179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0505 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0505  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 366 aa  753    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.143613  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1935  radical SAM domain-containing protein  58.92 
 
 		 404 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.100874 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  29.68 
 
 		 349 aa  73.6  0.000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  29.65 
 
 		 367 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  32.34 
 
 		 480 aa  67.4  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1814  radical SAM domain-containing protein  20.78 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0587  radical SAM family protein  26.06 
 
 		 376 aa  67  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 381 aa  66.6  0.0000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  30.21 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  35.04 
 
 		 377 aa  65.1  0.000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  27.86 
 
 		 418 aa  64.3  0.000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  32.12 
 
 		 380 aa  64.3  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  33.58 
 
 		 389 aa  63.2  0.000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  33.58 
 
 		 380 aa  63.2  0.000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 378 aa  62.8  0.000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  33.52 
 
 		 387 aa  62.8  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 358 aa  62  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  31.21 
 
 		 390 aa  61.6  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  30.39 
 
 		 406 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 		 429 aa  62  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  30.39 
 
 		 406 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  28.04 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  31.25 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1002  Radical SAM domain protein  24.83 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.808631  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1392  Radical SAM domain protein  24.07 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.358724 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8972  Radical SAM domain protein  27.23 
 
 		 364 aa  60.1  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0215472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  29.07 
 
 		 398 aa  60.1  0.00000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  28.35 
 
 		 359 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  29.93 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  30.05 
 
 		 367 aa  58.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 		 501 aa  57.4  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.81 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 		 384 aa  57  0.0000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 		 368 aa  57  0.0000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  29.61 
 
 		 389 aa  56.6  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  31.31 
 
 		 332 aa  57  0.0000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 		 356 aa  56.6  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  28.42 
 
 		 387 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  26.53 
 
 		 496 aa  56.6  0.0000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  28.42 
 
 		 387 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 		 468 aa  56.2  0.0000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  27.34 
 
 		 378 aa  55.5  0.000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7439  Fe-S oxidoreductase-like protein  29.44 
 
 		 360 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  28.17 
 
 		 399 aa  56.2  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1970  Radical SAM domain protein  26.49 
 
 		 346 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  28.67 
 
 		 487 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30 
 
 		 366 aa  55.1  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  26.47 
 
 		 396 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  26.88 
 
 		 363 aa  55.1  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  26.73 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  23.46 
 
 		 358 aa  55.5  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 414 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  30.28 
 
 		 358 aa  54.3  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 		 428 aa  54.3  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  27.51 
 
 		 404 aa  54.3  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.79 
 
 		 349 aa  53.9  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  31.44 
 
 		 387 aa  53.9  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2664  radical SAM family protein  29.94 
 
 		 383 aa  53.9  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.293501 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  30.69 
 
 		 335 aa  53.5  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1688  radical SAM family protein  27.78 
 
 		 326 aa  53.9  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52361  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  28.72 
 
 		 382 aa  53.1  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  30.68 
 
 		 561 aa  53.1  0.000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1665  Radical SAM domain protein  28 
 
 		 438 aa  53.1  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 		 377 aa  53.1  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 		 350 aa  52.8  0.000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  30.15 
 
 		 354 aa  52.8  0.000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  31.72 
 
 		 491 aa  52.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 		 334 aa  52.8  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  24.84 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 		 342 aa  52.8  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  28.18 
 
 		 418 aa  52.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  27.17 
 
 		 399 aa  52  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 357 aa  52.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11698  molybdopterin biosynthesis protein moeX  32.42 
 
 		 330 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.509473 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  27.32 
 
 		 422 aa  51.2  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  30.15 
 
 		 347 aa  51.6  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  29.63 
 
 		 391 aa  51.6  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  27.86 
 
 		 356 aa  50.8  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  29.23 
 
 		 410 aa  50.8  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  24.66 
 
 		 346 aa  50.8  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 		 381 aa  50.8  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  24.28 
 
 		 491 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 391 aa  51.2  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 		 333 aa  50.8  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2695  Radical SAM domain protein  28.77 
 
 		 423 aa  50.8  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.79 
 
 		 399 aa  50.8  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1375  Fe-S oxidoreductase-like  25.76 
 
 		 377 aa  50.4  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.771753  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  25.16 
 
 		 491 aa  50.8  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  29.47 
 
 		 376 aa  50.8  0.00004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 		 399 aa  50.8  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>