More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0415 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  87.03 
 
 		 422 aa  735    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  92.64 
 
 		 422 aa  804    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  100 
 
 		 423 aa  853    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  84.83 
 
 		 420 aa  713    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  86.26 
 
 		 421 aa  715    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  81.52 
 
 		 419 aa  682    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  81.71 
 
 		 422 aa  677    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  80.81 
 
 		 421 aa  648    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  84.36 
 
 		 421 aa  714    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  77.3 
 
 		 422 aa  661    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  86.02 
 
 		 421 aa  711    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  82.34 
 
 		 419 aa  668    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  92.67 
 
 		 423 aa  804    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  92.91 
 
 		 423 aa  784    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  95.98 
 
 		 423 aa  792    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  92.91 
 
 		 423 aa  785    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  61.58 
 
 		 419 aa  537  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  61.81 
 
 		 402 aa  496  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0481  type II secretion system protein, type IV pilus biogenesis protein PilC  62.1 
 
 		 410 aa  489  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  59.05 
 
 		 401 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  54.66 
 
 		 403 aa  459  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  53.5 
 
 		 405 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  51.25 
 
 		 405 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  51 
 
 		 405 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  53.5 
 
 		 405 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  52.02 
 
 		 406 aa  442  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  52.96 
 
 		 417 aa  438  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  53.25 
 
 		 405 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  53.69 
 
 		 406 aa  421  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0774  type II secretion system protein  52.5 
 
 		 405 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58760  type 4 fimbrial biogenesis protein pilC  55.91 
 
 		 373 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.95906  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2185  Type II secretion system F domain protein  54.04 
 
 		 403 aa  409  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.170941  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  49.49 
 
 		 404 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  50 
 
 		 406 aa  405  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  46.91 
 
 		 419 aa  405  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  46.92 
 
 		 419 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  50 
 
 		 406 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  50.51 
 
 		 405 aa  403  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  45.73 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  45.5 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1580  Type II secretion system F domain protein  48.48 
 
 		 412 aa  401  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  46.02 
 
 		 402 aa  396  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  46.91 
 
 		 408 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  47.87 
 
 		 408 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  46.63 
 
 		 421 aa  384  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  46.73 
 
 		 407 aa  384  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  47.19 
 
 		 424 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  45.25 
 
 		 405 aa  380  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  44.5 
 
 		 407 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  46.75 
 
 		 405 aa  381  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  45 
 
 		 405 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  47.19 
 
 		 420 aa  378  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0063  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilC  50.63 
 
 		 407 aa  376  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000657868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4221  type II secretion system protein  46.25 
 
 		 409 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  45.26 
 
 		 407 aa  372  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0150  type II secretion system protein  46.32 
 
 		 410 aa  373  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0068  type II secretion system protein  51.13 
 
 		 407 aa  375  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000163403  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  45 
 
 		 408 aa  370  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  46.78 
 
 		 424 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  45.61 
 
 		 410 aa  369  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  44.75 
 
 		 405 aa  368  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  46.29 
 
 		 421 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2903  type II secretion system protein  46.06 
 
 		 405 aa  365  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  44.75 
 
 		 405 aa  364  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3681  type II secretion system protein  44 
 
 		 405 aa  360  4e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  42.28 
 
 		 407 aa  357  1.9999999999999998e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  44.25 
 
 		 408 aa  355  7.999999999999999e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1174  type II secretion system protein  46.38 
 
 		 409 aa  352  8.999999999999999e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394888  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1087  type II secretion system protein  42.93 
 
 		 419 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0972  type IV pilus biogenesis protein PilC  42.93 
 
 		 419 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.910627  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  39.66 
 
 		 405 aa  312  6.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  40.45 
 
 		 405 aa  312  9e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  38.61 
 
 		 406 aa  310  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  39.09 
 
 		 417 aa  310  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  39.55 
 
 		 417 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  40 
 
 		 404 aa  310  4e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  39.29 
 
 		 417 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  38.21 
 
 		 405 aa  307  3e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  38.46 
 
 		 405 aa  301  1e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  39.9 
 
 		 405 aa  301  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  39.21 
 
 		 405 aa  300  5e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  38.86 
 
 		 407 aa  293  3e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  38.15 
 
 		 404 aa  286  5e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  38.58 
 
 		 401 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0674  type II secretion system protein  41.1 
 
 		 402 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0471277 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  37.91 
 
 		 419 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0633  type IV pili biogenesis protein PilC  40.81 
 
 		 402 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4537  type II secretion system protein  39.65 
 
 		 402 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  35.35 
 
 		 403 aa  278  9e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2849  type II secretion system protein  37.59 
 
 		 403 aa  275  8e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  36.86 
 
 		 409 aa  266  5.999999999999999e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3026  type II secretion system protein  35.84 
 
 		 417 aa  261  2e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  36.34 
 
 		 406 aa  261  2e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  35.43 
 
 		 406 aa  260  3e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3507  type IV pilus biogenesis protein PilC  36.72 
 
 		 405 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3528  type IV pilus assembly protein PilC  36.72 
 
 		 405 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2069  fimbrial assembly protein PilC-like  37.75 
 
 		 410 aa  253  5.000000000000001e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3532  type IV pilus biogenesis protein PilC  36.72 
 
 		 405 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0454  type IV pilus biogenesis protein PilC  36.62 
 
 		 405 aa  253  6e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1312  type IV pilus biogenesis protein PilC  36.62 
 
 		 405 aa  253  6e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>