164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3485 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  47.07 
 
 		 1289 aa  867    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  47.16 
 
 		 1289 aa  868    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  68.22 
 
 		 1329 aa  1802    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  42.44 
 
 		 1302 aa  1050    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  82.5 
 
 		 1366 aa  2182    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  44.75 
 
 		 1302 aa  1081    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  68.19 
 
 		 1358 aa  1724    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  90.21 
 
 		 1369 aa  2451    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  57.47 
 
 		 1332 aa  1421    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  44.55 
 
 		 1302 aa  1065    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  71.29 
 
 		 1365 aa  1907    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  72.69 
 
 		 1348 aa  1950    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  100 
 
 		 1365 aa  2761    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0928  SciS protein  63.43 
 
 		 890 aa  952    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0929  SciS protein  77.03 
 
 		 431 aa  676    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1215  ImcF-like family protein  63.43 
 
 		 890 aa  952    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1216  hypothetical protein  77.03 
 
 		 431 aa  676    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  44.83 
 
 		 1302 aa  1082    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  68.12 
 
 		 1358 aa  1725    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  46.42 
 
 		 1268 aa  1161    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  44.83 
 
 		 1302 aa  1082    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  67.97 
 
 		 1358 aa  1721    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  55.07 
 
 		 1317 aa  1363    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  47.16 
 
 		 1289 aa  869    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  41.04 
 
 		 1302 aa  899    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  47.26 
 
 		 1289 aa  869    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  32.6 
 
 		 1275 aa  553  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  32.6 
 
 		 1275 aa  553  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  34.49 
 
 		 1211 aa  538  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  35.53 
 
 		 1209 aa  526  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  35.27 
 
 		 1209 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  35.55 
 
 		 1208 aa  515  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  35.27 
 
 		 1209 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  35.27 
 
 		 1209 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  35.27 
 
 		 1209 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  35.27 
 
 		 1209 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  35.27 
 
 		 1209 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  34.01 
 
 		 1205 aa  511  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  35.07 
 
 		 1209 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  34.27 
 
 		 1199 aa  509  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  33.78 
 
 		 1209 aa  506  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  32.61 
 
 		 1150 aa  486  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  32.44 
 
 		 1218 aa  468  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  30.57 
 
 		 1212 aa  446  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  33.33 
 
 		 1220 aa  437  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  30.42 
 
 		 1207 aa  421  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  30.63 
 
 		 1171 aa  411  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  30.6 
 
 		 1176 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  30.51 
 
 		 1102 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  26.14 
 
 		 1172 aa  331  7e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  26.57 
 
 		 1182 aa  308  6e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  25.21 
 
 		 1181 aa  298  4e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  28.94 
 
 		 1204 aa  296  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  26.52 
 
 		 1181 aa  291  8e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  29.15 
 
 		 1173 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  28.89 
 
 		 1173 aa  280  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  27.48 
 
 		 1164 aa  267  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  25.35 
 
 		 1192 aa  264  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  25.43 
 
 		 1179 aa  261  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  28.42 
 
 		 1148 aa  247  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  24.22 
 
 		 1208 aa  235  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  25.17 
 
 		 1168 aa  233  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  27.19 
 
 		 1164 aa  230  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  27.19 
 
 		 1164 aa  231  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  25.08 
 
 		 1206 aa  229  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  25.26 
 
 		 1182 aa  228  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  24.5 
 
 		 1008 aa  222  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  24.59 
 
 		 1206 aa  220  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  25.11 
 
 		 1194 aa  219  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0454  hypothetical protein  26.63 
 
 		 1147 aa  219  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141895  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1026  hypothetical protein  26.63 
 
 		 1167 aa  219  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170738  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0805  hypothetical protein  26.63 
 
 		 1167 aa  219  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00300591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0717  hypothetical protein  26.63 
 
 		 1167 aa  219  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.319931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2000  hypothetical protein  26.63 
 
 		 1167 aa  219  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2090  hypothetical protein  26.63 
 
 		 1104 aa  218  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127209  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  26.83 
 
 		 1157 aa  217  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0730  hypothetical protein  26.63 
 
 		 728 aa  217  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000967191  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  26.48 
 
 		 1164 aa  217  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  27.41 
 
 		 1152 aa  212  3e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  23.12 
 
 		 1187 aa  210  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  28.76 
 
 		 1176 aa  201  7.999999999999999e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 1194 aa  196  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  25.14 
 
 		 1165 aa  194  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  29.89 
 
 		 1175 aa  192  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  25.39 
 
 		 1205 aa  186  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  24.58 
 
 		 1165 aa  184  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  23.55 
 
 		 1177 aa  180  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  23.55 
 
 		 1177 aa  180  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  24.41 
 
 		 1165 aa  178  7e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  23.23 
 
 		 1270 aa  173  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0228  hypothetical protein  24.86 
 
 		 1174 aa  171  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.164141  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0226  hypothetical protein  24.55 
 
 		 1174 aa  166  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  24.88 
 
 		 1288 aa  162  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  27.42 
 
 		 1179 aa  157  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1099  type VI secretion protein IcmF  24.31 
 
 		 1153 aa  154  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  23.44 
 
 		 1230 aa  151  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1218  hypothetical protein  24.15 
 
 		 1153 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.19667 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000435  IcmF-related protein  22.05 
 
 		 1130 aa  144  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.127342  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05857  hypothetical protein  21.31 
 
 		 1129 aa  136  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  26.55 
 
 		 1195 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>