More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3109 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  81 
 
 		 421 aa  699    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  81.2 
 
 		 420 aa  671    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  90.07 
 
 		 424 aa  728    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  100 
 
 		 421 aa  859    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  81.2 
 
 		 424 aa  671    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  59.4 
 
 		 402 aa  512  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  60.76 
 
 		 405 aa  508  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  59.65 
 
 		 408 aa  506  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  60.25 
 
 		 405 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  60.24 
 
 		 408 aa  500  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4221  type II secretion system protein  58.78 
 
 		 409 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  59.35 
 
 		 407 aa  493  9.999999999999999e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  58.9 
 
 		 408 aa  491  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  59.24 
 
 		 407 aa  488  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  59.16 
 
 		 405 aa  489  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  58.4 
 
 		 405 aa  486  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  58.17 
 
 		 405 aa  488  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2903  type II secretion system protein  59.41 
 
 		 405 aa  479  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3681  type II secretion system protein  57.47 
 
 		 405 aa  473  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1174  type II secretion system protein  56.78 
 
 		 409 aa  461  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394888  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  50.5 
 
 		 406 aa  432  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  51.49 
 
 		 403 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  51.36 
 
 		 405 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  50 
 
 		 405 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  51.99 
 
 		 405 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  49.12 
 
 		 405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  51.61 
 
 		 405 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  53.25 
 
 		 404 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  47.37 
 
 		 419 aa  399  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  49.87 
 
 		 402 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  47.98 
 
 		 419 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  45.3 
 
 		 463 aa  390  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  45.3 
 
 		 463 aa  390  1e-107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  46.1 
 
 		 417 aa  388  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  47.52 
 
 		 406 aa  387  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  47.28 
 
 		 406 aa  386  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  46.46 
 
 		 419 aa  388  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  47.22 
 
 		 419 aa  381  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  46.29 
 
 		 423 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  46.13 
 
 		 420 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58760  type 4 fimbrial biogenesis protein pilC  51.34 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.95906  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  45.71 
 
 		 422 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  45.48 
 
 		 423 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  46.3 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1580  Type II secretion system F domain protein  47.59 
 
 		 412 aa  371  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  48.64 
 
 		 406 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  45.91 
 
 		 405 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0774  type II secretion system protein  49.38 
 
 		 405 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  47.89 
 
 		 401 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  44.52 
 
 		 422 aa  364  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  44.88 
 
 		 422 aa  358  7e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0481  type II secretion system protein, type IV pilus biogenesis protein PilC  47.78 
 
 		 410 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  45.58 
 
 		 421 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2185  Type II secretion system F domain protein  47.15 
 
 		 403 aa  356  5e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.170941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0063  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilC  48.86 
 
 		 407 aa  355  8.999999999999999e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000657868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  45.71 
 
 		 423 aa  353  4e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  45.24 
 
 		 423 aa  352  7e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0068  type II secretion system protein  48.61 
 
 		 407 aa  352  1e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000163403  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  44.5 
 
 		 419 aa  351  1e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  44.29 
 
 		 423 aa  351  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  44.75 
 
 		 421 aa  351  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  43.64 
 
 		 405 aa  349  7e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  43.33 
 
 		 422 aa  346  4e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  45.58 
 
 		 421 aa  345  6e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  42.04 
 
 		 406 aa  345  8.999999999999999e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  41.67 
 
 		 417 aa  342  5.999999999999999e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  42 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  41.25 
 
 		 405 aa  339  5.9999999999999996e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  41.19 
 
 		 417 aa  338  9e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  41.67 
 
 		 417 aa  338  9e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  42.14 
 
 		 405 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  41.4 
 
 		 405 aa  336  5e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  41.65 
 
 		 405 aa  333  4e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  41.62 
 
 		 403 aa  329  6e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  42.12 
 
 		 407 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0150  type II secretion system protein  40.51 
 
 		 410 aa  325  1e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  42.14 
 
 		 405 aa  324  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  41.9 
 
 		 419 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  38.94 
 
 		 404 aa  316  4e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  40.1 
 
 		 401 aa  310  4e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2849  type II secretion system protein  41.5 
 
 		 403 aa  309  5.9999999999999995e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  40 
 
 		 410 aa  309  6.999999999999999e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1759  type II secretion system protein  43.36 
 
 		 401 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1087  type II secretion system protein  43.1 
 
 		 419 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0972  type IV pilus biogenesis protein PilC  43.1 
 
 		 419 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.910627  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  36.97 
 
 		 406 aa  300  4e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  37.69 
 
 		 406 aa  293  3e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17760  type II secretory pathway, component PulF  36.12 
 
 		 416 aa  293  3e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.874552 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3026  type II secretion system protein  38.37 
 
 		 417 aa  292  7e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0970  type II secretion system protein  37.5 
 
 		 417 aa  291  2e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  36.82 
 
 		 408 aa  287  2e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  37.84 
 
 		 410 aa  285  7e-76  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  37.75 
 
 		 406 aa  285  8e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  35.03 
 
 		 401 aa  284  2.0000000000000002e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  35.41 
 
 		 409 aa  282  8.000000000000001e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  38.46 
 
 		 407 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  39.14 
 
 		 408 aa  280  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  36.39 
 
 		 407 aa  277  3e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1824  Type II secretion system F domain protein  37.53 
 
 		 409 aa  276  6e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.608306  normal  0.597079 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1584  type II secretion system protein  35.1 
 
 		 422 aa  274  2.0000000000000002e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.738971  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>