More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4221 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  83.91 
 
 		 405 aa  689    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  76.77 
 
 		 408 aa  635    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  79.46 
 
 		 407 aa  668    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  83.37 
 
 		 405 aa  710    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2903  type II secretion system protein  81.19 
 
 		 405 aa  673    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  83.66 
 
 		 405 aa  688    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4221  type II secretion system protein  100 
 
 		 409 aa  832    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  83.17 
 
 		 405 aa  682    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  83.13 
 
 		 405 aa  710    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3681  type II secretion system protein  82.92 
 
 		 405 aa  685    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  68.46 
 
 		 408 aa  592  1e-168  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  68.69 
 
 		 402 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  69.27 
 
 		 408 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  64.48 
 
 		 407 aa  538  9.999999999999999e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1174  type II secretion system protein  64.65 
 
 		 409 aa  522  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394888  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  60 
 
 		 421 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  61.77 
 
 		 424 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  59.31 
 
 		 424 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  60.61 
 
 		 420 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  60 
 
 		 421 aa  494  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  56.39 
 
 		 403 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  53.75 
 
 		 406 aa  463  1e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  53.71 
 
 		 405 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  53.35 
 
 		 405 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  54.86 
 
 		 405 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  53.79 
 
 		 405 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  51.77 
 
 		 402 aa  433  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  51.25 
 
 		 405 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  53.65 
 
 		 404 aa  423  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  49.15 
 
 		 419 aa  423  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0774  type II secretion system protein  53.75 
 
 		 405 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  50.74 
 
 		 419 aa  423  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  48.54 
 
 		 419 aa  409  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58760  type 4 fimbrial biogenesis protein pilC  54.99 
 
 		 373 aa  411  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.95906  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  48.88 
 
 		 406 aa  403  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  47.71 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  49.13 
 
 		 406 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  47.71 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  48.92 
 
 		 417 aa  403  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  51.14 
 
 		 406 aa  401  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  45.37 
 
 		 423 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  45.37 
 
 		 422 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1580  Type II secretion system F domain protein  47.57 
 
 		 412 aa  395  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  49.87 
 
 		 405 aa  398  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  49.49 
 
 		 401 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2185  Type II secretion system F domain protein  51.64 
 
 		 403 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.170941  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  46.25 
 
 		 423 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  46.5 
 
 		 419 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  45.13 
 
 		 423 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  44.85 
 
 		 422 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0068  type II secretion system protein  49.63 
 
 		 407 aa  378  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000163403  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  45.13 
 
 		 423 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  45.86 
 
 		 421 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0063  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilC  49.13 
 
 		 407 aa  373  1e-102  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000657868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  45 
 
 		 420 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  46.25 
 
 		 423 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  44.61 
 
 		 419 aa  363  2e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  46.37 
 
 		 421 aa  362  4e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0481  type II secretion system protein, type IV pilus biogenesis protein PilC  47.09 
 
 		 410 aa  362  5.0000000000000005e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  45.61 
 
 		 421 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  44.75 
 
 		 422 aa  361  2e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  43.47 
 
 		 422 aa  358  8e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  44.61 
 
 		 421 aa  355  1e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  43.9 
 
 		 405 aa  347  3e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  43.18 
 
 		 405 aa  345  8.999999999999999e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  45.41 
 
 		 401 aa  343  4e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  40.25 
 
 		 405 aa  336  2.9999999999999997e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0150  type II secretion system protein  41.02 
 
 		 410 aa  334  1e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  40.98 
 
 		 410 aa  334  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  39.56 
 
 		 406 aa  333  3e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  40.35 
 
 		 404 aa  331  1e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  40.15 
 
 		 405 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  40.25 
 
 		 404 aa  321  1.9999999999999998e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  39.05 
 
 		 405 aa  320  3e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  41.01 
 
 		 403 aa  320  3e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  40.15 
 
 		 405 aa  320  3e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0972  type IV pilus biogenesis protein PilC  43.13 
 
 		 419 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.910627  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1087  type II secretion system protein  43.13 
 
 		 419 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  36.83 
 
 		 417 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  37.07 
 
 		 417 aa  312  5.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  36.83 
 
 		 417 aa  312  5.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  39.56 
 
 		 407 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  40.44 
 
 		 408 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0970  type II secretion system protein  38.32 
 
 		 417 aa  303  3.0000000000000004e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  38.32 
 
 		 419 aa  303  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  40.15 
 
 		 407 aa  301  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2849  type II secretion system protein  41.25 
 
 		 403 aa  300  4e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1759  type II secretion system protein  43.28 
 
 		 401 aa  297  2e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  38.06 
 
 		 408 aa  295  9e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  36.8 
 
 		 401 aa  295  1e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  38.46 
 
 		 409 aa  295  1e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  38.05 
 
 		 411 aa  293  3e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  38.73 
 
 		 407 aa  288  2e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  38.19 
 
 		 406 aa  287  2e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  37.22 
 
 		 403 aa  286  4e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  37.35 
 
 		 409 aa  285  7e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  38.31 
 
 		 407 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  37.87 
 
 		 406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0681  type II secretion system protein  40.68 
 
 		 407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.524718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17760  type II secretory pathway, component PulF  37.29 
 
 		 416 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.874552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>