279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_1662 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008009  Acid345_1662  sigma-54, RpoN  100 
 
 		 577 aa  1182    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.125129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.22 
 
 		 515 aa  324  3e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.83 
 
 		 501 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.66 
 
 		 501 aa  320  5e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.43 
 
 		 515 aa  318  1e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  34.26 
 
 		 501 aa  317  4e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.02 
 
 		 501 aa  300  5e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  40.26 
 
 		 481 aa  259  8e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.56 
 
 		 488 aa  257  4e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  40.06 
 
 		 485 aa  253  5.000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  38.8 
 
 		 481 aa  250  5e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.42 
 
 		 494 aa  250  6e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.44 
 
 		 480 aa  248  2e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.27 
 
 		 479 aa  247  4e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.19 
 
 		 472 aa  246  9e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  39.47 
 
 		 483 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.5 
 
 		 453 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  39.35 
 
 		 461 aa  243  6e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.36 
 
 		 536 aa  243  7.999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.94 
 
 		 482 aa  242  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  40.51 
 
 		 461 aa  238  2e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.66 
 
 		 470 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.93 
 
 		 510 aa  235  2.0000000000000002e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  29.23 
 
 		 546 aa  233  9e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.39 
 
 		 491 aa  232  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.82 
 
 		 479 aa  232  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  36.62 
 
 		 497 aa  232  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2650  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.56 
 
 		 498 aa  231  4e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  38.49 
 
 		 487 aa  230  6e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 		 497 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  37.18 
 
 		 507 aa  229  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 		 497 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  30.61 
 
 		 491 aa  228  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  35.99 
 
 		 489 aa  228  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  36.39 
 
 		 497 aa  227  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  36.31 
 
 		 497 aa  226  6e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 		 477 aa  226  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.58 
 
 		 508 aa  226  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  35.9 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.9 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 		 511 aa  225  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  35.9 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  38.28 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  35.35 
 
 		 497 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  28.86 
 
 		 515 aa  224  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  38.16 
 
 		 478 aa  224  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  224  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  224  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  224  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  224  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  34.94 
 
 		 482 aa  223  6e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 477 aa  223  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 		 477 aa  223  7e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  35.46 
 
 		 477 aa  223  8e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  37.7 
 
 		 489 aa  223  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.69 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  36.96 
 
 		 487 aa  222  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  37.18 
 
 		 474 aa  223  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4992  RNA polymerase factor sigma-54  37.34 
 
 		 435 aa  222  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  36.69 
 
 		 435 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5372  RNA polymerase factor sigma-54  37.34 
 
 		 435 aa  222  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  29.25 
 
 		 553 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  36.42 
 
 		 477 aa  221  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 435 aa  221  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  36.69 
 
 		 435 aa  220  5e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  36.45 
 
 		 492 aa  220  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  36.74 
 
 		 435 aa  220  5e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  34.08 
 
 		 497 aa  220  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4831  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 435 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.623115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5227  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 435 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.01 
 
 		 476 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.25 
 
 		 475 aa  219  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  35.83 
 
 		 493 aa  219  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5256  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 435 aa  219  1e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.584318  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  35.46 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 		 454 aa  218  2e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  37.06 
 
 		 488 aa  218  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  35.46 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  35.46 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  35 
 
 		 499 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 435 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3140  RNA polymerase factor sigma-54  40.45 
 
 		 435 aa  217  5e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.46 
 
 		 505 aa  217  5e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  33.87 
 
 		 493 aa  216  7e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  37.9 
 
 		 507 aa  216  9e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  33.23 
 
 		 505 aa  216  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  35.74 
 
 		 488 aa  216  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  35.41 
 
 		 497 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  35.26 
 
 		 503 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2965  RNA polymerase factor sigma-54  37.26 
 
 		 437 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000225777  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  29.07 
 
 		 489 aa  215  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  36.39 
 
 		 511 aa  215  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.41 
 
 		 522 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1303  RNA polymerase factor sigma-54  37.11 
 
 		 461 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>