More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1087 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0972  type IV pilus biogenesis protein PilC  100 
 
 
419 aa  841    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.910627  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1087  type II secretion system protein  100 
 
 
419 aa  841    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  47.26 
 
 
417 aa  377  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  46.29 
 
 
402 aa  369  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  46.02 
 
 
403 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  46.17 
 
 
407 aa  363  2e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  43.21 
 
 
405 aa  355  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  44.58 
 
 
419 aa  350  3e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  45.84 
 
 
404 aa  349  5e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  43.86 
 
 
408 aa  348  1e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  44.58 
 
 
408 aa  347  2e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  43.86 
 
 
402 aa  346  4e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  42.72 
 
 
405 aa  346  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  42.99 
 
 
422 aa  345  1e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  43.03 
 
 
406 aa  344  1e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  46 
 
 
405 aa  344  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  44.44 
 
 
405 aa  342  5e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  42.32 
 
 
422 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  42 
 
 
419 aa  342  8e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  42.82 
 
 
423 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  42.93 
 
 
423 aa  340  4e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  43.07 
 
 
405 aa  339  5.9999999999999996e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  42.57 
 
 
463 aa  338  9.999999999999999e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  42.57 
 
 
463 aa  338  9.999999999999999e-92  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  42.72 
 
 
419 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1174  type II secretion system protein  45.32 
 
 
409 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394888  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  42.52 
 
 
421 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  43.6 
 
 
405 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  43.56 
 
 
405 aa  336  3.9999999999999995e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  43.32 
 
 
405 aa  336  5e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  43.42 
 
 
423 aa  336  5e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4221  type II secretion system protein  43.13 
 
 
409 aa  335  7e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1580  Type II secretion system F domain protein  44.19 
 
 
412 aa  335  1e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  41.22 
 
 
422 aa  332  5e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  42.18 
 
 
419 aa  332  6e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  41.81 
 
 
419 aa  332  9e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  43.78 
 
 
408 aa  331  1e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  42.89 
 
 
405 aa  332  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  43.8 
 
 
424 aa  330  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  43.8 
 
 
420 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  42.96 
 
 
405 aa  328  8e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  43.78 
 
 
421 aa  328  8e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  41.34 
 
 
420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  42.93 
 
 
405 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  43.23 
 
 
421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  41.98 
 
 
407 aa  328  1.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  43.35 
 
 
421 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  43.07 
 
 
423 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  42.22 
 
 
405 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  42.22 
 
 
406 aa  326  6e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  42.86 
 
 
424 aa  325  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  41.19 
 
 
406 aa  325  1e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58760  type 4 fimbrial biogenesis protein pilC  46.36 
 
 
373 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.95906  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  42.96 
 
 
423 aa  325  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  42.86 
 
 
401 aa  324  2e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  42.14 
 
 
421 aa  323  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3681  type II secretion system protein  42.96 
 
 
405 aa  323  3e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  42.04 
 
 
421 aa  322  8e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  43.32 
 
 
406 aa  321  9.999999999999999e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  42.71 
 
 
401 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0150  type II secretion system protein  41.5 
 
 
410 aa  320  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0774  type II secretion system protein  43.81 
 
 
405 aa  320  3e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  43.07 
 
 
406 aa  320  3.9999999999999996e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0068  type II secretion system protein  42.82 
 
 
407 aa  319  6e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000163403  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2185  Type II secretion system F domain protein  44.08 
 
 
403 aa  317  2e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.170941  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  42.72 
 
 
405 aa  316  4e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  43.35 
 
 
405 aa  315  9e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0063  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilC  41.81 
 
 
407 aa  315  9.999999999999999e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000657868  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  40.9 
 
 
404 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  41.69 
 
 
404 aa  315  9.999999999999999e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2903  type II secretion system protein  42.79 
 
 
405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  41.65 
 
 
417 aa  312  5.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  42.93 
 
 
405 aa  312  6.999999999999999e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  41.36 
 
 
417 aa  312  7.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  41.12 
 
 
417 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  41.63 
 
 
407 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  42.61 
 
 
405 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  40.16 
 
 
405 aa  303  3.0000000000000004e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0481  type II secretion system protein, type IV pilus biogenesis protein PilC  44.58 
 
 
410 aa  301  2e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2849  type II secretion system protein  41.65 
 
 
403 aa  300  3e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  39.81 
 
 
422 aa  300  4e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  43.22 
 
 
419 aa  300  4e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  38.82 
 
 
410 aa  297  3e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1759  type II secretion system protein  42.61 
 
 
401 aa  291  1e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  39.36 
 
 
403 aa  286  4e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  40.24 
 
 
406 aa  280  4e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1968  Type II secretion system F domain-containing protein  39.27 
 
 
407 aa  273  4.0000000000000004e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  38.36 
 
 
407 aa  272  9e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  37.06 
 
 
409 aa  270  2e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1612  type II secretion system protein  41.98 
 
 
404 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1638  type II secretion system protein  41.98 
 
 
404 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0407  type II secretion system protein  37.41 
 
 
419 aa  269  8e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4184  type II secretion system protein  42.64 
 
 
404 aa  266  7e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.130479 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  36.02 
 
 
403 aa  261  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2069  fimbrial assembly protein PilC-like  42.3 
 
 
410 aa  261  2e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0970  type II secretion system protein  38.12 
 
 
417 aa  260  3e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  35.85 
 
 
410 aa  259  7e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17760  type II secretory pathway, component PulF  36.53 
 
 
416 aa  258  1e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.874552 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  37.63 
 
 
406 aa  256  5e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0681  type II secretion system protein  40.24 
 
 
407 aa  256  7e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.524718  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>