More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3784 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  84.05 
 
 		 421 aa  696    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  79.33 
 
 		 423 aa  675    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  81 
 
 		 423 aa  698    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  80.24 
 
 		 422 aa  691    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  78.86 
 
 		 423 aa  689    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  78.62 
 
 		 422 aa  688    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  79.81 
 
 		 422 aa  659    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  79.52 
 
 		 419 aa  668    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  84.29 
 
 		 421 aa  668    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  79.52 
 
 		 420 aa  685    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  82.86 
 
 		 421 aa  701    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  83.1 
 
 		 421 aa  691    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  78.81 
 
 		 422 aa  679    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  100 
 
 		 419 aa  853    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  78.15 
 
 		 423 aa  662    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  81.47 
 
 		 423 aa  671    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  61.14 
 
 		 419 aa  545  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  58.84 
 
 		 402 aa  498  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0481  type II secretion system protein, type IV pilus biogenesis protein PilC  60.69 
 
 		 410 aa  482  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  57.58 
 
 		 401 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  53.79 
 
 		 403 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  50.38 
 
 		 405 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  49.87 
 
 		 405 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  50.88 
 
 		 405 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  51.63 
 
 		 405 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  52.01 
 
 		 417 aa  434  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  54.39 
 
 		 406 aa  423  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  50 
 
 		 406 aa  422  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  51.25 
 
 		 405 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58760  type 4 fimbrial biogenesis protein pilC  54.18 
 
 		 373 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.95906  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0774  type II secretion system protein  51.13 
 
 		 405 aa  410  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  48.04 
 
 		 402 aa  410  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  50.5 
 
 		 405 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1580  Type II secretion system F domain protein  49.12 
 
 		 412 aa  403  1e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  50 
 
 		 404 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  46.62 
 
 		 419 aa  400  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  48.51 
 
 		 406 aa  398  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  48.51 
 
 		 406 aa  396  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  46.12 
 
 		 463 aa  396  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0068  type II secretion system protein  50.74 
 
 		 407 aa  396  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000163403  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  46.36 
 
 		 463 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  45.41 
 
 		 419 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  45.58 
 
 		 408 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0063  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilC  49.51 
 
 		 407 aa  387  1e-106  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000657868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  46.6 
 
 		 408 aa  382  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2185  Type II secretion system F domain protein  52.14 
 
 		 403 aa  383  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.170941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0150  type II secretion system protein  44.61 
 
 		 410 aa  377  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  45.32 
 
 		 420 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  45.32 
 
 		 424 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  44.39 
 
 		 407 aa  377  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  43.39 
 
 		 421 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  44.44 
 
 		 407 aa  370  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5489  type II secretion system protein  46.12 
 
 		 405 aa  368  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.759932  normal  0.0666494 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  45.58 
 
 		 410 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  43.86 
 
 		 405 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4221  type II secretion system protein  44.12 
 
 		 409 aa  368  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  44.9 
 
 		 424 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  43.86 
 
 		 405 aa  368  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  45.02 
 
 		 407 aa  366  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  44.36 
 
 		 405 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  44.33 
 
 		 421 aa  362  6e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  44.61 
 
 		 405 aa  362  9e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  43.86 
 
 		 408 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  41.77 
 
 		 407 aa  357  2.9999999999999997e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2903  type II secretion system protein  44.61 
 
 		 405 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3681  type II secretion system protein  43.36 
 
 		 405 aa  352  5e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1174  type II secretion system protein  46.5 
 
 		 409 aa  352  7e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394888  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  43.36 
 
 		 408 aa  350  4e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0972  type IV pilus biogenesis protein PilC  42.2 
 
 		 419 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.910627  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1087  type II secretion system protein  42.2 
 
 		 419 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  38.35 
 
 		 405 aa  313  2.9999999999999996e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  37.62 
 
 		 405 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  38.21 
 
 		 404 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  38.66 
 
 		 401 aa  301  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  36.72 
 
 		 405 aa  300  2e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  37.47 
 
 		 406 aa  300  3e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  39.55 
 
 		 405 aa  300  4e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  36.96 
 
 		 417 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  36.91 
 
 		 405 aa  295  7e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  36.47 
 
 		 417 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  36.41 
 
 		 417 aa  294  2e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  36.16 
 
 		 405 aa  291  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0674  type II secretion system protein  41.16 
 
 		 402 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0471277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4537  type II secretion system protein  40 
 
 		 402 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2849  type II secretion system protein  37.34 
 
 		 403 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  37.97 
 
 		 407 aa  286  5e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0633  type IV pili biogenesis protein PilC  40.76 
 
 		 402 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  37.78 
 
 		 404 aa  282  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  37.53 
 
 		 419 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  36.14 
 
 		 403 aa  277  3e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  36.5 
 
 		 406 aa  273  4.0000000000000004e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  35.18 
 
 		 406 aa  272  7e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  37.04 
 
 		 409 aa  268  1e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  34.59 
 
 		 408 aa  268  2e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  36.29 
 
 		 407 aa  266  8e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3026  type II secretion system protein  33.89 
 
 		 417 aa  265  1e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  35.4 
 
 		 410 aa  264  2e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  35.24 
 
 		 406 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1745  type II secretion system protein  34.56 
 
 		 406 aa  261  2e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2069  fimbrial assembly protein PilC-like  38.48 
 
 		 410 aa  259  4e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>