161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0016 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  39.3 
 
 
1206 aa  747    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  39.26 
 
 
1208 aa  753    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  40.51 
 
 
1165 aa  765    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  57.45 
 
 
1187 aa  1239    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  40.61 
 
 
1165 aa  771    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1218  hypothetical protein  39.6 
 
 
1153 aa  718    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.19667 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  37.52 
 
 
1205 aa  668    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1099  type VI secretion protein IcmF  39.64 
 
 
1153 aa  719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  44.52 
 
 
1194 aa  896    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  39.53 
 
 
1177 aa  759    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0226  hypothetical protein  39.66 
 
 
1174 aa  711    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  40.38 
 
 
1165 aa  759    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  39.59 
 
 
1194 aa  755    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  100 
 
 
1008 aa  2075    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  39.49 
 
 
1206 aa  751    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  64.92 
 
 
1182 aa  1409    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  39.53 
 
 
1177 aa  759    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0228  hypothetical protein  39.66 
 
 
1174 aa  711    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.164141  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  26.1 
 
 
1176 aa  345  4e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  26.25 
 
 
1102 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  26.98 
 
 
1171 aa  331  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  27.31 
 
 
1208 aa  329  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  25.07 
 
 
1172 aa  317  7e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  26.19 
 
 
1209 aa  313  1e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  26.44 
 
 
1209 aa  313  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  26.19 
 
 
1209 aa  313  1e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  26.19 
 
 
1209 aa  313  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  26.19 
 
 
1209 aa  313  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  26.19 
 
 
1209 aa  313  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  26.19 
 
 
1209 aa  313  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  26.05 
 
 
1209 aa  307  6e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  25.69 
 
 
1209 aa  306  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  25.17 
 
 
1181 aa  305  3.0000000000000004e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  26.07 
 
 
1205 aa  303  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  25.95 
 
 
1179 aa  301  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  26.7 
 
 
1199 aa  297  5e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  27.08 
 
 
1212 aa  296  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  26.33 
 
 
1182 aa  293  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  24.91 
 
 
1218 aa  287  8e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  26.05 
 
 
1179 aa  286  9e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  26.86 
 
 
1211 aa  284  7.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  25.33 
 
 
1220 aa  281  3e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  26.05 
 
 
1192 aa  281  6e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  25.07 
 
 
1175 aa  271  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000435  IcmF-related protein  24.48 
 
 
1130 aa  270  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.127342  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  26.57 
 
 
1207 aa  266  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  25.51 
 
 
1204 aa  266  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  25.93 
 
 
1157 aa  266  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  25.74 
 
 
1175 aa  263  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05857  hypothetical protein  24.25 
 
 
1129 aa  263  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  23.75 
 
 
1168 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  25.8 
 
 
1329 aa  245  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  26 
 
 
1173 aa  242  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  25.31 
 
 
1152 aa  242  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  25.07 
 
 
1369 aa  239  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  24.43 
 
 
1176 aa  239  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  25.69 
 
 
1173 aa  239  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  23.75 
 
 
1181 aa  238  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  25.3 
 
 
1268 aa  237  8e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  24.22 
 
 
1302 aa  231  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  24.31 
 
 
1302 aa  229  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  25.16 
 
 
1302 aa  229  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  25.29 
 
 
1148 aa  229  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  24.22 
 
 
1302 aa  228  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  23.53 
 
 
1164 aa  226  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  24.81 
 
 
1365 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  23.65 
 
 
1302 aa  223  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  26.17 
 
 
1366 aa  218  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  24.62 
 
 
1365 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  24.59 
 
 
1302 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  21.81 
 
 
1195 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  25 
 
 
1289 aa  203  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  24.89 
 
 
1289 aa  201  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  24.91 
 
 
1289 aa  200  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  24.68 
 
 
1358 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  24.78 
 
 
1358 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  24.59 
 
 
1358 aa  198  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  24.44 
 
 
1289 aa  198  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  23.8 
 
 
1348 aa  196  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  24.18 
 
 
1317 aa  194  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  25.45 
 
 
1332 aa  193  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  26.07 
 
 
1175 aa  184  9.000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  22.47 
 
 
1275 aa  180  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  22.47 
 
 
1275 aa  180  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  22.86 
 
 
1288 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  21.28 
 
 
1270 aa  160  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  21.59 
 
 
1230 aa  159  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2090  hypothetical protein  21.97 
 
 
1104 aa  153  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127209  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0454  hypothetical protein  21.97 
 
 
1147 aa  152  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141895  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  22.01 
 
 
1164 aa  153  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1026  hypothetical protein  21.97 
 
 
1167 aa  152  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170738  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0805  hypothetical protein  21.97 
 
 
1167 aa  152  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00300591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0717  hypothetical protein  21.97 
 
 
1167 aa  152  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.319931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2000  hypothetical protein  21.97 
 
 
1167 aa  152  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0500  hypothetical protein  21.72 
 
 
973 aa  152  4e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0524  hypothetical protein  21.41 
 
 
973 aa  150  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  21.68 
 
 
1301 aa  146  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  21.43 
 
 
1150 aa  144  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2499  OmpA/MotB domain-containing protein  28.57 
 
 
831 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306062  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2775  OmpA/MotB domain-containing protein  27.3 
 
 
831 aa  140  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414663  normal  0.366632 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>