  178  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.419198  normal  0.652814 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2620  ImcF-related  25.81 
 
 		 1314 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0485  ImcF domain-containing protein  25.81 
 
 		 1314 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0459  type VI secretion protein IcmF  25.96 
 
 		 1314 aa  176  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  25.04 
 
 		 1315 aa  175  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2501  type VI secretion protein IcmF  25.11 
 
 		 1268 aa  174  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.761474 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3091  hypothetical protein  25.96 
 
 		 1267 aa  173  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2631  ImcF domain-containing protein  25.93 
 
 		 1267 aa  172  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  21.55 
 
 		 1270 aa  171  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2773  type VI secretion protein IcmF  24.61 
 
 		 1265 aa  169  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.276817  normal  0.540963 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4962  hypothetical protein  24.02 
 
 		 1310 aa  168  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  22.69 
 
 		 1195 aa  157  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01945  hypothetical protein  24.31 
 
 		 1313 aa  153  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.206649 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  23.22 
 
 		 1230 aa  134  7.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  22.94 
 
 		 1102 aa  83.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  22.16 
 
 		 1211 aa  82.8  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  22.94 
 
 		 1176 aa  80.5  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  23.08 
 
 		 1207 aa  75.5  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0163  hypothetical protein  23.45 
 
 		 1147 aa  75.1  0.000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.137975  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  20.59 
 
 		 1175 aa  74.3  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  23.35 
 
 		 1208 aa  73.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  20.48 
 
 		 1175 aa  73.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  24.23 
 
 		 1209 aa  72.8  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  24.63 
 
 		 1165 aa  72.8  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  21.04 
 
 		 1179 aa  72  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  20.83 
 
 		 1172 aa  70.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  23.29 
 
 		 1182 aa  71.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05857  hypothetical protein  19.82 
 
 		 1129 aa  70.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  19.91 
 
 		 1192 aa  70.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  22.59 
 
 		 1157 aa  67.8  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  21.37 
 
 		 1171 aa  68.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  21.32 
 
 		 1164 aa  66.6  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  21.98 
 
 		 1218 aa  66.2  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  21.63 
 
 		 1168 aa  66.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  22.98 
 
 		 1179 aa  66.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  24.03 
 
 		 1177 aa  66.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  24.03 
 
 		 1177 aa  66.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  21.19 
 
 		 1164 aa  65.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000435  IcmF-related protein  19.65 
 
 		 1130 aa  65.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.127342  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  21.43 
 
 		 1182 aa  64.7  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  24.36 
 
 		 1165 aa  64.7  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  27.13 
 
 		 1205 aa  64.3  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  25.93 
 
 		 1176 aa  63.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  24.36 
 
 		 1165 aa  64.3  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  20.54 
 
 		 1220 aa  64.3  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  20.4 
 
 		 1212 aa  63.2  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1099  type VI secretion protein IcmF  24.15 
 
 		 1153 aa  62.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1218  hypothetical protein  24.15 
 
 		 1153 aa  62.4  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.19667 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0228  hypothetical protein  24.67 
 
 		 1174 aa  59.7  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.164141  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  22.59 
 
 		 1209 aa  58.5  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  21.49 
 
 		 1289 aa  58.5  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  21.02 
 
 		 1199 aa  58.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0226  hypothetical protein  25.3 
 
 		 1174 aa  57.8  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  21.49 
 
 		 1289 aa  57.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  21.49 
 
 		 1289 aa  57.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  21.31 
 
 		 1289 aa  55.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  25.17 
 
 		 1209 aa  54.3  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  25.17 
 
 		 1209 aa  54.3  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  25.17 
 
 		 1209 aa  53.9  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  21.21 
 
 		 1181 aa  53.9  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  25.17 
 
 		 1209 aa  53.9  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  25.17 
 
 		 1209 aa  53.9  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  25.17 
 
 		 1209 aa  53.9  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  25.17 
 
 		 1209 aa  53.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  21.68 
 
 		 1008 aa  52.8  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  25.5 
 
 		 1206 aa  52.4  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  26.14 
 
 		 1206 aa  52.4  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  23.55 
 
 		 1204 aa  52.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  19.52 
 
 		 1275 aa  51.6  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  19.52 
 
 		 1275 aa  51.6  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  20.24 
 
 		 1187 aa  51.2  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  22.58 
 
 		 1173 aa  49.7  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  22.03 
 
 		 1348 aa  49.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  23.17 
 
 		 1208 aa  49.3  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  22.35 
 
 		 1365 aa  49.3  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  24.49 
 
 		 1205 aa  48.9  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  21.9 
 
 		 1329 aa  48.5  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>