More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2903 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  82.72 
 
 		 405 aa  709    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  79.16 
 
 		 407 aa  658    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4221  type II secretion system protein  81.19 
 
 		 409 aa  687    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  82.47 
 
 		 405 aa  709    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  81.23 
 
 		 405 aa  682    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3681  type II secretion system protein  80.25 
 
 		 405 aa  680    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2903  type II secretion system protein  100 
 
 		 405 aa  827    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  81.48 
 
 		 405 aa  684    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  82.96 
 
 		 405 aa  690    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  73.02 
 
 		 408 aa  608  1e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  68.81 
 
 		 408 aa  593  1e-168  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  69 
 
 		 402 aa  591  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  70.93 
 
 		 408 aa  580  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  64.37 
 
 		 407 aa  539  9.999999999999999e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  62.41 
 
 		 424 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1174  type II secretion system protein  63.64 
 
 		 409 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394888  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  61.4 
 
 		 421 aa  511  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  61.63 
 
 		 424 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  61.63 
 
 		 420 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  59.41 
 
 		 421 aa  495  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  54.75 
 
 		 406 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  55.61 
 
 		 403 aa  461  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  51.36 
 
 		 405 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  51.36 
 
 		 405 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  54.07 
 
 		 405 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  51.11 
 
 		 405 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  51.52 
 
 		 402 aa  430  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  47.56 
 
 		 419 aa  425  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  51.74 
 
 		 405 aa  425  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  52.9 
 
 		 404 aa  422  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0774  type II secretion system protein  54.23 
 
 		 405 aa  421  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58760  type 4 fimbrial biogenesis protein pilC  54.72 
 
 		 373 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.95906  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  50.5 
 
 		 406 aa  409  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  50.5 
 
 		 406 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  48.11 
 
 		 405 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  48.65 
 
 		 417 aa  398  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  46.75 
 
 		 463 aa  395  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  46.55 
 
 		 423 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  47.47 
 
 		 419 aa  398  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  46.72 
 
 		 419 aa  395  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  46.75 
 
 		 463 aa  395  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  46.44 
 
 		 422 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1580  Type II secretion system F domain protein  49.11 
 
 		 412 aa  388  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  46.06 
 
 		 423 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  48.89 
 
 		 406 aa  391  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  47.46 
 
 		 401 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  45.59 
 
 		 422 aa  378  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2185  Type II secretion system F domain protein  50.38 
 
 		 403 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.170941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  46.25 
 
 		 420 aa  378  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  46.31 
 
 		 423 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  44.83 
 
 		 421 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  45 
 
 		 419 aa  374  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  45.75 
 
 		 422 aa  368  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0068  type II secretion system protein  48.53 
 
 		 407 aa  369  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000163403  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  46.31 
 
 		 423 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  45.7 
 
 		 423 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0063  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilC  48.04 
 
 		 407 aa  367  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000657868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0481  type II secretion system protein, type IV pilus biogenesis protein PilC  47.59 
 
 		 410 aa  368  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  44.86 
 
 		 419 aa  364  2e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  45.68 
 
 		 421 aa  361  1e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  44.58 
 
 		 421 aa  358  7e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  43.07 
 
 		 422 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  45.61 
 
 		 421 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  44.17 
 
 		 405 aa  341  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  41.98 
 
 		 410 aa  334  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  41.58 
 
 		 405 aa  332  6e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  40.29 
 
 		 406 aa  331  1e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  40.59 
 
 		 405 aa  331  1e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0150  type II secretion system protein  40.5 
 
 		 410 aa  330  2e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  42.78 
 
 		 401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  42.03 
 
 		 403 aa  326  4.0000000000000003e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  40.2 
 
 		 404 aa  319  6e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  39.15 
 
 		 405 aa  316  6e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1087  type II secretion system protein  42.79 
 
 		 419 aa  315  7e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0972  type IV pilus biogenesis protein PilC  42.79 
 
 		 419 aa  315  7e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.910627  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  39.24 
 
 		 404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  40.4 
 
 		 405 aa  312  6.999999999999999e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  40.64 
 
 		 405 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  39.24 
 
 		 417 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  40.8 
 
 		 407 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  39.49 
 
 		 417 aa  307  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  38.99 
 
 		 417 aa  306  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  40.55 
 
 		 408 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2849  type II secretion system protein  41.44 
 
 		 403 aa  301  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  39.15 
 
 		 407 aa  297  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  39.34 
 
 		 419 aa  295  7e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  35.53 
 
 		 401 aa  290  4e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  38.14 
 
 		 407 aa  289  7e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1759  type II secretion system protein  41.34 
 
 		 401 aa  288  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0970  type II secretion system protein  36.23 
 
 		 417 aa  286  4e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  38.44 
 
 		 406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  38.81 
 
 		 409 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  37.47 
 
 		 406 aa  282  6.000000000000001e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  36.96 
 
 		 403 aa  282  9e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  36.57 
 
 		 408 aa  281  1e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  37.35 
 
 		 409 aa  281  2e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  36.87 
 
 		 411 aa  280  3e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  37.94 
 
 		 410 aa  279  7e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  36.62 
 
 		 407 aa  273  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  36 
 
 		 406 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>