More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3343 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  79.6 
 
 		 402 aa  665    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  100 
 
 		 401 aa  805    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  67 
 
 		 419 aa  557  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  59.45 
 
 		 422 aa  484  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  60.1 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  59.05 
 
 		 423 aa  481  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  60.45 
 
 		 419 aa  479  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  58.08 
 
 		 403 aa  479  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  57.18 
 
 		 422 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  60.35 
 
 		 422 aa  476  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  55.95 
 
 		 405 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  56.93 
 
 		 423 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  56.93 
 
 		 420 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  57.58 
 
 		 419 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  57.29 
 
 		 405 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  59.6 
 
 		 421 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  55.19 
 
 		 405 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  55.42 
 
 		 405 aa  463  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  57.68 
 
 		 423 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  59.34 
 
 		 421 aa  456  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  60.05 
 
 		 423 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0481  type II secretion system protein, type IV pilus biogenesis protein PilC  62.37 
 
 		 410 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  57.43 
 
 		 423 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  56.31 
 
 		 421 aa  449  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  53.79 
 
 		 406 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  58.44 
 
 		 422 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0774  type II secretion system protein  57.29 
 
 		 405 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  54.52 
 
 		 405 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58760  type 4 fimbrial biogenesis protein pilC  58.92 
 
 		 373 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.95906  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  52.15 
 
 		 402 aa  432  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  53.09 
 
 		 405 aa  425  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  54.43 
 
 		 406 aa  426  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  54.61 
 
 		 404 aa  423  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  50.5 
 
 		 408 aa  422  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0063  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilC  55.17 
 
 		 407 aa  414  1e-114  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000657868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0068  type II secretion system protein  54.93 
 
 		 407 aa  413  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000163403  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  50 
 
 		 419 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  49.25 
 
 		 463 aa  405  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  47.85 
 
 		 407 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  49.5 
 
 		 463 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  51.24 
 
 		 417 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  49.49 
 
 		 405 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  49.49 
 
 		 405 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  48.13 
 
 		 424 aa  401  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  48.23 
 
 		 419 aa  402  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  48.13 
 
 		 420 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  51.52 
 
 		 408 aa  396  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4221  type II secretion system protein  49.49 
 
 		 409 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  46.13 
 
 		 421 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2185  Type II secretion system F domain protein  50.87 
 
 		 403 aa  385  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.170941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  49.24 
 
 		 408 aa  385  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1580  Type II secretion system F domain protein  48.86 
 
 		 412 aa  382  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  45.18 
 
 		 407 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  49.5 
 
 		 405 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  48.01 
 
 		 424 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  48.48 
 
 		 405 aa  381  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  48.98 
 
 		 405 aa  378  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  49.62 
 
 		 406 aa  376  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  49.87 
 
 		 406 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  47.38 
 
 		 421 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2903  type II secretion system protein  47.46 
 
 		 405 aa  373  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  45.94 
 
 		 410 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3681  type II secretion system protein  47.85 
 
 		 405 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1174  type II secretion system protein  48.22 
 
 		 409 aa  365  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394888  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  45.07 
 
 		 408 aa  363  4e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  44.08 
 
 		 407 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0150  type II secretion system protein  44.72 
 
 		 410 aa  355  1e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  43.95 
 
 		 407 aa  344  2e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  41.85 
 
 		 405 aa  320  3.9999999999999996e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  40.73 
 
 		 405 aa  318  1e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  40.59 
 
 		 405 aa  310  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  39.36 
 
 		 404 aa  308  9e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  41.75 
 
 		 401 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1087  type II secretion system protein  42.71 
 
 		 419 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0972  type IV pilus biogenesis protein PilC  42.71 
 
 		 419 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.910627  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  40.8 
 
 		 405 aa  307  3e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  40.1 
 
 		 405 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  38.39 
 
 		 406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  39.45 
 
 		 417 aa  298  9e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  38.24 
 
 		 405 aa  298  9e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  39.45 
 
 		 417 aa  295  7e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  39.8 
 
 		 403 aa  295  8e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  39.2 
 
 		 417 aa  292  7e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  39.75 
 
 		 404 aa  290  5.0000000000000004e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  39.36 
 
 		 419 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2849  type II secretion system protein  38.85 
 
 		 403 aa  287  2e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  38.63 
 
 		 407 aa  285  7e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1759  type II secretion system protein  42.11 
 
 		 401 aa  281  1e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  37.09 
 
 		 408 aa  270  2.9999999999999997e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  35.66 
 
 		 406 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  38.5 
 
 		 406 aa  268  1e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4184  type II secretion system protein  35.7 
 
 		 404 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.130479 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4537  type II secretion system protein  37.72 
 
 		 402 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  36.05 
 
 		 407 aa  264  2e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  36.95 
 
 		 411 aa  264  2e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  35.05 
 
 		 409 aa  263  3e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1612  type II secretion system protein  35.01 
 
 		 404 aa  263  6e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1638  type II secretion system protein  35.01 
 
 		 404 aa  263  6e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0674  type II secretion system protein  36.82 
 
 		 402 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0471277 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0505  type II secretion system protein  37.06 
 
 		 401 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.23347  normal  0.637616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>