More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03232 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  100 
 
 
402 aa  815    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  79.6 
 
 
401 aa  645    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  68.24 
 
 
419 aa  564  1.0000000000000001e-159  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  62.97 
 
 
421 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  61.29 
 
 
419 aa  503  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  61.81 
 
 
423 aa  496  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  61.21 
 
 
422 aa  494  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  61.06 
 
 
422 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  60.3 
 
 
423 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  61.11 
 
 
422 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  62.72 
 
 
421 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0481  type II secretion system protein, type IV pilus biogenesis protein PilC  64.14 
 
 
410 aa  486  1e-136  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  58.84 
 
 
419 aa  486  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  59.45 
 
 
420 aa  482  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  62.06 
 
 
421 aa  482  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  58.29 
 
 
405 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  59.09 
 
 
403 aa  480  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  55.44 
 
 
405 aa  475  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  56.46 
 
 
405 aa  474  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  60.55 
 
 
423 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  62.81 
 
 
423 aa  474  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  61.9 
 
 
422 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  54.68 
 
 
405 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  60.3 
 
 
423 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  58.84 
 
 
421 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  56.62 
 
 
406 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58760  type 4 fimbrial biogenesis protein pilC  60.54 
 
 
373 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.95906  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  53.03 
 
 
402 aa  450  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0774  type II secretion system protein  56.28 
 
 
405 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  55.36 
 
 
406 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  54.23 
 
 
405 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  55.83 
 
 
404 aa  437  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  52.26 
 
 
408 aa  432  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  53.83 
 
 
405 aa  430  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  51.13 
 
 
407 aa  425  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  52.02 
 
 
405 aa  426  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  52.02 
 
 
405 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  53.52 
 
 
417 aa  422  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4221  type II secretion system protein  51.77 
 
 
409 aa  419  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  51.39 
 
 
420 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  51.39 
 
 
424 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  49.37 
 
 
419 aa  412  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  51.52 
 
 
405 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  52.5 
 
 
405 aa  411  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  50.13 
 
 
421 aa  411  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  52.91 
 
 
408 aa  410  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0068  type II secretion system protein  54.68 
 
 
407 aa  411  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000163403  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  52.02 
 
 
405 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  47.98 
 
 
419 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  52.63 
 
 
406 aa  405  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0063  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilC  54.43 
 
 
407 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000657868  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1580  Type II secretion system F domain protein  51.14 
 
 
412 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  52.63 
 
 
406 aa  403  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  49.11 
 
 
407 aa  401  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2903  type II secretion system protein  51.52 
 
 
405 aa  404  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  47.87 
 
 
463 aa  403  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  47.62 
 
 
463 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2185  Type II secretion system F domain protein  53.1 
 
 
403 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.170941  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  51.52 
 
 
424 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3681  type II secretion system protein  49.62 
 
 
405 aa  391  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  49.37 
 
 
408 aa  387  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  49.62 
 
 
421 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1174  type II secretion system protein  50.38 
 
 
409 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394888  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  46.06 
 
 
408 aa  375  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0150  type II secretion system protein  46.37 
 
 
410 aa  365  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  43.07 
 
 
407 aa  363  2e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  44 
 
 
407 aa  356  2.9999999999999997e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  46.21 
 
 
410 aa  355  7.999999999999999e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  42.61 
 
 
405 aa  332  5e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1087  type II secretion system protein  43.86 
 
 
419 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0972  type IV pilus biogenesis protein PilC  43.86 
 
 
419 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.910627  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  41.58 
 
 
405 aa  320  3e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  42.18 
 
 
405 aa  316  5e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  41.94 
 
 
401 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  38.15 
 
 
405 aa  313  4.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  39.45 
 
 
405 aa  311  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  39.11 
 
 
404 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  38.65 
 
 
405 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  38.18 
 
 
406 aa  302  6.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  39.07 
 
 
417 aa  300  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  41.15 
 
 
403 aa  301  2e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  39.31 
 
 
417 aa  298  9e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  39.4 
 
 
417 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  40 
 
 
404 aa  289  6e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  36.91 
 
 
408 aa  286  5.999999999999999e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2849  type II secretion system protein  39.6 
 
 
403 aa  285  8e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0674  type II secretion system protein  39.45 
 
 
402 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0471277 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  38.02 
 
 
407 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  39.01 
 
 
419 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0633  type IV pili biogenesis protein PilC  38.81 
 
 
402 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360472  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4537  type II secretion system protein  38.81 
 
 
402 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  39.1 
 
 
406 aa  280  3e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1759  type II secretion system protein  41.4 
 
 
401 aa  280  3e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  35.16 
 
 
406 aa  279  5e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  36.07 
 
 
407 aa  273  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1745  type II secretion system protein  35.64 
 
 
406 aa  271  2e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  37.04 
 
 
410 aa  270  2e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  35.96 
 
 
409 aa  270  4e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  35.66 
 
 
406 aa  265  8e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1612  type II secretion system protein  35.01 
 
 
404 aa  265  1e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>