More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1002 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1002  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 365 aa  761    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.808631  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1814  radical SAM domain-containing protein  81.59 
 
 		 369 aa  648    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1375  Fe-S oxidoreductase-like  66.67 
 
 		 377 aa  526  1e-148  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.771753  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0587  radical SAM family protein  27.53 
 
 		 376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  26.69 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  26.47 
 
 		 359 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 		 378 aa  96.7  6e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 418 aa  96.7  6e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  26.28 
 
 		 389 aa  95.9  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  25.49 
 
 		 332 aa  95.9  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  28.01 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  28.01 
 
 		 323 aa  95.1  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  26.32 
 
 		 496 aa  95.1  2e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 474 aa  91.7  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  28.47 
 
 		 347 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 		 349 aa  91.3  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  24.5 
 
 		 347 aa  90.1  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  28.32 
 
 		 346 aa  88.6  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6508  Radical SAM domain protein  25.99 
 
 		 366 aa  87.8  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.969716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 		 327 aa  87  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0608  coenzyme PQQ synthesis protein E  24.46 
 
 		 330 aa  86.3  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.051547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  26.54 
 
 		 337 aa  86.3  9e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  23.49 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2664  radical SAM family protein  24.83 
 
 		 383 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.293501 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  25.61 
 
 		 373 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  24.93 
 
 		 479 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1786  Radical SAM domain protein  25.25 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 501 aa  82  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1392  Radical SAM domain protein  26.36 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.358724 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  25.16 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  25.34 
 
 		 384 aa  81.6  0.00000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  26.17 
 
 		 349 aa  80.9  0.00000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  26.69 
 
 		 330 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  25.49 
 
 		 373 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  30.81 
 
 		 406 aa  80.1  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  30.81 
 
 		 406 aa  79.7  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  29.22 
 
 		 399 aa  79  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  26.4 
 
 		 330 aa  78.6  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1951  radical SAM family Fe-S protein  24.1 
 
 		 326 aa  79  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  29.94 
 
 		 397 aa  79  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1935  radical SAM domain-containing protein  25.31 
 
 		 404 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.100874 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2461  Radical SAM domain protein  25.98 
 
 		 380 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 		 363 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  31.54 
 
 		 376 aa  78.2  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2921  radical SAM domain-containing protein  24.27 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.925202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  24.34 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  24.24 
 
 		 428 aa  77  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 480 aa  76.6  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3366  radical SAM family protein  25.77 
 
 		 374 aa  76.6  0.0000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273275 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  24.38 
 
 		 561 aa  76.6  0.0000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0350  radical SAM domain-containing protein  27.44 
 
 		 359 aa  76.3  0.0000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.156548  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0938  radical SAM family Fe-S protein  25.58 
 
 		 381 aa  76.3  0.0000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000426541  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  29.61 
 
 		 319 aa  75.9  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  26.56 
 
 		 393 aa  75.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 		 357 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  28.72 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0444  Radical SAM domain protein  24.37 
 
 		 401 aa  74.7  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.121875 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  24.43 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.35 
 
 		 398 aa  73.9  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2198  radical SAM domain-containing protein  23.86 
 
 		 373 aa  73.6  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0314345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 429 aa  73.2  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  24.32 
 
 		 335 aa  72.8  0.000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  22.87 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3162  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 351 aa  72.8  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.313662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0393  metallo cofactor biosynthesis protein  26.9 
 
 		 393 aa  72.4  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  24.83 
 
 		 356 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0899  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.467857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 482 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  26.55 
 
 		 330 aa  72  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0244  Radical SAM domain protein  26.05 
 
 		 342 aa  71.6  0.00000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0305821  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  25.84 
 
 		 368 aa  72  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.89 
 
 		 368 aa  71.2  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2586  radical SAM domain-containing protein  24.18 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  22.87 
 
 		 396 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.08 
 
 		 414 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  31.89 
 
 		 427 aa  70.9  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  24.67 
 
 		 422 aa  71.2  0.00000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2577  radical SAM domain-containing protein  24.49 
 
 		 371 aa  71.2  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.014973  unclonable  0.0000162693 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 		 405 aa  70.9  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  24.16 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  24.39 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0182  radical SAM domain-containing protein  23.32 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.505974  normal  0.796487 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  29.28 
 
 		 391 aa  70.5  0.00000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  30 
 
 		 354 aa  70.9  0.00000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.33 
 
 		 392 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 		 368 aa  70.1  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1970  Radical SAM domain protein  26.05 
 
 		 346 aa  70.5  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  24.64 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1665  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 		 438 aa  70.1  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  33.77 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  23.78 
 
 		 411 aa  69.7  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 		 418 aa  69.3  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.56 
 
 		 394 aa  69.3  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  28.02 
 
 		 414 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1236  radical SAM family Fe-S protein  25.42 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>